Однако царь выздоровел и вопрос о престолонаследии отпал сам собой. Но с тех пор началось охлаждение царя к его прежним друзьям. На первых порах этот эпизод оставался без видимых последствий. Был прощен царем даже князь Семен Иванович Лобанов-Ростовский, выступавший за принесение присяги Владимиру Андреевичу, а после выздоровления Ивана IV пытавшийся даже бежать в Литву. Вынесенный ему Боярской думой смертный приговор за попытку бегства Иван Грозный заменил заточением в тюрьму на Белоозере. Но, разумеется, он ничего не забыл. Следствие по делу Лобанова-Ростовского вскрыло существование целой группы княжат, непримиримо настроенных к Захарьиным и искавших покровительства в Литве.
Сильвестр и члены рады занимали среднюю позицию во время правительственного кризиса. Они беспрекословно присягнули тогда царевичу, но рассчитывали, видимо, уговорить Ивана назначить Дмитрию опекуном Владимира Андреевича, а тот за это сохранил бы влияние «Избранной рады». Зная это, Иван Грозный после выздоровления не пошел на прямой разрыв с радой, но влияние ее теперь стало сходить на нет.
Вскоре решился и вопрос с наследником — 28 марта 1554 г. у Ивана Грозного и Анастасии Романовны родился сын Иван. Через год родилась дочь Евдокия, а 31 мая 1557 г. сын Федор. Казалось бы, семейное счастье было достигнуто, и династического кризиса можно было уже не опасаться.
Ливонская война
Резко переменилось и направление внешней политики страны с восточной на западную. В 1553 г. английская торговая компания снарядила в Китай через Ледовитый океан экспедицию, часть которой погибла, а часть во главе с Ричардом Чэнслором прибыла в устье Северной Двины и добралась до Москвы, где милостиво была принята Иваном Васильевичем. Через два года Чэнслор явился уже послом от английского правительства и заключил договор о беспошлинной торговле англичан в России, а в 1557 г. московский агент, Осип Непея, добился в Англии того же для русских. Это оживило в Москве мысль пробиться к Балтийскому морю, чтобы установить непосредственные и более удобные, чем на севере, сношения с Западной Европой, которым решительно препятствовал Ливонский орден, не пропустивший в Россию набранных в Германии по поручению Ивана саксонских мастеров и художников. Внутренние отношения в Ливонии (борьба протестантских городов с католическим рыцарским орденом и архиепископом) давали надежду на успех.
В 1558 г. Иван Грозный начал Ливонскую войну. Началась война успешно. Русские войска взяли Нарву и Дерпт и дошли до Ревеля. К 1560 г. была завоевана почти вся Ливония. Но в 1559 г. под влиянием Адашева, осознавшего трудности ведения войны при сохранении опасности со стороны Крыма, было заключено перемирие. После этого началось разложение Ливонского ордена. Эстляндия перешла под власть Швеции, остров Эзель уступлен Дании, в 1561 г. отделилось герцогство Курляндское под властью бывшего магистра ордена Кетлера. После этого ливонские феодалы подписали соглашение с польским королем Сигизмундом II Августом о переходе под его протекторат архиепископства Рижского и орденских земель, который потребовал вывести русские войска из своих новых владений. Назревала война с Польшей и Швецией.
На фоне этого отношения между царем и его советниками настолько обострились, что А. Адашев нашел неудобным оставаться при дворе и отправился в почетную ссылку в Ливонию, третьим воеводой большого полка. Сильвестр, упрекавший Ивана за войну с христианами-немцами, ушел в монастырь.
Тем временем 7 августа 1560 г. после продолжительной болезни умерла царица Анастасия Романовна. При жизни жены царь учитывал мнение своего окружения и добился немалых успехов. После ее смерти он перестал слушать достойных людей и обрушил страшные кары на головы верных своих слуг. Смерть царицы имела для страны весьма тяжелые последствия. Курбский, говоря о смерти Анастасии, упоминает о клевете на Сильвестра и Адашева, «аки бы спаровали ее оные мужи». Сам царь во втором послании к Курбскому писал: «…а и с женою меня вы про что разлучили? Только бы у меня не отняли юницы моея, ино бы Кроновы жертвы не было». Несомненно, что смерть царицы тяжело отразилась на душевном состоянии Ивана и была одним из обстоятельств, обостривших его борьбу с боярством.
