В России оценили мужество владыки Николая, оставшегося в Японии во время Русско-японской войны и сумевшего оказать неоценимую помощь и моральную поддержку русским военнопленным. 24 марта 1906 г. Святейший Синод возвел его в сан архиепископа Токийского и всея Японии, ему высочайше был пожалован бриллиантовый крест для ношения на клобуке.
Через два года, в 1908 г., к владыке Николаю приехал на помощь бывший ректор Санкт-Петербургской духовной академии Сергий (в миру Тихомиров). Он родился 3 июня 1871 в с. Гузы Новгородской губернии и был вторым сыном протоирея Алексея Тихомирова. Окончив Новгородское духовное училище, Новгородскую духовную семинарию, он поступил в Санкт-Петербургскую духовную академию и постригся в монахи. В июне 1908 г. митрополит Санкт-Петербургский Антоний (Владковский) напутствовал его в дальнюю дорогу следующими пророческими словами: «Считайте себя будущим преемником архиепископа Николая и… последним русским епископом в Японии. Поэтому подготовляйте себе преемника из японцев».
Архиепископ Николай скончался 3 февраля 1912 г. Как говорят, он успел передать отцу Сергию все дела и подписать важные документы. 19 февраля было совершено отпевание и погребение архиепископа Николая согласно его воле на кладбище в Янака. Проводить иерарха в последний путь пришли десятки тысяч японцев, в том числе и не христиане. На гроб были возложены сотни венков, среди которых выделялся венок от императора Японии. Многие отмечали, что с таким размахом в Японии еще не хоронили ни одного иностранца.
Владыка Николай оставил после себя в Японии собор, восемь храмов, 175 церквей, 276 приходов, одного епископа, 34 иереев, 8 диаконов, 115 проповедников и 3410 православных верующих. Японская православная церковь состоялась! Профессор Токийской православной семинарии Прокл Ясуо Ушимару отмечает: «Святитель Николай желал, чтобы японцы сами создавали свой духовный мир. Он хотел иметь японских архитекторов, японских иконописцев и японские хоры. Необходимы были японские катехизаторы и священники для еванге-лизации всей страны в послушании требованиям Евангелия. Для помощи им необходимы были книги Священного Писания, книги по вероучению и духовности. Должны были выходить журналы для поддержания ежедневной духовной жизни. И, наконец, необходимо было теплое и тесное общение верующих. Без преувеличения можно сказать, что святитель Николай достиг всего этого при основании японской православной культуры периода Мейдзи. Нет сомнения в том, что широкая публика вокруг новоучрежденного им православного присутствия находилась под влиянием его духовности. Это влияние не было ограничено узкой сферой, но распространилось во всем японском обществе, где оно сохраняется и по сей день. Необходимо признать, что благодаря именно этому влиянию Православие приобрело реальное значение в истории Японии».
У архиепископа Николая было множество учеников. Они не только плодотворно занимались православием, но и знакомили Японию с русской культурой и языком. Профессор Токийской православной семинарии Хейкичи Ивасава преподавал русский язык в Армейском университете и Офицерской школе. Он помог священнику Российского посольства отцу Сергию Глебову создать в 1888 г. японский учебник «Русская грамматика». Йосибуми Куроно, автор русско-японского разговорника и других учебных пособий, преподавал в С.-Петербургском университете, где учил будущих известных японоведов Николая Невского и Сергея Елисеева. Ректор Токийской православной семинарии Какусабуро Сенума, получивший высшее богословское образование в России, стал знатоком жизни и творчества Л. Толстого и первым перевел на японский язык роман «Анна Каренина». Его перу принадлежат также книги о русском языке. Жена Сенумы Кайо (урожденная Ямада) также стала известным переводчиком русской литературы. В 1908 г. вышла ее книга «Труды Чехова».
Известной художницей стала Ирина Ямасита. Проучившись три года в России, она возвратилась в Японию и занималась иконописью вплоть до смерти в 1939 г. в возрасте 83 лет. В Японии известны имена литератора Горо Амада, автора популярной книги «Гангстерская история Токая», и Такусабуро Горо, одного из создателей конституции императора Мейдзи. Политическую карьеру сделал православный Кенторо. Студент Кенсусе Андо, преподававший одно время в С.-Петербургском университете, стал мэром Йокогамы. Нозому Накагава — губернатором Осаки, а Хичисабуро Хирао — министром просвещения. Следует упомянуть Сейчи Аоки, члена парламента и вице-министра сельского хозяйства и лесных угодий, а также профсоюзного деятеля Бундзи Сузуки (1885–1946) и многих других. Эти и многие другие студенты владыки Николая проявили большую активность на японской политической арене в ту эпоху.