Теперь же во главе борьбы с Борисом встали князья Шуйские. Весной 1586 г. Шуйские попытались прийти к власти с помощью мятежа. Они сумели привлечь на свою сторону московских купцов и «черных людей». По Москве стали распускаться слухи, что Борис Годунов хочет извести царя Федора. Но разбушевавшаяся чернь вышла из-под контроля Шуйских, и они, испугавшись, решили заключить мир с Борисом Годуновым. Роль посредника взял на себя митрополит Дионисий. Это был очень честолюбивый церковный иерарх, также мечтавший стать правителем при набожном царе Федоре. С помощью Дионисия стороны быстро достигли компромисса. Князь Иван Петрович Шуйский вышел к восставшим и заявил, что Шуйские примирились с Годуновыми. Как сообщает автор «Нового летописца», из толпы вышли два купца и сказали боярину: «Помирились вы нашими головами: и вам от Бориса пропасти и нам погибнуть». И в ту же ночь, со слов того же летописца, эти два купца пропали.
На некоторое время боярская борьба за власть затихла. Но клан Шуйских готовил новый удар. Их план заключался в том, чтобы, использовав бездетный брак царя Федора, обвинить в «неплодии» царицу Ирину, сестру Бориса, и потребовать развода у царя. Успех этого плана означал бы конец политической карьеры Бориса Годунова. План этот давал возможность Шуйским разнить агитацию среди населения и изобразить себя как заботящихся о благе государства и царской династии. Шуйских поддержал митрополит московский и всея Руси Дионисий.
Вскоре царю Федору было подано прошение, «чтобы он, государь, чадородия ради второй брак принял, а первую свою царицу отпустил во иноческий чин». Это прошение было подписано главой тогдашней оппозиции князем Иваном Шуйским, рядом членов Боярской думы, митрополитом Дионисием, епископами и вождями посада.
Однако заговорщики недооценили характер Федора. Как мы помним, еще Иван Грозный пытался развести сына, но натолкнулся на решительный отказ. Теперь же развода требовал не свирепый отец, а всего-навсего поданные. Царь категорически отверг идею развода. Этот вопрос был снят. Но Шуйские вновь организовали мятеж московских горожан в начале 1587 г. Правительство оказалось в опасности. Властям пришлось даже отсиживаться в кремле в осаде от «заворовавшихся» мужиков. Тем не менее мятеж был подавлен. Расправа над побежденными на сей раз была жестче.
Семь купцов, сторонников Шуйских, были публично казнены у Кремлевской стены. Десятки торговых людей сосланы. Митрополит Дионисий был лишен кафедры и сослан в монастырь, уступив место ставленнику Бориса Годунова, Иову. Князья Шуйские были отправлены в ссылку. Ивана Петровича Шуйского, главу клана, постригли в монахи и отправили на Белоозеро, где он вскоре и умер. Поговаривали, что его так попарили в бане, что он угорел.
С этого момента положение Бориса Годунова окончательно упрочивается, не осталось ни одного из членов регентского совета — конкурентов Бориса на власть. Он становится признанным фактическим правителем государства.
Учреждение патриаршества
Свое положение правителя государства Борис Годунов закрепил и юридически. Ему был присвоен исключительный по пышности титул «правителя, слуги и конюшего боярина и дворового воеводы и содержателя великих государств, царства Казанского и Астраханского», то есть наместника казанского и астраханского. Наконец, Годунов получил право непосредственных сношений с иностранными государствами от своего собственного имени. Ему были пожалованы вотчины, а также передана в кормление Важская земля, приносившая большие доходы, и право взимания разных сборов. Кроме того, ему было дано огромное денежное жалованье.
В это время был достигнут крупный успех, когда в 1588 г. константинопольская патриархия согласилась на учреждение в России патриаршества. Правитель Борис Годунов выступил главным инициатором превращения русской православной церкви в патриархию.
Русь приняла крещение от Византии. Первоначально Русская православная церковь существовала как митрополия, главу которой, митрополита, назначал константинопольский патриарх — глава вселенской православной церкви. Но после того, как в 1437 г. Византия была вынуждена подписать Флорентийскую унию с католической церковью, русская церковь стала искать независимости и в 1448 г. она официально становится автокефальной. Однако формальная зависимость сохранялась.
Византийская империя прекратила свое существование в 1453 г., тем более понятно стремление Московского государства иметь своего патриарха рядом с единственным тогда православным государем — царем всея Руси. Это бы укрепило международный престиж Московского государства, поэтому учреждение патриаршества было не только задумано, но и лично исполнено Борисом Годуновым.
Могущество и блеск Российского царства манили греков. В XVI в. обедневшие восточные патриархи вынуждены были все чаще обращаться в Москву за помощью. Число просителей из года в год умножалось. Вскоре в Москву прибыл антиохийский патриарх Иоаким. Его приняли с большим почетом. Но, когда он стал просить денег, московские власти предложили прежде обсудить вопрос об учреждении в России патриаршей кафедры. Иоаким весьма неохотно обещал передать это пожелание Вселенскому собору.
В 1588 г. впервые в Москву прибыл константинопольский патриарх Иеремия. Начались длинные переговоры, тянувшиеся более полугода. Грек приехал в Москву за щедрыми субсидиями, а о Московском патриаршестве сначала и слышать не хотел. Было решено задержать Иеремию в Москве и заставить его уступить.
В Москве патриарха постарались надежно изолировать от внешнего мира. Приставы и стража никого не пускали к Иеремии, да и самому ему запретили покидать двор. Даже на базар патриаршие люди ходили со стражниками. Греков держали как пленников, но при этом обращались с ними самым почтительным образом и предоставили им всевозможные блага.
Задуманная Годуновым реорганизация высшей церковной иерархии была мерой прежде всего политической. Правитель Борис Годунов рассчитывал на то, что патриарший сан укрепит авторитет его ставленника Иова, а раздача новых митрополичьих и архиепископских должностей поможет ему достичь согласия с высшими иерархами. Он был готов заплатить любую цену, чтобы добиться успехов в переговорах с греками. Учреждение патриаршества стало для него вопросом личного престижа.
После очередных безрезультатных переговоров Иеремия однажды заявил, что патриарха в Москве он ни за что не поставит, а в крайнем случае сам готов остаться в Москве патриархом. Об этом сразу же донесли Борису. Принимая решение перенести свою кафедру в Москву, патриарх руководствовался не только соображениями личного благополучия, но и более существенными политическими целями. Византийская церковь не оставляла надежд на избавление от турецкого ига. Иеремия рассчитывал на помощь Москвы в деле освобождения Греции от турок.
Как только московским властям стало известно о намерениях патриарха, они пустили в ход дипломатическую уловку. Московские приставы, охранявшие патриарха, начали просить его стать патриархом в Москве. Вроде бы по секрету передавали, что царь и бояре мечтают видеть Иеремию в Москве. Лесть вскружила голову патриарху, он попал в расставленную ему ловушку, и, не дожидаясь официального приглашения, объявил о своем согласии учредить в Москве патриархию и самому стать во главе ее. С этого момента переговоры получили официальный характер и стали фиксироваться в документах Посольского приказа. Царь Федор прислал официальную грамоту, из которой следовало, что Федор давно замыслил иметь в своем государстве патриарха, кого бог благоволит: «Будет похочет бытии в нашем государстве цареградский патриарх Иеремия, и ему бытии патриархом в начальном месте во Владимире, а на Москве бытии митрополиту по-прежнему; а не похочет… бытии в Володи-мире, ино б на Москве учинити патриарха из московского собору».