По приказу Ивана Грозного над Адашевым и Сильвестром состоялся суд. Адашева посадили под стражу в Дерпте, где он заболел горячкой и через два месяца скончался. Сильвестра заточили в Соловецком монастыре. Это послужило сигналом тому, что царь разрывает со своей прежней политикой и со своим стремлением к достижению компромисса между разными слоями общества.
Иван спешит покончить с прежними условиями жизни и в августе 1561 г. склоняется на просьбу митрополита Макария вступить в новый брак. Второй женой царя стала черкесская княжна Кученей, в православии Мария Темрюковна. Подозревая, что Анастасия была отравлена боярами-княжатами, Иван предпринимает ряд мер, направленных против них.
С 1561 г. он берет записи знатных бояр о неотъезде в Литву и иные места и связывает их поручными записями друг за друга. В 1562 г. издается указ о княжеских вотчинах, разрешивший наследование их только прямым потомством мужского пола, за отсутствием которого они отписывались на государя. Пошли многочисленные казни и опалы без суда, сопровождавшиеся конфискацией земельных владений пострадавших.
21 марта 1563 г. у Ивана от второй жены родился сын Василий, который вскоре умер. Умер в самом конце 1563 г. и митрополит Макарий, игравший столь значительную политическую роль при дворе царя. На его место избрали Афанасия (1564–1566), монаха Чудова монастыря и бывшего духовника царя.
В 1564 г. бежал в Литву с театра войны князь А. М. Курбский, незадолго до того назначенный воеводой в Юрьеве (Дерпте), где оставил жену и сына и написавший оттуда Ивану письмо с обвинениями в жестокости и оправданием своего поступка правом слуг царских отъехать, раз их освященное историей положение в Москве попирается царем. По существу, это было обвинение в разрыве царя с устоями, на которых держится православное царство. На это Иван ответил Курбскому обширным посланием с обвинением бояр, которые во главе с Сильвестром стремились устранить его, самодержавного богоданного царя, от всякого участия во власти, оставить ему только титул и честь «председания» в их совете, и укрепляли положение аристократии произвольной раздачей земельных приобретений Иоанна III и Василия III. Царь отверг все обвинения князя. При этом он подчеркивал, что именно тот строй, когда «Российское самодержавство изначали сами владеют своими государствы, а не бояре и вельможи», более всего соответствует устоям православного царства. Иной же порядок, когда государи «царствии своими не владеют, как им повелят работные их, так и владеют». Еще один провозглашавшийся им принцип: «жаловати есмя своих холопей вольны, а и казнити вольны же» — являлся главным принципом будущего правления Ивана Грозного.
Опричнина
Под прямым влиянием письма Курбского Иван, не имея возможности установить свое самовластное правление и полностью ликвидировать самостоятельность Боярской думы и церкви, 3 декабря 1564 г. покинул Москву, отправившись якобы на богомолье по монастырям. Но вместе с собой царь взял царицу, царевичей, придворный штат, военную охрану, дворцовую казну и церковные святыни. Поездив по монастырям, он остановился в Александровской слободе. 3 января 1565 г. в Москве были получены две грамоты от Ивана. Одна, с обвинением бояр в измене и своекорыстии и духовенства в потворстве злым своим заступничеством, объявляла, что, не желая терпеть этого, он оставил свое государство и поехал поселиться, где Бог ему укажет. Другая, на имя «черных» людей и купцов Москвы, гласила, что на них царь гнева не имеет и не налагает на них опалы. И тогда 5 января от Москвы была послана депутация во главе с митрополитом Афанасием просить Грозного вернуться на царство. Ловко сыграв на монархических чувствах народа, Иван согласился, но в качестве условия своего возвращения поставил выделение ему особого удела — опричнины, где он установит свое правление и подберет себе верных людей. Еще одним условиям он поставил предоставление ему права класть опалу, казнить изменников и конфисковать их земли без того, чтобы за них заступалась церковь. На остальной территории страны — земщине — оставался прежний порядок управления.