Только толку от них поначалу было мало. Первую кампанию они испуганно прижимались к палубе, хватались за любую снасть мачты, боялись взглянуть за борт. В шторм не помогали ни зуботычины, ни линьки, прятались по закоулкам…
Первым помощником Апраксина в выучке экипажей стал присланный Петром в его подчинение вице-адмирал Корнелий Крюйс.
В Донском устье на случай нападения турок по приказу Апраксина перекрывались наглухо сваями и цепями все рукава, кроме северного, Кутюрьмы. Таганрог и Троицкая крепость вскоре опоясались каменной стеной с бойницами.
В течение шести лет деятельность Апраксина была сосредоточена преимущественно в Воронеже, где сооружался флот для Азовского моря. Кроме постройки судов и снабжения их всем необходимым, на нем лежала забота о проводке их в Азов, об устройстве верфей, пушечного завода в селе Липцах, заведения адмиралтейства и доков в Таврове, о постройке гавани и укреплений в Таганроге, об углублении мелководных устьев Дона и о производстве гидрографических работ для исследования незнакомого моря.
Очередная ступень службы Фёдора Апраксина возникла неожиданно и навсегда связала его судьбу с флотом. Из письма царя в августе 1706 года о внезапной кончине генерал-адмирала Фёдора Головнина: «Хотя б никогда сего я вам не желал писать, однако воля Всемогущего на то нас понудила». Апраксину, ближайшему соратнику Ф. Головина, поручил царь проводить его в последний путь.
«Доношу, — писал Апраксин, — Вашему Величеству: письмо ваше из Киева 2 числа сего месяца получил, в котором изволил мне объявить о смерти превосходительнейшего г. Адмирала моего особливого благодетеля Фёдора Алексеевича, о котором сердечно болю и плачу…»
Вскоре после похорон Ф. Головина вышел царский указ: «Адмиралтейца Фёдора Матвеевича Апраксина во всех его государевых указах и в приказных делах писать Адмиралом и Президентом Адмиралтейства».
Никогда не старался Апраксин выскакивать вперёд, перебегать кому-нибудь дорогу, добросовестно трудился, старался делать всё по совести, чтобы прежде всего не было стыдно перед самим собой. Теперь жизнь ставила его на ту ступень военной службы, где ты всегда на виду, где каждое слово твоё воплощается в действие людей в морской форме. От того, насколько точно и верно отдана команда на корабле, зависит подчас судьба и жизнь сотен людей. И не только на войне. И в буднее время корабль постоянно живёт в борьбе со стихией, коварной и часто непредсказуемой. Поэтому командиру в море ошибаться заказано…
Отныне Апраксин, кроме прежних обязанностей, стал командовать Балтийским флотом, возглавил Воинский морской приказ, Навигацкую школу в Москве.
К Петербургу новый командир флота, Апраксин, подъезжал при сплошном грохоте ломающегося льда на Неве. Весна 1707 года вступила в свои права. Апраксин заранее предупредил Крюйса, командующего эскадрой:
— Свой флаг я подниму на фрегате «Олифант», и ты, Корнелий Иванович, подбери себе другого флагмана.
На Котлинском рейде Апраксин появился ровно через неделю.
— Шнява под адмиральским флагом. В кильватере следуют четыре бригантины с младшим флагманом, — доложили Крюйсу утром 9 мая.
Шнява, построенная на английский манер, ловко обогнула корабли на рейде и бросила якорь по корме «Олифанта». Было видно, как со шнявы спустили шлюпку и она понеслась к «Олифанту». Крюйс внимательно проследил, как быстро исчез белый адмиральский флаг с гафеля шнявы. И едва шлюпка подошла к трапу «Олифанта», на нем взвился флаг старшего флагмана.
Один за другим входили в салон адмирала прибывшие и представлялись по-уставному:
— Вице-адмирал Крюйс здесь, шаутбенахт Боцис здесь…
За ними следовали капитан-командоры Рейс и Шелтинг, капитаны Эдварт и Весель…
Изучающим взглядом встречал прибывающих новый флагман, приглашал садиться. «Токмо иноземцы, — мелькнула грустная мысль, нет, а вот наконец-то свой, доморощенный, Наум Сенявин».
Первая встреча с подчинёнными была короткой. Адмирал начал с успехов, отметил заслуги:
— Прошлую кампанию флот наш с доблестью устоял против шведов, не допустил неприятеля к Питербурху. В том ваша, господа, благость. — Апраксин говорил размеренно, доброжелательно. Почувствовали и собравшиеся справедливое уважение в его словах их ратного труда. — Неприятель многократ превосходил наш флот, особливо линейными кораблями, которых у нас нет ни единого, но сие не означает, что нам позволительно отсиживаться за котлинскими пушками.
Апраксин подошёл к карте:
— Для упреждения внезапного удара неприятеля выставим дозор к весту от Котлина. Распогодится, осмотримся, бригантинами набег произведём в шхерах. Ежели не будет превосходства неприятеля, попытаем к базам передовым выйти. Нарва-то теперь наша. — Апраксин взял со стола лист. — Составлена мной на первый раз инструкция командирам. — Он поискал глазами нужный абзац: — «При встрече с неприятелем поступать при этом, как доброму и честному офицеру, которому надлежит потом во всех своих действиях добрый ответ дать».