В 1901 г. он был избран почетным членом Русского технического общества и председателем Русского электротехнического общества при Электротехническом институте в С.-Петербурге. В том же году он был назначен ординарным профессором по физике в Электротехническом институте.
Казалось бы, все благоприятствовало развитию радиотелеграфа в России: и активность самого изобретателя, и общественный интерес, и правительственные приказы, и, наконец, засвидетельствованные привилегиями и полученными в разных странах наградами и поощрениями заслуги русского изобретателя. На деле оказалось не так. Несмотря на почти лихорадочную деятельность самого Попова и его неизменного сотрудника П. Н. Рыбкина, работавших и на судах Балтийского и Черноморского флота, читавших лекции по беспроволочной телеграфии, готовивших специалистов и т. п., дело двигалось вперед с поразительной медленностью, и Японская война 1904 г. застала русский флот, в смысле оборудования беспроволочным телеграфом, совсем неподготовленным.
Организованная в 1900 г. А. С. Поповым при Кронштадтском порту особая мастерская по ремонту и изготовлению приборов для беспроволочного телеграфа, во главе которой стоял личный друг Александра Степановича, Е. Л. Коринфский, не обладала ни достаточным оборудованием, ни достаточным персоналом. Выпускались станции единицами в год. Так, в 1902 г. мастерская с большим напряжением могла изготовить 12 полных станций для судов Балтийского флота, уходивших в Тихий океан. Столько же станций было изготовлено в 1903 г. для портов и некоторых судов Тихого океана. Этого количества станций, конечно, было недостаточно, и аппараты прибретались также в Париже у фирмы Дюкрете, готовившей аппаратуру системы Дюкрете-Попова. Но настал 1904 г., началась война с Японией, спешно готовилась к отправке на Дальний Восток вторая эскадра Балтийского флота и, понятно, ни Кронштадтская мастерская, ни сравнительно слабая фирма Дюкрете, владевшая также скорее мастерской, чем заводом, не могли удовлетворить нужды флота. Так, был выполнен приказ управляющего Морским министерством, изданный еще в 1900 г. и гласивший: «принять меры к тому, чтобы аппараты и все необходимые предметы для телеграфирования без проводов могли быть изготовлены у нас самих в России и не зависеть от заграничных заводов!»
Морскому министерству пришлось обратиться за границу. Оборудование можно было получить или от английской компании Маркони, или от германской фирмы Телефункен. Морское министерство остановилось на последней.{15}
Попову, в качестве консультанта Морского министерства по беспроволочной телеграфии, приходилось экспертировать немецкие поставки и давать о них отзывы. Положение его было чрезвычайно затруднительным: неодобрительные отзывы о поставляемых приборах, несомненно, истолковались бы его недоброжелателями, как прием для борьбы с конкурентом, одобрительные же, — как желание поладить с фирмой, которая незадолго перед тем предлагала Попову купить у него его патенты. Александр Степанович не смущался этими соображениями и когда ему пришлось в июне 1904 г. инспектировать аппаратуру, поставленную фирмой Телефункен на судах, отправлявшихся в Тихий океан уже во время войны, он решительно высказывал свое мнение и писал в Морское министерство о всех замеченных им недостатках. Вот вывод, сделанный Поповым, в одном из писем: «Мое первое впечатление при знакомстве с немецкими станциями по их технической разработке было очень благоприятным, они представлялись мне более солидными, по сравнению с нашими, и, пожалуй, более простыми. Но первое же знакомство с работой этих станций в руках техников-немцев показало мне совершенно обратную сторону. Не знаю почему, по незнанию ли или от волнения, но немцы поминутно перестраивали регулировку приборов и все-таки не давали безукоризненных результатов. Поэтому, приборы, несмотря на внешнюю солидность, кажутся очень нежными в смысле крайне тонкой регулировки».
Как известно, мнение Попова оказалось верным: и в походе, и в бою аппараты беспроволочного телеграфа на эскадре работали крайне неудовлетворительно и вызывали большие нарекания.
Несмотря на загруженность работой в Электротехническом институте, Александр Степанович не порывал своих отношений с Морским флотом, читал лекции по беспроволочной телеграфии для морских и сухопутных офицеров, участвовал в разного рода совещаниях и т. д. Он не прерывал также и своей практической и научной деятельности в области беспроволочной телеграфии. Так, он установил радиотелеграфную связь между Одессой и Тендрой, организовал в Ростове-на-Дону первую в России радиостанцию общего пользования, продолжал руководить испытанием новых своих усовершенствований на судах флота. В то же время он разрабатывает новый вид телефонных приемников, новый вид когереров — чувствительный когерер со стальными электродами и серебряным порошком, разрабатывает свой волномер и т. д.
Профессорскую деятельность в Электротехническом институте Попов начал с осени 1901 г., но вопрос о его приглашении в Институт был поднят еще ранней весною этого года. Для разрешения вопроса потребовалось соглашение министров морского и внутренних дел и даже разрешение царя, так как Попов не имел ученой степени доктора, необходимой по уставу для занятия должности ординарного профессора физики. Кроме того, возникали и затруднения другого порядка. Так, управляющий Морским министерством, исхлопотавший незадолго перед тем для Попова выдачу единовременного вознаграждения за изобретение беспроволочного телеграфа, писал: «за что же мы заплатили г. Попову 30 000 руб., кажется, он обязался некоторое число лет отказаться от преподавания в Инженерном училище и летних занятий в Нижегородском институте, чтобы все время посвящать установкам у нас на судах беспроволочного телеграфа и усовершенствованию его, а теперь вовсе уходит, окончательно ничего крепко не устроив и никого не обучив».
Очевидно, адмиралу разъяснили, в чем дело, и в июне он дал согласие на перевод Попова в Электротехнический институт «при условии, чтобы Попов продолжал в течение шести лет руководить этим делом (беспроволочным телеграфом) во флоте и лично заниматься в летние месяцы дальнейшей разработкой и обучением». Попов на эти условия согласился и был назначен «ординарным профессором Электротехнического Института, с оставлением числящимся на службе по Морскому Ведомству в звании заведующего установкой телеграфирования без проводов и членом Морского Технического Комитета».
Работа Попова в Электротехническом институте длилась не долго, всего 4 с небольшим года, но в это время он успел разработать ряд курсов, издать ряд руководств и кроме работ над беспроволочной телеграфией заниматься еще изучением рентгеновских лучей и опытами с радием.
От всех этих работ он был отвлечен в октябре 1905 г. избранием на пост директора Электротехнического института. События, сопровождавшие это избрание, и ряд недоразумений с Министром внутренних дел, известным Дурново, в ведении которого находился Электротехнический институт, сильно повлияли на состояние здоровья Александра Степановича, уже перед тем сильно расшатанного усиленными занятиями в течение многих лет. Уже во время работ на установке Котка — Гогланд Александр Степанович чувствовал себя не совсем здоровым, и его сотрудник лейтенант Реммерт в своем дневнике отмечал: «Александр Степанович сильно устал». В дальнейшем он не только не отдыхал, но, наоборот, еще больше уставал и физически и морально. Во время Японской войны он очень болезненно переживал то, что тогда называли «позором русского флота», но что на самом деле было позором тогдашнего режима. Не могли не волновать его и события в России и, в частности, все то, что происходило в высших школах. То, что Электротехнический институт находился в ведении Министерства внутренних дел, бывшего скорее Министерством полиции, еще усложняло положение директора. Здоровье Александра Степановича не выдержало, и он 13 января, после бурного объяснения с Дурново, внезапно скончался от кровоизлияния в мозг. Только за 4 дня до смерти русская физическая общественность в последний раз выразила свое уважение к Александру Степановичу, выбрав его председателем Физического общества.
Так окончил свою жизнь в расцвете сил, молодой еще (ему было всего 47 лет) ученый, подаривший миру одно из самых крупных изобретений, которые когда-либо знало человечество: изобретение, позволившее людям и говорить, и слышать, и видеть за многие тысячи километров, не устраивая никакой материальной связи.