Соляной налог вскоре был признан мерой неудачной, и в декабре 1647 г. был издан указ, извещавший о возвращении к прежней системе налогообложения. При этом население должно было уплатить ямские и стрелецкие деньги за прежние годы. Это лишь подлило масла в огонь. В память о неудачном реформировании даже появилась присказка: «Пошли было на хлебы, да соль своротила».
К этому присоединились злоупотребления Морозова и Милославского, а также слух о пристрастии царя и правителя к иностранным обычаям. Все эти причины вызвали народный бунт в Москве и беспорядки в других городах, которые принято называть «соляным бунтом».
В мае 1648 г. Алексей Михайлович вместе с царицей отправился на богомолье в Троице-Сергиев монастырь. Между тем в столице усиливалось брожение. 1 июня толпа москвичей окружила возвращавшийся в город царский поезд с целью вручить ему петиции, о содержании которых можно только догадываться. Но вручить челобитные государю не удалось. Стрельцы разогнали народ, арестовав нескольких челобитчиков.
2 июня состоялся крестный ход, во время которого толпа окружила царя, оттеснив охрану и придворных. Самые отчаянные обвисли на узде коня, заставив Алексея Михайловича остановиться. Царь был сильно напуган таким неожиданным нападением. Он пообещал рассмотреть жалобы и наказать виновных. Схваченных накануне челобитчиков освободили. Но толпе этого показалось мало. Следом за царем москвичи ворвались в Кремль. Тогда Морозов приказал стрельцам разогнать чернь. Но неожиданно стрельцы отказались «сражаться за бояр против простого народа» и перешли на сторону восставших.
Власти вынуждены были начать переговоры. Однако парламентеров, боярина Темкина-Ростовского и окольничего Пушкина, толпа едва не разорвала. В это время в Кремле и за его пределами начались погромы дворов Морозова и его сторонников.
Во время погромов был убит думный дьяк Назарий Чистой, один из инициаторов введения соляного налога. Он пытался спрятаться у себя на чердаке в груде веников, но один холоп выдал господина. Дьяка выволокли из укрытия и растерзали. Народ стал требовать наказания самых одиозных фигур — Морозова, главы Земского приказа Л. С. Плещеева и начальника Пушкарского приказа П. Т. Траханиотова.
К восставшим вновь обратились с переговорами бояре Н. И. Романов и Я. К. Черкасский, пользовавшиеся большим уважением в народе. Между тем в Москве ширились погромы. Восставшие уже не разбирались, чьи дворы они громят. Начались пожары. Итогом переговоров стала выдача Плещеева, разъяренная толпа забила его до смерти камнями и палками. Но народ требовал Морозова и Траханиотова. Многие бояре были за то, чтобы выдать восставшим ненавистного временщика.
Но тут в переговоры вступил сам царь. Выйдя на крыльцо, Алексей Михайлович просил пощадить Бориса Ивановича, обещая навсегда удалить его из Москвы и более никогда не поручать ему никаких дел. По свидетельствам некоторых очевидцев, царь будто бы даже плакал. Обещание было закреплено крестоцелованием. Вместо Морозова казнен был окольничий Траханиотов. 5 июня на плахе ему отрубили голову. Царь поспешил тайно отправить Морозова в Кириллово-Белозерский монастырь. После того как народное волнение стихло, Морозов возвратился ко двору и пользовался царским расположением, но не имел прежнего значения в управлении.
После «соляного бунта» в Москве произошла смена правящей верхушки. Ключевые посты, некогда принадлежавшие царскому «дядьке», перешли в руки его противников — князя Я. К. Черкасского и боярина Н. И. Романова. Черкасский возглавил приказы Стрелецкий, Иноземный и Большой казны, а Романов, по некоторым сведениям, председательствовал в Боярской думе.
