Японскому языку священник учился у местных жителей, Судзуки Рикуци (Рикухей) и горбуна Кимуры Риокичи родом из Оодате. Обучение поначалу давалось с трудом, и в своих записках отец Николай признавался, что часто призывал на помощь все свое терпение, но через восемь лет неустанных занятий ему удалось добиться замечательной эрудиции даже по японским меркам. Он выучил и английский язык, который в Японии считался общепринятым для общения с иностранцами. По мере освоения иероглифики отец Николай стал читать книги по литературе и искусству, буддийские и конфуцианские религиозно-нравственные сочинения, имевшиеся в консульской библиотеке. Обсуждая конфуцианские идеи с японскими священниками, он давал им собственное толкование, которое весьма заинтересовало японцев.
Гошкевич писал: «Иеромонах Николай — один из деятельнейших членов нашего консульства. В короткое время он изучил японский язык до такой степени, что свободно объясняется, не нуждаясь, подобно другим, в пособии переводчика. Это обстоятельство в связи с его уживчивым характером чрезвычайно сблизило его с японцами и доставило ему многих друзей».
Священник заинтересованно искал в Хакодате следы Головнина. Один из его учителей японскому языку мальчиком видел пленных русских моряков и рассказал об этом священнику. Много позднее, в 1897 г., отец Николай встретится с лейтенантом Головниным, внуком В. М. Головнина, пришедшим в Иокогаму на броненосце «Рюрик», и расскажет ему о некоторых неизвестных подробностях посещения Японии той давней миссией.
Русская консульская церковь в Хакодате находилась в ведении епископа Камчатского, Курильского и Алеутского, начальника эскадры Тихого океана и Российского императорского консульства. Даже жалованье консульский священник получал от двух ведомств. Но все эти деньги отец Николай отдавал приходу: «Долги начинают просто душить меня! Пью чай без сахару, курю японский табак, а все еще должен и по сие время ровно 1400 бу». Жилище отца Николая тоже было незавидным. Одну из комнат своего дома он приспособил под класс, вторая служила рабочим кабинетом, а заодно и служебным помещением, а третья, похожая на конурку, — спальней. Дверь заменяла широкая доска, которую прикрывал бумажный щит. От холода это не спасало. Если только не топился камин, в доме было холодно, как на дворе. Всю зиму священник, страдавший от ревматизма, был вынужден спать не раздеваясь, под двумя шерстяными одеялами. «И так-то придется жить еще года два, если не больше, — писал он. — В Питере вовсе не чувствуют неудобств нашей жизни. Конечно, им, нашим отцам, лучше про то знать, нужна ли нам представительность, или нужно нас на позор свету закупоривать, как сельдей в бочке, и в бочке-то чужой, — и изнурять простудами».
Бытовые неудобства, тем не менее не могли помещать отцу Николаю выполнять свою миссию. Он не только обслуживал консульских православных, но и начал понемногу проповедовать православную веру среди японцев, стараясь найти единомышленников, открыл при приходе русскую школу для японских детей. Он считал, что через русский язык и русскую культуру он сможет ближе познакомить японцев с Россией и привлечь в церковь японских прихожан. У него появились конкуренты: два католических миссионера, которые, по слухам, собирались построить большую церковь — такую, чтоб могла вместить всех жителей Хакодате. «Ревностно подвизаются, — писал православный священник, — пока в подбирании учеников: французский язык, пожалуй, привлечет в их школу побольше людей, чем русский в мою. Посмотрим, как они станут обращать этих учеников! Увидим, много ли привлекут вообще из жителей Хакодате. Уж мой Симмей и сам японец, а при всех стараниях не может найти людей в Хакодате. Мы с ним покраснеем до ушей, если патеры будут успешнее нас».
В первые годы жизни в Японии положение отца Николая было весьма сложным. Поначалу его принимали за европейского шпиона и спускали на него собак, а встречные самураи грозили иеромонаху клинками. Особенно это проявилось и во время Цусимского инцидента. Сам священник в дневнике описал, как много лет позднее историк Иидзима Хандзюро приехал к нему в Токио «отобрать у меня сведения касательно Цусимского дела в 1861 году. Начал странным приветствием: