Опричнина, составившая в противовес земщине личное владение царя, должна была обеспечивать нужды его «особого обихода дворцового», заново реорганизованного. В Москве, на Воздвиженке, был построен новый дворец; к нему приписаны в самой Москве некоторые улицы и слободы и вне ее ряд городов, сел и волостей, которые обложены были «кормленым окупом» на содержание многочисленного придворного штата и тысячного корпуса личных телохранителей, размещенных на территории опричнины и на местах выведенных теперь прежних вотчинников и помещиков, которые лишались своих земель «с городом вместе, а не в опале, когда государь брал город в опришнину» и испомещались на территории земщины. Земщину, «государство свое Московское», Иоанн приказал ведать боярам, которым повелел «быти в земских». Только в особо важных случаях земские бояре должны были обращаться с докладом к Ивану.
В жизни и личном поведении Ивана это обособление царя и его будничного обихода сказывалось в крайне отрицательных и подчас странных формах. Методы проведения опричной политики были кровавыми и страшными.
Опричников боялись и ненавидели, поскольку земский человек был бесправен перед ними. Метла и собачья голова, которую опричники прикрепляли к своему седлу, стали символами опричнины. Склонный не только к казням и расправам, но и к шутовству и юродству, Грозный представлял опричников в виде монашествующей братии. Поэтому они носили грубые рясы, под которыми скрывались богатые одеяния. Распорядок дня в Александровской слободе, являвшейся центром опричнины, где царь часто проживал, был своеобразной пародией на монашескую жизнь. Совместные молитвы и трапезы, в которых участвовал царь, сменялись пытками в застенках, в которых он также принимал участие. Будучи одновременно и мучителем, и актером, он в Слободе играл роль игумена.
Одновременно Иван Грозный, абсолютно уверенный в божественном происхождении совей власти, выступал в роли бога, а опричники представлялись в виде чертей, призванных наказывать грешников. Наиболее видные из опричников того времени — Алексей Данилович Басманов-Плещеев, князь Афанасий Иванович Вяземский, а особенно — любимец царя и главный палач опричнины с конца 60-х гг. Григорий Лукьянович Скуратов-Бельский по прозвищу Малюта.
Очень значительным было всеобщее возмущение политикой опричнины. Это недовольство населения поддерживала церковь. В знак протеста против опричнины митрополит Афанасий 19 мая 1566 г. оставил кафедру и удалился в монастырь. После совета с земскими боярами царь предложил занять митрополичью кафедру казанскому архиепископу Герману Полеву, но тот также негативно относился к политике, проводимой Иваном Грозным. Тогда против Германа выступила опричная дума, а через два дня его заставили оставить кафедру. Вынужденный учитывать мнение церкви и влиятельных земских бояр, царь согласился предложить кафедру игумену Соловецкого монастыря Филиппу, в миру Федору Степановичу Колычеву. Но и Филипп поставил условием принятия им сана отмену опричнины.
В июле 1566 г. был созван Земский собор по вопросу о продолжении Ливонской войны. Собор поддержал продолжение войны, но более 300 его участников подали царю челобитную об отмене опричнины. Это требование являлось предложением царю пойти на уступку в ответ на уступку самого собора, согласившегося ввести новые налоги на войну. Но в вопросе об опричнине Грозный на уступки не пошел. Все челобитчики были арестованы и вскоре выпущены, а троих, признанных заводчиками, казнили. Это были князь Василий Федорович Рыбин-Пронский, дворяне И. Карамышев и К. Бундов. Возможно, что Филипп добился у царя помилования многих челобитчиков. Но взамен ему пришлось согласиться с сохранением опричнины.
Сохранение опричнины означало продолжение репрессий и бесчинств, террора по отношению к населению. На фоне многочисленных казней 1566–1567 гг. современникам особенно запомнилась казнь боярина Ивана Петровича Челядина-Федорова. Этот был богатый и авторитетный в народе боярин, известный своей неподкупностью и справедливостью. Он во всем поддерживал царя и решительно отверг предложение польского короля Сигизмунда II Августа перейти к нему на службу. Но мнительный и подозрительный Иван Грозный не поверил Федорову. Перед казнью он заставил боярина надеть царскую одежду, взять скипетр и усесться на трон, затем стал воздавать ему царские почести, пародируя их, и, наконец, собственноручно зарезал его. Та же участь постигла и его жену Марию, и всех его слуг, а все имущество боярина было разграблено. Затем были убиты князья, которых Грозный считал сообщниками Федорова, и среди них — Дмитрий Михайлович Ряполовский, одержавший немало побед над крымцами.
