На другое утро командир «Богатыря» под видом учений высадил на берег десант. Русские моряки строем прошли до Немецкого консульства, а потом вернулись на корабль. В течение нескольких дней положение оставалось критическим, и губернатор Нагасаки попросил русских моряков взять на сохранение городскую казну с 40 тыс. долларов. В случае опасности он собирался и сам укрыться на «Богатыре». Через некоторое время из Шанхая подошли английские канонерские лодки, а также американский и японский корветы, а японский военный гарнизон увеличился на полтысячи солдат: дополнительно сюда были посланы силы из Осаки, Токио и Фукуоки. Только 25 февраля, когда капитан «Богатыря» получил известие, что восстание подавлено, судно вышло в море.
В Йокогаме и Токио
В середине 1865 г. российским консулом в Хакодате был утвержден Евгений Карлович Бюцов. Несмотря на молодость, он был опытным дипломатом. С 1856 г. он занимал должность секретаря по дипломатической части при генерал-губернаторе Восточной Сибири и участвовал в переговорах, предшествовавших заключению Айгуньского договора с Китаем, с 1858 г. числился в штате Министерства иностранных дел, затем работал в дипломатических и консульских представительствах в Китае. Приехав в Японию, Бюцов сразу понял, что Российское консульство, которое по сути являлось посольством, находится в неудачном месте. Здесь отсутствовали прямые связи с Европой и США, торговля находилась в зачаточном состоянии. Об этом он написал в своем донесении от 18 января 1867 г. Кроме того, близость Хакодате к российским берегам, которая при открытии консульства казалась огромным преимуществом, не могла компенсировать отдаленности этого порта от японской столицы, что существенно затрудняло ведение дипломатических дел. Но и находясь вдали от Эдо, Бюцов сумел принять участие в решении важных проблем, например, внести изменения в Трактат 1858 г., которыми была снята значительная часть ограничений в торговле с Россией. Японцы получили возможность без посредников торговать с русскими, использовать новый таможенный тариф. В конце декабря 1867 г. такое соглашение было им подписано. Бюцову выпала роль и продолжить переговоры по разграничению Сахалина, начатые Гошкевичем. Он был в постоянном контакте с начальником Сахалинского отряда подполковником В. де Витте, который сообщал консулу об условиях жизни на Сахалине, количестве проживавших там японцев и их основном поселении Кусуна-Катани.
Летом 1868 г. Бюцов узнал о предполагаемом переводе консульства в Йокогаму, но помешала вспыхнувшая в Японии гражданская война. Тем временем в Азиатском департаменте Министерства иностранных дел приняли решение об учреждении в Йокогаме Российского генерального консульства, по сути дела, посольства. Вскоре Е. К. Бюцов уехал в Йокогаму, а его место в Хакодате занял А. Е. Оларовский.
Со времен Е. В. Путятина и Н. Н. Муравьева-Амурского русские постоянно заглядывали в Эдо. Японцы всячески усложняли эти посещения, а уж о том, чтобы здесь поселиться иностранцу, не могло быть и речи. Последней преградой на пути туда, своеобразными воротами, как раз и служила Йокогама. Посетивший Йокогаму в 1866 г. М. И. Венюков описывал ее так: «Иностранцы занимают юго-восточную часть Иокогамы, дома их, то европейской архитектуры, то, так называемой, колониальной, раскинуты вдоль правильных улиц… Дома европейского вида, каменные в два этажа, ныне не редкость в Йокогаме, но чаще встречаются колониальные, то есть такие, у которых один нижний этаж каменный, а верхний — деревянный, и около первого со всех сторон сделан балкон с навесом, называемый верандою…И хотя мне приводилось лично осматривать самый арсенал и его окрестности, но план их ни снять, ни достать готового не удалось, так как Японское правительство в этом случае очень подозрительно к иностранцам. Ныне случай доставил мне возможность за небольшую сумму ($ 35) приобрести такой план от одного из основных чиновников арсенала, который вместе с тем доставил мне возможность скопировать карту Иокосокской бухты».