Московский мятеж 1648 года, отразившийся и в других городах, таких как Сольвычегодск, Устюг-Великий, Новгород и Псков, был рожден острой социальной неудовлетворенностью, которую испытывали средние слои русского общества. Эта неудовлетворенность копилась в продолжении 20–40-х годов, когда самые заветные чаяния уездного дворянства и посадского населения не получали удовлетворения. Их требования наиболее полно прозвучали в Большой всенародной челобитной 10 июня 1648 г. Просительная по форме, она была вызывающе дерзка по содержанию. В ней ярко обнаружились ненависть народа к «сильным людям», ропот против самого царя, которого молва обвиняла в попустительстве злоупотреблениям этих «сильных людей». Выход из сложившейся ситуации челобитчики видели прежде всего в созыве Земского собора, который бы коренным образом пересмотрел давно уже устаревшую систему суда, судопроизводства и права. Поместное дворянство, долгие годы пытавшееся придать своим владельческим и крепостническим притязаниям четкие юридические формы, заставило правительство пойти на уступки.
16 июля 1648 г. в Москве был созван Земский собор. Главным требованием выборных людей стало проведение судебной и правовой реформы. По приговору царя вместе с Боярской думой и освященным Собором было решено составить новый свод законов — Уложение. Всю подготовительную работу, связанную с созданием проекта нового законодательства, должна была выполнить особая комиссия — Уложенный приказ. Возглавил его боярин князь Никита Иванович Одоевский. В товарищи Одоевскому был назначен князь Федор Федорович Волконский по прозвищу Мерин. Волконский приобрел известность обороной Белой от поляков в 1634 г., за что был пожалован в окольничие. Потом он несколько лет сидел в Челобитном приказе, часто участвуя в дипломатических переговорах.
Третьим судьей Уложенного приказа стал окольничий князь Семен Васильевич Прозоровский. В помощь им были назначены дьяки Ф. Грибоедов и Г. Леонтьев. Всем этим лицам, вместе со съезжавшимися в столицу земскими выборными, предстояло работать над Уложением, призванным унять обрушившиеся на страну и власть «бунташные времена».
К 1 сентября были вызваны в Москву на собор выборные люди разных чинов государства. 3 октября царь с духовенством и боярами начал слушать составленный комиссией проект, который в то же время читался выборным людям, существенно повлиявшим своими челобитными на решение некоторых важных законодательных вопросов. Пока составлялось Уложение, в разных уголках страны еще вспыхивали мятежи. В январе 1649 г. ходили толки о возможности нового восстания в столице. По словам патриарха Никона, сам собор для составления Уложения был созван «боязни ради и междоусобия от всех черных людей, а не истинной правды ради».
Тем не менее, к январю 1649 г. Уложение было в основном закончено. Включающее в себя 25 глав и почти тысячу статей, оно было переписано и склеено в столбец длиной в 309 метров, на обороте которого поставили свои подписи думные чины, духовные власти и большинство выборных.
Разосланное в том же 1649 г. по приказам и воеводским канцеляриям, Уложение не только завершило собой ряд процессов внутренней жизни страны, начавшихся со Смуты и под ее влиянием, закрепило законом положение государства, создавшееся из этих процессов к середине XVII в., но явилось также основой и для дальнейшего развития законодательства.
По Соборному уложению ликвидировались белые слободы у патриаршего дома и церковных иерархов, которые не несли общегосударственного тягла. Две главы были посвящены соблюдению престижа царской власти и определению мер наказания за все помыслы и действия, наносившие урон как «государственной чести», так и царскому двору. Соборное уложение запретило церкви расширять ее владения, отменяло урочные лета, срок, в течение которого шел розыск и возвращение беглых крестьян своим владельцам, после того, как последние подавали челобитную о поимке, и вводило бессрочный розыск, тем самым окончательно закрепив крестьян за помещиками, ограничило источники холопства.
С течением времени Уложение пополнялось по отдельным пунктам новыми статьями. Таковы были при Алексее Михайловиче статьи о разбойных и убийственных делах (1669), о вотчинах и поместьях (1676). По мысли правительства, издание Уложения должно было внести порядок и закономерность в управление и утишить народное недовольство. Оно было современно, так как отвечало на самые жгучие общественные запросы и нужды. Оно было и фундаментально, поскольку нормативно закрепило то, что определяло существо отечественного исторического процесса: крепостничество и самодержавие. Оно было декларативно и публично, в том смысле что формально делало доступным право для всех.