Хотя первая русская кругосветная экспедиция носила дипломатический характер, Россия не проявляла государственного интереса к установлению связей с Японией. Инструкцию Резанову готовил министр коммерции, а роль Министерства иностранных дел ограничилась составлением канцлером Воронцовым высочайшей грамоты на имя японского императора. Резанову передали и старый документ, хранившийся в министерстве: разрешение на заход русского корабля в Нагасаки, выданное еще в 1793 г. японскими властями А. Лаксману.
В Петропавловске-Камчатском на борт «Надежды» поднялись четверо необычных пассажиров-японцев, оказавшихся в России после кораблекрушения. Зимой 1793 г. 16 человек, отправившихся с грузом риса и леса на «Вакамия-мару» из порта Исиномаки, попали в жесточайший шторм. Они целый месяц дрейфовали по морю, пока их не выбросило на один из Андреяновских островов, где они встретились с русскими. Японцев отправили в Иркутск, и они провели там десять лет. За это время шесть моряков скончались. Когда остальным предложили вернуться на родину, согласились только четверо жителей Сендая: Цудаю (62 года), Гихэй (44 года), Сахэй (43 года) и Тадзюро (35 лет).
Только через месяц после выхода с Камчатки, 25 сентября 1804 г., «Надежда» приблизилась к Нагасаки. Японские чиновники приказали привести «Надежду» на внешний рейд Нагасаки, где просили отдать якорь, из пушек не стрелять и не входить в залив до прибытия из города уполномоченных губернатора. В семь часов вечера «Надежда» бросила якорь в указанном месте. Сняв копию с бумаги, выданной в свое время Лаксману, японские чиновники выразили недоумение, почему русские воспользовались полученным разрешением лишь спустя 12 лет, и сообщили, что ждали прихода русского корабля четыре года подряд. В девять часов вечера нагасакский рейд озарился огнями: из залива появилось множество японских джонок и между ними большое судно, освещенное разноцветными фонарями. На этой флотилии, остановившейся у борта «Надежды», прибыли уполномоченные губернатора, баниосы, и корабельная стража. Японцы попросили вызвать соотечественников, привезенных из России. Расспрашивая их, они тщательно записывали ответы.
8 ноября голландские суда покинули Нагасаки, и по приказанию губернатора «Надежду» провели на буксире за императорские караулы, где судно встало на якорь. Между тем посол жаловался на усиление болезни, и губернатор пообещал предоставить ему помещение на берегу, к отделке которого велено было приступить. Выбрали местность напротив голландской фактории, где находился рыбный базар Мегасаки. Участок с трех сторон окружал залив, четвертую обнесли трехметровым тыном из бамбука. Но и залив против дома на расстоянии 106 м огородили двойным тыном, чтобы к русским не могло подойти никакое судно. Ворота, выходившие прямо в воду, запирались с обеих сторон замками.
Дом посланника и его свиты состоял из девяти комнат, отделенных друг от друга бумажными перегородками и ширмами. Во дворе имелись четыре магазина, еще два были за воротами, у которых поставили две караулки с солдатами: полицейскую и военную. Наружный ключ от ворот хранился у морского чиновника, а внутренний — у сухопутного офицера. Кроме того, на горе, возвышавшейся над русским лагерем, были расположены караульные дома с пикетами, так что сверху можно было видеть все происходящее внизу.