В 1861 г. на русском кладбище появились новые могилы, в том числе 27-летнего Андрея Васильева. Он служил на клипере «Гайдамак» парусником рабочей команды и скончался 28 сентября 1861 г. Следующий год принес русскому флоту у берегов Японии много потерь: матрос шхуны «Первая» Давыд Ювонин (28 июня), фельдшер корвета «Абрек» Прокопий Шнепай (30 июня), кочегар корвета «Калевала» Афтоном Шамнев (16 августа), матрос корвета «Рында» Григорий Махов (8 октября), рулевой транспорта «Манджур» Прокопий Филинов (19 ноября).
Больше всех на русском кладбище в Хакодате оставил своих моряков корвет «Посадник». В 1861 г. здесь нашли последний приют Никита Кузмин (15 октября) и Василий Мясников (16 октября), в 1862 г. — Федор Степанов (17 февраля), Евтропий Гвоздев (9 марта), утонувшие гардемарин Андрей Попов и матрос Степан Гомзиков (18 марта), Иван Кузнецов (27 августа). Впору было назвать русский погост в Хакодате «Посадским», по аналогии с тем, как это сделали в Нагасаки. Там первым названием русского кладбища было «Аскольдова могила» — по имени корвета «Аскольд».
1863 г. принес новые жертвы: 20 июля утонул Людвиг Шачковский, 6 августа умер конопатчик корвета «Рында», чье имя остается неизвестным, 16 августа — матрос «Новика» Казимир Непогода, 27 августа — матрос шхуны «Первая» Филипп Пагудин. 8 ноября 1864 г. застрелился мичман Амурского флотского экипажа Петр Строгов, служивший на канонерской лодке «Морж».
В 1865 г. в хакодатском госпитале находились на лечении около 50 больных. В основном моряки страдали от хронических болезней и сифилиса. Венерические заболевания не щадили никого, ни матросов, ни офицеров. На лечение в 1865 г. был вынужден остаться гардемарин Ф. В. Дубасов, будущий адмирал. В то время он служил на канонерской лодке «Морж» и где-то, то ли в Нагасаки, то ли в Хакодате, подхватил сифилис.
Окончательно Хакодате потерял свою притягательность как место стоянки военно-морского флота в середине 60-х гг. XIX века. По представлению корабельного врача корвета «Аскольд» Садокова в 1866 г. госпиталь в Хакодате закрылся, и всех русских пациентов перевели в Нагасаки. Соответственно сократилось и число случаев смерти русских в Хакодате.
В апреле 1868 г. произошло важное событие, к которому так стремился отец Николай: состоялось первое обращение в православную веру: крещение бывшего синтоистского жреца Такумы Савабэ, в дальнейшем посвященного в сан священника. О нем отец Николай писал: «Он был дворянин и весьма славился в искусстве фехтования. Вследствие этого наш консул приглашал по временам его к себе для обучения в этом искусстве русских. Здесь-то я впервые увидел о. Павла и затем продолжал встречаться с ним довольно часто. Но при каждой такой встрече меня постоянно поражало какое-то сердитое, почти озлобленное выражение его лица. Раз как-то зашел в мою комнату и с таким же точно выражением, исполненным негодования, начал злословить христианскую веру. Я тогда спросил его, знает ли он ту веру, которую так поносит. Ответ был отрицательный. Тогда я заметил, что было бы более справедливо предварительно познакомиться с учением этой веры и тогда уже произносить такой или иной приговор, и тут же предложил выслушать изложение этого учения. Мое предложение было принято охотно. И что же? Какова была моя радость, когда я стал замечать, что мой слушатель с напряженным вниманием стал прислушиваться к изложению нового неведомого ему учения, и его дотоле горделивая мысль стала смиренно склоняться пред его поражающей истиной! Видно, сам Бог направил его мысли на истинный путь. Это был первый и самый главный шаг по пути обращения о. Павла в христианскую веру; остальное получилось само собою».
Вторым христианином в Хакодате стал Сакаи Иоанн, местный врач и близкий друг Савабэ, который сначала сам старался склонить его к православию. Но, по словам русского священника, Сакаи был силен в диалектике, и переубедить его было трудно. Тогда Савабэ стал чаще приглашать друга к отцу Николаю, и они вдвоем убеждали его перейти в православие. Наконец и Сакаи был крещен и тоже стал священником. Третьим христианином был Уран Яков, также бывший врач, следом за ним в Хакодате крестился Иоанн Оно и некоторые другие.
В 1868 г. Япония повернулась на путь реформ и сближения с европейскими странами. В ходе начавшейся гражданской войны в Хакодате прибыли восставшие князья Кувана, Итакура, Огасавара и Такенака под командованием Инамото. Командиры устроили пирушку у отца Павла Савабе, который тогда еще был синтоистским жрецом. Позвали и отца Николая, который вспоминал: «Князь Кувана так печально играл тогда на свирели. А Такенака собирался со мной в Россию — бежать от грозы, совсем уже налегшей на них, и только недостаток средств остановил его».