Ситуация изменилась после свержения Годуновых и воцарения Лжедмитрия. Оставшиеся в живых Романовы были возвращены из ссылки и осыпаны милостями от нового царя. Филарет Никитич был возведен в сан митрополита Ростовского. Не оставил вниманием самозванец и девятилетнего сына Филарета Михаила — он был одарен богатыми подарками, одним из которых был драгоценный посох.
После свержения Лжедмитрия I и воцарения Василия Шуйского Михаил Федорович был определен на службу. Хотя он еще не достиг совершеннолетия, а таковое тогда считалось по достижению пятнадцати лет, Михаил участвовал в дворянском смотре и был записан в чине стольника в боярском списке 1607 г. Это был его первый дворцовый чин.
Однако вскоре Михаилу снова было суждено разлучиться с отцом. Когда в Тушино оказался Лжедмитрий II, то в его ставке патриархом был поставлен Филарет, а Михаил вместе с дядей Иваном Никитичем Романовым находился в осажденной тушинцами Москве.
Ситуация в стране приобретала все более катастрофический характер. С «тушинским вором» было покончено, но в гражданскую войну вмешались иноземцы. Началась польская, а позже — с 1610 г. — шведская интервенция. Непопулярного в широких кругах Василия Шуйского свергли с престола и постригли в монахи. Одним из руководителей заговора против царя Василия был и митрополит Филарет, который после поражения Лжедмитрия II сначала пытался бежать под Смоленск к Сигизмунду III, но был пленен после боя под Волоколамском и отправлен в Москву. Патриарх московский Гермоген объявил «воровского» патриарха пленником и жертвой Лжедмитрия II и признал его право на прежний сан ростовского митрополита.
Претендент на трон
После свержения царя Василия произошли новые перемены в жизни Михаила Романова. Теперь он превратился в реального претендента на трон. В его пользу говорили популярная в народе фамилия и родство с последним законным царем Федором Ивановичем, которому он доводился двоюродным племянником. Сохранилось свидетельство того времени о характере молодого Романова, оставленное архиепископом Арсением Елассонским. Он отзывался о нем как о «юноше благоразумном, скромном и рассудительном». Кандидатуру сына выдвинул отец, понимая, что самому ему невозможно вернуться в мирскую жизнь, и рассчитывая посадить на трон своего четырнадцатилетнего сына.
Михаил имел неплохие шансы. Филарет нашел сторонников среди посадского люда. На его стороне выступал и патриарх Гермоген. Однако у Филарета было много и противников. Против Михаила выступило духовенство, чьего доверия Филарет так и не успел снискать. Князья церкви не смогли простить Филарету службы при дворе «тушинского вора». Кроме того, иерархи завидовали его быстрой церковной карьере.
Тем временем власть оказалась в руках так называемой «семибоярщины». Это было своего рода временное правительство до избрания нового государя. Название свое в народе оно получило по количеству членов, в него входящих. Это были князья Федор Мстиславский, Иван Воротынский, Василий Голицын, Федор Шереметьев, боярин Иван Романов, Андрей Трубецкой и Борис Лыков. Представители этого правительства заключили договор с польским королем Сигизмундом III о призвании на русский престол его сына Владислава. Под предлогом подготовки к коронации королевича в ночь с 20 на 21 сентября 1610 г. в Москву вошли польские войска коронного гетмана Жолкевского. Современники достаточно тяжело переживали это событие, рассматривая его как акт государственного унижения. Они осуждали москвичей за непротивление захватчикам и политическую пассивность, граничившую, по их мнению, с изменой: «Не уразумев коварства, послабели умами и совершили пагубно и злое, ибо пелена покрыла их очи и не увидели они обмана: приняли гетмана со всем его войском в город и покорились ему, от него и погибли». Из приведенного суждения очевидно, что виновниками случившегося в глазах современных публицистов выступали не только представители боярской верхушки, но и все жители Москвы. Князь Хворостинин даже шутил по этому поводу: «Большой чести мы удостоились у иноверного царя — получили мы в славном городе еретиков».
После занятия Москвы в русском обществе распространилась мысль о подчинении Сигизмунду, которая внедрялась в народное сознание представителями правящей верхушки, видевшей возможность расширения собственных привилегий. Против подобного подхода активно выступили русские публицисты, которые гневно осуждали политику «русских изменников»: Федора Андронова, Михаила Молчанова, Михаила Салтыкова, Ивана Грамотина, Василия Юрьева. В произведениях современников преобладают проклятия и осуждение по адресу всех тех, кто сотрудничал с интервентами. Эти люди служили еще второму самозванцу, а их действия определялись личной корыстью, опасностью преследований со стороны московского правительства и целым рядом других причин. Наиболее видным представителем этой социальной прослойки был «Михалко» Молчанов, само именование которого содержит уничижительные тона. Он «заслужил» почетное прозвище «государев изменник» еще в царствование Бориса Годунова и являлся типичным авантюристом, характерным для европейской действительности позднего Средневековья. Рядом с ним стоит знаменитый Федька Андронов, «торговый мужик», кожевник, который при Лжедмитрии II получил чин думного боярина. Указанные исторические персонажи, «самые худые люди», «молодые детишки боярские», при традиционном развитии русского государства вероятнее всего остались бы безвестными, но в условиях Смутного времени они оказались вознесены к вершине власти. Администрация Лжедмитрия II находилась под контролем приказных дьяков, которые приобрели небывало высокий статус, составив реально управляющую элиту тушинского лагеря. В момент поражения второго самозванца они вступили в тесную связь с Сигизмундом, поддерживая его притязания на власть в русских землях в обмен на земельные и должностные пожалования. Как только ни обличали современники этих «изменников» за пособничество полякам, называя их и «отступниками от добра», и «многих душ губителями», и «губительными волками». Автор одного из публицистических произведений дал емкую и образную характеристику сторонникам Сигизмунда: «домашние враги… ради мимолетной, суетной, земной славы лишили себя будущей бесконечной жизни».
Намного сдержаннее характеризовали современники представителей боярства, сговорившихся с поляками. Они отмечали, что одни из страха, а другие из корысти передали власть интервентам. За это они получили другую форму интеллектуального осуждения: «Не осталось премудрых старцев, и силы оставили дивных советников, и отнял господь у земли богатырей ее». Публицисты Смутного времени даже не упоминают имен бояр, вошедших в сговор с поляками. В данном случае очевидно, что подобный подход детерминировался политическими интересами, ибо с моральной точки зрения представители «семибоярщины» заслуживали не меньшего осуждения.
Тем не менее москвичи присягнули на верность королевичу Владиславу. После принесения присяги московское правительство снарядило посольство к королю Сигизмунду III в его лагерь под Смоленск с целью окончательного разрешения всех спорных вопросов договора о приглашении королевича на русский трон. Гетман Жолкевский постарался включить в состав посольства наиболее опасных для польского претендента лиц. Согласно прямой инструкции Сигизмунда III Жолкевский убедил Василия Голицына и Филарета Романова возглавить посольство, тем самым устранив из Москвы наиболее опасных для Польши претендентов на русский трон. Будучи под Смоленском в королевском лагере, Филарет вместе с другими представителями Великого посольства после долгих переговоров отказался подписать навязанные поляками условия договора и девять лет провел в польском плену.
Гетман подумывал и о том, чтобы отослать к королю Михаила Романова, но тот был слишком мал, чтобы можно было включить его в состав посольства. Князь В. В. Голицын был для Владислава еще более опасным соперником, чем малолетний Михаил. Жолкевский также дал знать королю, что Филарет замыслил посадить на трон сына, на стороне которого патриарх и народ.