«Мофет, — писал командир русской эскадры капитан 1-го ранга А. А. Попов, — шел из лавок в сопровождении матроса Ивана Соколова, который нес за ним ящик с деньгами, а мещанин Александр Корольков шел несколько впереди их. Вдруг на одном из перекрестков на них напали несколько японцев, вооруженных саблями. В темноте и при неожиданности нападения борьба была невозможна, тем более что никто из наших не имел при себе оружия; через минуту матрос упал мертвым, а мичман Мофет плавал в крови своей, получив несколько глубоких и смертельных ран. Корольков же, предупрежденный г. Мофетом, который закричал ему: «Александр, нас бьют!» кинулся в одну из лавок, в то время уже запиравшуюся на ночь хозяином, и был спасен от смерти последним, но получил сильную рану в левую руку с перерубом кости; другим ударом у него перерублена фуражка у самого виска».
Нападавшие скрылись, прихватив ящик с деньгами. На крики быстро собралась толпа. Проходившие мимо два американских матроса сообщили о происшествии своему командиру, жившему неподалеку. Несмотря на помощь японского врача, Мофет скончался через два часа. Японские власти немедленно выразили глубокое сожаление и попросили прощения за кровавый инцидент. Муравьев-Амурский мог воспользоваться мощью своей эскадры, но он последовал совету Гошкевича и других своих спутников не вмешиваться. Ему предстояло срочно вернуться на Дальний Восток, и он поручил провести расследование А. А. Попову, выставив условие сменить губернаторов, а преступников, если они будут найдены, подвергнуть казни на месте преступления.
Похороны русских моряков прошли весьма торжественно, с участием японских священнослужителей. Журнал «Морской сборник» отмечал: «Желая почтить память своего товарища и по возможности выразить свое полное сочувствие к несчастной судьбе его, гг. офицеры и гардемарины всей эскадры сделали подписку и поручили одному из консулов поставить памятник на могиле Р. С. Мофета и матроса Соколова, похороненных в присутствии гг. офицеров и команд с двух наших судов, немедленно присланных из Иедо». Так в Йокогаме появился православный крест. Русская могила стала первой на Иностранном кладбище.
24 августа 1859 г. Муравьев-Амурский пересел на пароходо-корвет «Америка» и ушел в Хакодате. Капитану 1-го ранга Унковскому на фрегате «Аскольд» было поручено оставаться на рейде Токио до 15 сентября и проконтролировать ход расследования. На борт фрегата сразу прибыли высшие сановники и в присутствии всего экипажа попросили извинения за трагический случай, сообщив, что губернаторы Иокогамы Мицио-Тсикокгоно-Ками и Като-Икино-Ками лишились должности.
Крайний срок поимки преступников Унковский назначил на 12 сентября. Начиная расследование, Попов в сопровождении японского чиновника, присланного из Токио, отправился на корвете «Новик» в Канагаву. Осмотрев место преступления, Попов предложил губернатору закрыть все лавки, но тот ответил, что не имеет права этого делать без приказа из Токио да и не хочет лишать народ последних средств к существованию. На просьбу отобрать у японцев оружие он также не согласился, так как наличие меча является для самурая обязательным и является его отличительной особенностью. Все, что мог сделать губернатор, это дать согласие на ношение оружия русскими во время их съезда на берег.
Несмотря на энергичные розыски, установить личности убийц не удалось. Японские власти предложили казнить полицейского чиновника, который дежурил в это время в Йокогаме, но Унковский, конечно же, отверг эту идею. Задерживаться в Японии дольше русские корабли уже не могли. Перед тем как 17 (29) сентября 1859 г. сняться на фрегате «Аскольд» в Кронштадт, Унковский обязал правительство Японии найти преступников и казнить их.
Этот трагический случай вызвал много противоречивых откликов. Английский консул обвинил во всем губернатора, не сумевшего организовать быстрое расследование, но американский консул, напротив, считал, что губернатор сделал все возможное, чтобы обнаружить преступников. Иностранная пресса обвинила во всем японские радикальные крути, заинтересованные в нагнетании политической обстановки.
17 ноября 1859 г. газета «Таймс» писала: «Вчера один пьяный японский офицер размахивал шпагою (с толстой рукояткой и лезвием наподобие бритвы), заявляя, что он желал бы срубить голову русскому. И что же сделали? Он был очевидно опасен, и его оттащили в сторону на почтительное расстояние длинным шестом с крюком и обезоружили, но только для того, чтобы он отправился домой». Еще одно свидетельство того, что отношение к иностранцам в Японии было далеко не всегда дружественным.