Так, исподволь, русская эскадра втягивалась не только в освобождение Италии от французских захватчиков, но и в вооружённое подавление свободолюбиво настроенных республиканцев, восставших против короля и клерикалов. Русские моряки становились невольными соучастниками объявленного Павлом I похода во имя «восстановления престолом и алтарей».
Но Ушакова провести было непросто… Он быстро разгадал хитросплетения англичан, о чём сообщил в Стамбул русскому послу Томаре:
«Требование английских начальников морскими силами в напрасные развлечения нашей эскадры я по читаю не иное что, как они малую дружбу к нам показывают, желают нас от всех настоящих дел отщепить и, просто сказать, заставить ловить мух, а чтобы они вместо того вступали на те места, от которых нас отделить стараются. Корфу всегда им была приятна, себя они к ней прочили, а нас под разными и напрасными видами без нужд хотели отдалить или разделением нас привести в несостояние».
Из Петербурга пришёл царский указ от 25 марта 1799 года о производстве Ушакова в адмиралы «за покорение и взятие всех похищенных французами прежде бывших венецианских островов и последнего из них острова Корфу с крепостями и военными корабля ми». И никакой царской награды. Неаполитанский король Фердинанд IV прислал ленту ордена Святого Януария, султан Селим — высшую награду «Челенг» (алмазное перо из своей чалмы).
Вслед за Сорокиным командующий направил для блокады Анконы эскадру контр-адмирала Пустошкина. Ушаков хорошо понимал замысел Суворова. Начав Итальянский поход в апреле 1799 года, суворовские войска к середине мая освободили почти всю Ломбардию. Это вынудило французов снять войска из Южной и Центральной Италии, оставив там несколько гарнизонов. Тем временем корабли капитана 2-го ранга Сорокина успешно действовали на восточном побережье Апеннин. Заняв Бриндизи ещё в апреле, Сорокин, не дожидаясь разрешения Ушакова, высадил 4 мая десант в 600 человек и двинул его в Манфредонию. К концу мая этот отряд прошёл через весь Апеннинский полуостров, освободив большинство провинций. Неаполитанский военный министр Мишеру, находившийся с отрядом, захлёбываясь от восторга, писал в Петербург:
«Итак, только 550 человеками российских войск удалось в двадцать дней подчинить опять королевской власти большую часть провинции… и, наконец, всю землю до стен столицы».
Наступая, русский отряд стремительной атакой отбросил противника и ворвался в Неаполь. 8 июня Неаполь был очищен от французов. Только в нескольких замках они ещё оказывали сопротивление. В тот же день французы предложили капитуляцию. Насколько были храбры русские моряки в сражениях, настолько и милосердны к побеждённым. Они видели, как сброд клерикалов кардинала Руффо, едва войдя в Неаполь, начал чинить кровавую расправу над местными якобинцами. Потому-то командир отряда моряков заставил кардинала Руффо включить в условия капитуляции свободный выход и отправку на судах французов и их сторонников с семьями. Скрепя сердце тот согласился, а через два дня капитуляцию подписал и представитель Нельсона капитан Фут. Русские моряки выпустили из замков французов и якобинцев, их посадили на суда, как и было оговорено в капитуляции, и они были отправлены в Тулон. Однако едва суда успели выйти из Неаполитанского залива, как им преградила путь эскадра Нельсона…
Нельсон пообещал, что ни один из якобинцев не уйдёт от кары, независимо от возраста, пола и заслуг в прошлом.
Вечером с эскадры Нельсона высадились три тысячи англичан. Они спешили сделаться хозяевами положения в уже поверженном Неаполе. Три дня спустя военный суд приговорил командующего республиканским флотом Франческо Карачиолло к пожизненному заключению. Нельсон отменил приговор:
— Адмиралу-бунтовщику место на рее.
Сразу после суда, в полдень, Карачиолло был повешен на рее своего бывшего фрегата в присутствии Нельсона, его командиров, английского посла У. Гамильтона и его супруги Эммы, любовницы Нельсона.