Патриарх Иов разослал по всем епархиям приказ целовать крест царице. В тексте присяги содержалась клятва верности патриарху Иову, православной вере, царице Ирине, правителю Борису Годунову и его детям. Такая формулировка не могла не вызвать недоумения у части населения.
Однако уже чрез неделю после смерти мужа, 15 января 1598 г. царица Ирина покидает Кремль и отправляется в Новодевичий монастырь, где принимает постриг под именем инокини Александры. Тем не менее она продолжала скреплять печатью все царские указы, изменив только подпись на «царицу инокиню Александру».
Как уже говорилось, большинство служилого дворянства и гражданской администрации было на стороне Годунова. К тому же главой стрелецких приказов был троюродный брат Бориса Иван Васильевич Годунов. От Бориса зависело назначение дворянина на службу, присвоение очередного звания, пожалование поместьями и вотчинами. Многие были обязаны ему своим выдвижением и поэтому опасались перемен. На стороне Бориса был и патриарх Иов, всецело обязанный правителю своим избранием на патриарший престол.
Однако оппозиция Борису была достаточно сильной. Она состояла из титулованной и старомосковской знати, небольшого числа представителей администрации во главе с дьяками Щелкаловыми и части московского духовенства, недовольной Новым. За представителями знатных родов стояли их дворяне, боевые холопы и различная челядь. Оппозиция привлекала в свои ряды чернь, распространяя различные слухи, компрометирующие Годунова, как, к примеру, слух об отравлении царя Федора.
Романовы считали свои позиции прочными и не побоялись первыми выступить с нападками на правителя. Однако борьба за власть расколола Боярскую думу. Забыв старые обиды, Богдан Бельский вместе с Федором Ивановичем Мстиславским, при поддержке Романовых, выступили с предложением посадить на трон «царя» Симеона Бегбулатовича. Но эта кандидатура была более чем спорной, и от нее пришлось отказаться. Себя же Федор Никитич Романов предложить не рискнул, а других кандидатов попросту не было.
По столице быстро распространялись слухи, порочащие репутацию правителя Бориса Годунова. Борис Годунов — первый в отечественной истории выборный царь. Поэтому многие из современников так и не смогли его принять как законного государя. Большинство публицистов считали его восшествие на престол незаконным. Большинство, но не все. Так, С. И. Шаховской писал, что сам Бог решил царский венец передать Борису и называл его при этом «прославленным государем». А патриарх Иов в своей повести описывал эпизод, когда в честь победы над крымскими татарами царь Федор Иванович наградил Бориса Годунова золотой цепью, которую носил сам как знак своей царской власти. Это была заслуженная награда за победу, но, со слов патриарха, это еще и предвещало, «что он после смерти царя будет преемником всего царского достояния, держателем скипетра и правителем превеликого Российского царства; потом, спустя немногие годы, божьим промыслом царское пророчество исполнилось». В целом повесть патриарха Иова изобилует похвалами в адрес Бориса, автор называл его «достохвальным и мудрым правителем», и в «ратном деле весьма сведущим», и «прекрасным», и «храбростью украшенным» и т. п. Но при этом он ни разу не упоминает о смерти царевича Дмитрия и заканчивает свою повесть смертью царя Федора. Патриарх Иов не писал и об избрании Бориса на царство, а в конце своего труда сообщает, что Московское государство осиротело без благородных отпрысков корня Рюриковичей, и что настало теперь время «слез и плача», «без царя мы разорены и осиротели, мы словно овцы, не имеющие пастыря». Патриарх Иов, таким способом, очень тонко обходил стороной вопрос об избрании Бориса, лишь кое-где в повести намекая на то, что Годунов стал царем, и что на это была воля Бога и последнего царя из рода Рюриковичей.
Большинство же современников в своих произведениях видели в незаконном, с их точки зрения, восшествии на престол Бориса Годунова еще одну из причин разразившейся вскоре Смуты.
Но пока еще Борис не стал государем всея Руси, он не без основания опасался за свою жизнь. Правитель перестал ездить в Боярскую думу и укрылся сначала на своем подворье, а затем в стенах хорошо укрепленного Новодевичьего монастыря, где, кстати, пребывала и его сестра «царица инокиня Александра».
Однако, с точки зрения некоторых современников, Борис Годунов, якобы мучимый своей совестью, бежал в Новодевичий монастырь. Как писали летописцы, совесть его мучила «от неправедного убийства» царя Федора. Иван Тимофеев считал, что это бегство было задумано Борисом с большой хитростью, так как, с одной стороны, он боялся мести народа, а с другой — хотел увидеть, «кто кому о его избрании будет говорить заранее, или кто оставит его без внимания», и тогда первых он будет поощрять в будущем, а вторых наказывать. Так ли это было на самом деле, неизвестно, но, возможно, какие-то планы действия Борис имел.