Против злодеяний опричников выступил митрополит Филипп. 22 марта 1568 г. он отказался благословить царя и публично осудил опричнину и казни. Между тем бесчинства продолжались. По свидетельству очевидцев, опричники, которых возглавляли князь Вяземский, Малюта Скуратов и Василия Грязной, насильно забирали прямо из домов дворян, дьяков, купцов их жен, известных своей красотой, и вывозили их из Москвы. Их на выбор представляли царю, который некоторых отбирал для себя, а других оставлял опричникам. Многие из несчастных женщин, над которыми надругались царь и опричники, вскоре умерли.
По совету своего духовника протопопа Благовещенского собора Евстафия царь инициировал следствие против ненавистного ему митрополита Филиппа, чтобы осудить его за недостойное якобы поведение в бытность игуменом Соловецкого монастыря. Ложные, но необходимые для царя показания дал новый Соловецкий игумен Паисий. Из страха перед царем церковные иерархи низложили Филиппа. И когда 8 ноября 1568 г. святитель вел службу в Успенском соборе, туда явились опричники во главе с Алексеем Басмановым, сорвали с митрополита его ризы и выгнали из собора метлами. Затем его сослали монахом в тверской Ороч монастырь. Позже он был задушен Малютой Скуратовым по приказу Грозного, который так и не смог простить непокорного святителя.
Между тем продолжалась Ливонская война. В 1563 г. русское войско взяло Полоцк. Это был крупный успех. Но в 1564 г. поляки нанесли русским войскам два серьезных поражения — 26 января на реке Улла и 2 июля под Оршей. На этом фоне нарастал конфликт Ивана IV с Боярской думой, недовольной возвышением безродных опричников и стремлением царя править самовластно. В то же время росла подозрительность Ивана Грозного по отношению к боярам, некоторые из которых пытались укрыться от царского произвола в Литве, не всегда, однако, удачно. По подозрению в измене после поражения при Улле были убиты по приказу царя Михаил Петрович Репнин и Юрий Иванович Кашин, проявившие себя при взятии Полоцка. Репнина при этом арестовали в церкви и убили на улице, а Кашина — во время утренней молитвы.
Чем больше творилось в стране преступлений, тем больший страх охватывал царя Ивана IV. Показателем тому служит посылка в Англию в 1568 г. к королеве Елизавете I дворянина Андрея Савина с тайным заданием просить королеву предоставить царю убежище на слу чай бегства из России. Подготовка к побегу в Англин: шла в течение 1568 и 1569 гг., когда строились мощные укрепления в Вологде, из которой водным путем можно было достичь Белого моря. Для этой цели там строились плоскодонные речные суда. Из Соловецкого монастыря, согласно тщательно разработанному плану, царя с семьей в Англию должен был доставить английский морской флот.
Репрессии продолжались и дальше. Все большие подозрения царя вызывал его двоюродный брат, князь Владимир Андреевич Старицкий, который после смерти в 1563 г. родного брата Ивана, Юрия Угличского, был последним удельным князем и который, как он полагал, думал сделаться царем, используя боярский заговор. Возможно, что Грозный подозревал князя Владимира Андреевича в отравлении своей второй жены Марии Темрюковны, умершей 6 сентября 1569 г. В конце сентября 1569 г. царь вызвал к себе Владимира и велел ему выпить вино с ядом. Вместе с ним были отравлены его жена Евдокия и их сыновья Георгий и Иван. На Белоозере была убита его мать княгиня Евфросинья Андреевна, в монашестве — старица Евдокия. Не пощадил Иван Грозный и свою невестку, вдову Юрия Васильевича — Юлиану Дмитриевну Палецкую, которая после смерти мужа была пострижена в монахини. Несчастную женщину утопили.