В 1687 году регентша назначила Василия Голицына главнокомандующим кампании. Этим назначением она совершила личную и политическую ошибку, которой только и ждали Нарышкины и подросший Петр Алексеевич. После волнений 1682 года Наталья Нарышкина держалась на заднем плане. Ее не изгнали из Кремля, но летом она жила в селе Преображенском, а зимой – в Москве. С 1682 по 1689 год мать Петра не принимала участия в политике. В полной тиши она собирала силы и союзников для своего сына. Она поддерживала постоянный контакт с патриархом Иоакимом и готовила Троице-Сергиев монастырь, чтобы в случае крайней необходимости укрыться в нем. Петр был царем, Софья правила от его имени, но все участники считали пробу сил неизбежной. В то время как Софья недоверчиво смотрела на потешные полки Петра в Преображенском, Наталья внимательно следила за действиями Василия Голицына.
Голицын был успешным и блестящим дипломатом и политиком. В военном руководстве он понимал мало. Его войско, усиленное днепровскими и донскими казаками, выступило по направлению к Крыму, однако поля битвы не достигло. Степной пожар остановил полки, лишил их пастбищ для лошадей и вынудил повернуть назад. Но в Москву русские войска неожиданно вошли как «победители». Софья не только осыпала Голицына почестями, но и само поражение было представлено победой. Царь Петр I со злобой наблюдал за победными парадами, его мать предчувствовала шанс для возвращения к власти. За первым походом весной 1689 года последовал второй. Вновь во главе стоял князь Голицын, его помощником был шотландский генерал Патрик Гордон. Сначала русские солдаты отразили нападение татар и прорвались к воротам крепости Перекоп, которая закрывала доступ в Крым. Здесь Голицын остановился. Позднее он объяснил Софье свой отказ от штурма крепости тем, что крымский хан предложил перемирие на выгодных условиях.
Московское войско без видимых причин повернуло назад. Еще раз поражение нельзя было истолковать как победу. Софья чувствовала, как над ее головой сгущаются тучи грядущего кризиса. Ей не принесло пользы и то, что 27 августа 1689 года в Нерчинске русские дипломаты заключили первый договор европейского государства с Китаем. Нерчинский договор впервые маркировал границы, которые, правда, еще не были точными, факт сам по себе имел большое значение, как и договоренность о приграничной торговле. Договор был внешнеполитическим успехом для Русского государства, который, однако, не смог ни компенсировать поражение на Юге, ни остановить падения Софьи.
8 июля 1689 года в Московском Кремле произошло открытое столкновение между Софьей и Петром. В этот день там состоялся праздник иконы Богоматери Рязанской – шествие в память освобождения Москвы от польского господства в 1612 году. Оба царя и регентша принимали участие в праздничной процессии. Как только царь Петр I увидел Софью, он приказал сейчас возвращаться во дворец. Софья не отреагировала. Красный от ярости Петр вскочил на коня и галопом помчался прочь. Он дрожал от гнева: Петр желал власти, он был совершеннолетним. Но Софья с 1686 года демонстративно называла себя «самодержицей».
Правительница стояла перед серьезной проблемой. Ее приверженцы среди Милославских и Голицыных придерживались того мнения, что для факта регентства достаточно существования царя Ивана V, который обеспечивает главенство семьи. Одновременно у Софьи было много врагов в Боярской думе, потому что она принадлежала к Милославским, потому что она была умной и уверенной в себе, потому что Голицын потерпел поражение в Крымских походах и потому что Петр с Нарышкиными хотели единоличной власти. Софья не была коронована. Этот факт тяготил ее. Только с преданным ей дворянством она ничего не могла сделать. Софья должна была ограничиться тем, чтобы держать в поле зрения подросшего Петра и его мать и по их поведению определять собственные шансы на сохранение власти. Это было изнурительно, трудно и рискованно. Софья знала все о повседневной жизни 15-летнего Петра и его двора в Коломенском и Преображенском. Она знала о его пристрастии к солдатам, кораблям, техническим новинкам, иностранцам и жизнерадостным женщинам. Она знала его ум, энергию и дикость, его буйный нрав и несдержанность, его неожиданные приступы гнева. Знала правительница и Наталью Нарышкину. Софья боялась того дня, когда Петр заявит о своих властных притязаниях. Сначала Петр внезапно появлялся на заседаниях Думы. Он дико озирался, не говорил ни слова и исчезал так же немотивированно, как и появлялся. После первого Крымского похода Петр отказал полководцу Голицыну в аудиенции. Софья попыталась смягчить проблему ироническим замечанием: «Мой брат, вероятно, сильно занят с укреплениями и кораблями». В действительности ее беспокойство росло день ото дня. Несмотря на весь свой ум и тактическую ловкость, она не знала, ни в какой момент, ни с какой стороны нападут Нарышкины. Войско еще было на ее стороне. Но насколько прочен союз с солдатами, Софья знала с тех времен, когда она сама добивалась регентства.