Поражение Бориса избавило великородных бояр от страха, и многие из них заявили претензии на трон. В результате долгих споров 17 февраля 1598 г. бояре пришли к компромиссному решению сделать Боярскую думу временным правительством и выслали дьяка Щелкалова к народу на площадь с предложением присягнуть боярам. Но народ отвечал, что он «знает только царицу», Ирину Федоровну Годунову. На заявление об отказе и пострижении царицы, из народа раздались голоса: «Да здравствует Борис Федорович». Весьма любопытно показана позиция бояр по вопросу престолонаследия в «Ином сказании»: «Велицыи же бояре, иже от корени скипетродержавных и сродни великому государю… Федору Ивановичу… и достойные на се, не изволиша ни много, ни мала поступити и между себя избрати, но даша на волю народу». Борис же, по убеждению автора данного произведения, имея «нрав лукав и пронырлив», прельстил народ дарами, а кого угрозами заставил просить себя взять царский скипетр.
В тот же день, 17 февраля, патриарх Иов созвал на своем подворье соборное совещание, принявшее решение об избрании на трон Бориса. На совете присутствовали бояре Годуновы, их родня Сабуровы и Вельяминовы, некоторые младшие чины думы. Противники правителя на собор приглашены не были.
20–21 февраля патриарху удалось организовать шествие духовенства, бояр и множества народа в Новодевичий монастырь. Они со слезами молили Бориса принять престол. Иван Тимофеев считал, что прошение Бориса на царство было составлено его красноречивыми почитателями и подано в удобное для него время. Главная мысль Тимофеева заключалась в том, что это прошение будет «в будущем губительное для душ, желающих всего суетного». Подобная оценка содержится и в «Ином сказании»: «не дивитися начинанию, но зрите, каково будет скончание. Видев же сие всевидящее недреманное око Христос, яко неправдою восхити скипетр Российския области, и восхоте ему отомсти пролитие неповинные крови…и неистовство его и злоубийство неправедное обличити и прочим его рочителям образ показати, чтобы не ревновали его лукавому суровству». Вот яркий пример того, как в историческом сознании русских современников, и прежде всего интеллектуальной и политической элиты начала XVII в., отражена связь между оценками прошлого и будущим общества и государства, его влияние на политическую практику.
Известно, что Борис несколько раз отказывался от трона, так как считал себя недостойным царского звания. Летописи же говорят, что Годунов добивался престола всеми средствами и старался заранее обеспечить свое избрание угрозами, просьбами, подкупами, перед лицом же боярства и простого народа носил маску лицемерного смирения и отказывался от высокой чести быть царем: «Он же зломысленный проныр лукавый, за много лет сего желая и доступая, и ту яко не хотя, и вскоре на се не подидеся и отрицался много и достойны на се изби-рати повелевал». Семен Шаховской отмечал, что когда Бориса умоляли стать царем, то он «пролил для видимости слезы перед народом, словно не желая того, а на самом деле издавна, задолго до этого дня, в сердце своем власти жаждал и ради этого руки свои обагрил кровью праведного». То же писал Тимофеев, считая, что Годунов превознесся в славе, «изображая нежелание, сам же желая получить власть». Упрашивание Бориса Тимофеев приписывал «человекоугоднической лести». С точки зрения этого публициста, была еще одна причина того, почему Годунов хотел, чтобы его упрашивали стать царем подольше, — чтоб сразу не раскрылось его истинное желание принять царский скипетр. Тимофеев упоминает и такую деталь, скорее для того, чтобы придать своим доводам больший вес, что когда Борис Годунов вышел к народу, то обмотал платок вокруг шеи, давая понять этим жестом, что готов удавиться, если толпа не перестанет его принуждать к царствованию. Это был хитро продуманный жест, отмечал Тимофеев, чтоб ввести всех в заблуждение. Но не все поверили в искренность Бориса, были и такие, кто «понимал весь обман происходящего» и в первую очередь это был сам автор — дьяк Иван Тимофеев. В «Ином сказании» прямо говорилось, что были люди, не хотевшие избрания Бориса на царство, но «ради его злаго и лукавого промысла никто не сме противу его рещи». И хотя они и понимали обман, «но не смогли предотвратить желаемого богом, ибо бог позволил этому свершиться для предостережения в будущем тех, кто захочет действовать так же». Получается, что для современников избрание царя нисколько не зависело от людской воли, а целиком находилось в руках божественного Провидения. В этом, с точки зрения русских публицистов, было своего рода оправдание свершившемуся.