Несмотря на то что восстание угрожало и самому Ивану, оно укрепило его волю к самодержавию. С восстания начался первый период его правления, который в целом считается «периодом реформ». Он продолжался приблизительно до 1564 года. Период реформ и годы брака с Анастасией, по-видимому, совпали по времени. Хотя изменчивый характер царя во многом и отягощал брак, Анастасия оказывала успокаивающее и уравновешивающее влияние на своего супруга.
Иван начал свои реформы с театрального жеста. После пожара 1547 года он произнес в Кремле речь, в которой варьировалась излюбленная тема его жизни: «Я был слишком юн, когда Бог призвал моего отца и мою мать. Моим именем могущественные бояре, которые сами хотели править, присвоили себе высокие посты, неправедно обогатились и угнетали народ. Никто им не противился. В моем скорбном детстве, не окруженный ничьей заботой, в юношеской неопытности я и сам был слеп и глух. Я не слышал стенаний бедняков, и ни одного слова осуждения зла не выходило из моих уст». Он нападал на бояр: «Вы делали, что хотели; вы были продажны, безнравственны, алчны, вы творили несправедливость». За этим следовал вывод: «Я не виновен в этой крови. Но вас ждет страшный небесный суд». Царь изложил программу правления, в которой он как будто призывал народ стать союзником в борьбе с боярами: «Бог доверил мне свой народ. Я прошу вас довериться Богу и возлюбить меня. Отныне я буду вашим судьей и защитником. Злодеев бояр и вельмож больше не будет, а вам вернут все, что взяли у вас».
Иван нуждался в реформаторах и решительных мерах. Его устремления энергично поддержал целый ряд способных людей. Бежавший в 1564 году из Москвы в Литву главнокомандующий русскими войсками в Ливонской войне князь Андрей Курбский в своей «Истории Великого княжества Московского» назвал это небольшое сообщество реформаторски настроенных личностей Избранной радой. В нее входил он сам, придворный священник Сильвестр, дворянин Адашев, думный дьяк Висковатый и митрополит Московский Макарий. Инициированные Иваном преобразования – результат влияния этих советников. Это касалось реорганизации центральной и региональной администрации, изданного в 1550 году свода законов «Судебника», переустройства государственной и церковной службы, формирования стрелецкого войска и усилий по завоеванию Казани и Астрахани. Нельзя исключить и положительного влияния Анастасии на процесс тех или иных реформ. Она, однако, не играла никакой официальной роли и никогда не упоминалась в документах. Но она поддерживала личные контакты с советниками Ивана и была знакома с их взглядами.
Так, например, духовник Ивана Сильвестр издал «Домострой» – правила внутреннего распорядка, моральный кодекс повседневной семейной и общественной жизни, которому должна была подчиняться и царица. Содержащиеся в нем основы жизненного уклада были не новы, однако Сильвестр придал им пропагандистскую убедительность. Одной из задач реформ, к проведению которых стремился царь, было исключить из поведения людей в семейной и общественной жизни ту дикость, которая распространилась в результате татаро-монгольского завоевания и феодальных междоусобиц, и установить порядок, который бы служил поддерживающему государственность принципу самодержавия. Согласно «Домострою», глава семьи являлся мерилом всего. Он распоряжался радостями и печалями всех членов семьи, должен был сдержанно и тщательно учитывать интересы каждого как в семье, так же и в государстве. О господствовавших в Москве, в том числе и в царской семье, при Иване IV самобытно-грубых и архаичных нравах свидетельствует уже то, что «Домострой» был окончательно признан только шестьдесят лет спустя – при Романовых.
С годами в отношениях с друзьями-советниками возникла трещина. Сильвестр хотел самодержавно учить морали. Адашев осмелился насмехаться над своим господином, его женой и ее низким происхождением. Иван был убежден в том, что вел угодный Богу образ жизни, защищал и множил государство, был любящим супругом и заботливым отцом своему родившемуся в 1552 году сыну Дмитрию. Весной 1553 года царь заболел. Иван чувствовал приближение смерти. В июне 1553 года царь потребовал от членов избранного совета и бояр принести клятву верности наследнику престола Дмитрию Ивановичу. Провозглашение царевича хотя и исключало возможность многолетнего регентства Анастасии официально, но не принципиально. Бояре опасались новой борьбы за власть, как это было, когда они правили двором во времена детства Ивана. Регентша более низкого, чем они, происхождения была для них совершенно неприемлемой.