Столкновение последовало 8 июля 1689 года. Софья не хотела отказываться от власти, потому что она властью обладала и потому что она, конечно, не считала Петра способным править. Конфликт между волей и самоотречением парализовал ее решимость. Она утратила сначала свое тактическое чутье и затем – регентство.
Июльской ночью 1689 года Петр получил в Коломенском дворце известие о готовящемся покушении на свою жизнь. В панике он бежал из Коломенского и нашел для себя готовое укрытие в расположенном неподалеку Троице-Сергиевом монастыре. Хотя, как говорят, доверенные лица Софьи Шакловитый и Медведев и разработали план, как заставить Петра отказаться от трона, но они решительно отрицали покушение на убийство. Здесь есть определенная логика. Если бы Софья намеревалась отдать приказ убить Петра, она не стала бы дожидаться, пока он достигнет совершеннолетия. Какими бы ни были мотивы поведения обеих сторон, событие наметило решающий поворотный пункт во властно-политических противоречиях между правительницей Софьей Алексеевной и царем Петром Алексеевичем – между враждующими сводными братом и сестрой и их сторонниками.
Патриарх Иоаким распространил слух, что Петр решил исправиться. Софья немедленно поклялась, что речь идет о будничной семейной ссоре, о безделице: царь извинится перед старшей сестрой за свой неподобающий поступок. Петр не отреагировал, и общие настроения медленно оборачивались против Софьи. Борьба за власть стремительно завершилась после того, как Софья с надеждами на примирение отправилась в Троице-Сергиев монастырь и в пути получила от солдат Петра приказ вернуться в Москву. У Софьи не было другого выбора, кроме как подчиниться.
1 сентября 1689 года – в первый день нового года по старославянскому календарю – Софья предприняла последнюю попытку спасти свою власть.
Она обратилась к толпе народа на Красной площади и отвергла все упреки в том, что пыталась убить брата. Москвичи слушали ее молча. Никто не поднял меча, топора или мушкета в ее защиту. Полки один за другим покидали Софью и вставали на сторону Петра. В сущности, это была больше не драма, а простая замена, которая восстанавливала запоздавшую династическую справедливость. Вся сцена и приблизительно не была так скандальна, как в 1682 году, когда Софья принимала регентство.
Василий Голицын торопил Софью с бегством за границу. Но регентша доказала свое историческое величие, проявила кровь Романовых или мужество отчаяния: «Я царская дочь. Покинуть сейчас мою страну означало бы только признать вину, в которой меня упрекают. Я остаюсь там, где я есть и чему я принадлежала всю свою жизнь». Это был широкий жест, но он соответствовал дальнейшему поведению Софьи. Петр велел поместить свою сводную сестру в Новодевичий монастырь. Она не оказала сопротивления. Она больше никогда не получила свободы, и никто не видел больше Софью открыто. Ее дальнейшая жизнь была окружена высокими стенами молчания и сокрытия.
Петр I назначил комиссию по расследованию. Пытками и принуждением доказывали «вину» Софьи. Не было вины, и не было виноватых. Но все приверженцы и друзья Софьи должны были умереть. Только Василий Голицын сумел спасти свою жизнь в обмен на изгнание. Замученные пытками люди признались, что существовал план низложения Петра. Но признания в заговоре с целью убийства даже под пытками не добились ни от одного из ставших жертвами преступников.