Однако семья Анастасии Романовой добивалась для Анастасии регентства после смерти Ивана. Этим притязаниям противилось семейство Старицких. Владимир Андреевич Старицкий был двоюродным братом Ивана. Его мать Евфросинья с презрением и яростью вспомнила о регентстве Елены Глинской. Она пыталась организовать заговор с целью добиться трона для своего сына Владимира. Это привело к тому, что у постели больного Ивана разыгрывались ужасные сцены. Умирающий Иван был вынужден наблюдать, как бояре торговались из-за его наследства. Он умоляюще выдавил: «Если вы не хотите целовать крест на верность моему сыну, значит вы уже помышляете о другом правителе…
Тот, что сейчас не хочет служить малому государю, тот и большому, стало быть мне, не хочет служить… Если же вы в нас уже не нуждаетесь, то тяжким грехом ляжет это на ваши души». Эта сцена считалась ключевым моментом в жизни Ивана. При этом можно исходить из того, что Анастасия была детально информирована об этих процессах.
Иван принудил дворянство поцеловать крест и признать Дмитрия наследником престола. О регентстве Анастасии решения принято не было. Несмотря на все ожидания, Иван выздоровел. Вновь и вновь у него перед глазами появлялась смутная картина с убитыми женой и сыном. Потрясение ложилось на израненную душу и выливалось в подчас животные ритуалы жестокого поведения. Иван не доверял больше никому. От этого страдала и искренне любящая его жена. Иван подозревал Избранную раду в том, что они только инсценировали реформы, чтобы ограничить власть самодержца. Его ближайшие друзья были поражены, когда Иван объявил, что с женой и ребенком совершит паломничество в расположенный далеко на севере монастырь Святого Кирилла. Первую остановку на дальнем пути он сделал в 60 километрах от Москвы. В Сергиево-Троицком монастыре жил известный проповедник Максим Грек. Иван просил у него благословения. Максим Грек отговаривал его от путешествия: если царь хочет говорить с Богом, он может делать это и в церквах Москвы. Ивану следовало бы – при поддержке церкви и политических советников – лучше заботиться о благосостоянии своих подданных, вместо того чтобы гоняться за какими-то фантазиями.
Иван был испуган и впал в сомнения, когда Максим Грек грозил ему: «Если ты не послушаешь меня, когда я говорю тебе, как ты должен действовать угодно Богу… если ты упрямо будешь настаивать на своем паломничестве, знай, что твой сын не вернется живым назад». Иван не осадил священника, но паломничество свое продолжил. Царское семейство достигло цели, прочитало положенные молитвы и готовилось к скорому возвращению в Москву. Наследник трона был уже завернут для дворцового церемониала. Двое бояр поддерживали кормилицу, которая несла ребенка на руках. Они шли в центре праздничной процессии, которая двигалась от Кириллова монастыря к сходням. Там ждала царская барка. Как только семья вступила на сходни, они обвалились, и все, кто там находился, упали в воду. И хотя ребенка тут же достали из воды, он был уже мертв. Несчастье произошло 26 июня 1553 года. Пророчество Максима Грека исполнилось. Только такие религиозные люди, как Иван IV и Анастасия, могли поверить, что они стали жертвой своего неповиновения Церкви. Естественно, возникает подозрение, что сложился политический заговор против царя, чтобы воспрепятствовать осуществлению его замыслов автократического правления.
Иван с супругой вернулись в Москву. Сначала казалось, будто жизнь идет своим чередом. 28 марта 1554 года Анастасия произвела на свет сына Ивана. По всей вероятности, он быт зачат именно тогда, когда в результате несчастного случая погиб Дмитрий. Может быть, как говорили, это было демонстрацией, предложенной самим царем, в которую была вовлечена и супруга Анастасия? В то время как Анастасия в последующие годы родила еще двоих детей, в 1556 году дочь Евдокию и в мае 1557 года царевича (позднее царь Федор Иванович), и при этом ее здоровье все более и более расстраивалось, царь Иван IV приступил к политическим переменам, которые по грубости форм выходили за рамки представления об автократическом правлении.