У трапа «Святого Павла» Нельсона и английского посланника Уильяма Гамильтона встречали командир корабля и флаг-офицер адмирала.
Худощавый, невысокого роста англичанин с чёрной повязкой, закрывающей правый глаз, и пустым рукавом, замкнутым за пояс, с любопытством оглядывался по сторонам.
В первые минуты, когда лейтенант Головачёв распахнул перед Нельсоном дверь и тот, обменявшись обычными любезностями с Ушаковым, быстро прошёл в угол каюты и стал боком к присутствующим, Фёдор Фёдорович проникся к нему состраданием. Однако по мере того как, не переставая улыбаться, Нельсон настойчиво, под разными предлогами отвергал помощь русской эскадры в овладении Мальтой, чувство это постепенно улетучивалось. Гортанным голосом, весьма резко, Нельсон произносил каждую фразу, подкрепляя её не менее энергичными движениями руки.
Нельсон довольно бесцеремонно отверг упрёки в насилиях над пленными в Неаполе, на что Ушаков ответил:
— На островах Ионических пленено российским флотом пять тыщ французов. Все они, за исключением пленённых эскадрой турецкой, отправлены в свои места. Повстанцев же мы миловали.
Ушаков встречался с Нельсоном ещё не раз, но такого накала беседы уже не принимали. Они и проходили во время деловых встреч с министрами короля, на официальных приёмах. Было окончательно решено, что соединённая русско-турецкая эскадра уйдёт в Неаполь, восстановит там порядок, высадит десант и двинется в Рим, чтобы помочь войскам короля освободить город от французов.
Но накануне выхода эскадры, 31 августа, в Палермо произошла кровавая драка между турецкими матросами, которые занимались грабежами на берегу, и местными жителями. Десятки людей были убиты… Турки взбунтовались, вместе с офицерами отказались участвовать в военных действиях и 1 сентября снялись с якоря и ушли в Константинополь. Эскадра Ушакова теперь уже не была союзной.
Англичане за спиной русских сговорились с французами в Риме о капитуляции, выпустили их с оружием и отправили в Геную, куда подходили войска Суворова. Но Ушаков получил повеление царя направить войска в Рим для помощи королю.
7 сентября русская эскадра вошла в Неаполитанский залив. На следующий день рано утром на берег свозили десант, пушки, амуницию. Для марша на Рим Ушаков выделил 820 офицеров, матросов и солдат под командой полковника Скипора.
17 сентября 1799 года отряд русских моряков выступил на Рим. Не прошло и двух дней, как Ушаков узнал о том. 30 сентября многолюдные улицы Рима впервые встречали и приветствовали русские войска. До стен Вечного города давно докатилась молва от Апконы и Бриндизи, Манфредонии и Неаполя: русские матросы благонравны и добропорядочны. Не только разбой не учиняют, но и, наоборот, щадят пленных, защищают невинных.
Впервые за многие годы римляне столь бурно выражали свой восторг иностранным войскам, глядя на стройную колонну русских моряков: «Виват, московито!» — неслось из открытых окон и с балконов. В голове отряда шли полковник Скипор и лейтенант Балабин. За их спинами в крепких руках шелестел, гордо рея на ветру, Андреевский стяг. По улицам и площадям древней столицы Италии гремела удалая русская песня, волной перекатывалась вдоль рядов ушаковских чудо-богатырей.
То было в уходящем году последнее радостное событие.
Накануне прихода в Мессину Ушаков получил императорский рескрипт: «Эскадрам забрать войска и следовать в черноморские порты». Эскадра перешла на Корфу, готовилась к возвращению в Севастополь.
Близились дни расставаний с республикой Семи островов. Благодарные жители по-разному выражали свои чувства к русским морякам и их адмиралу. На Кефалонии выбили медаль. С одной стороны был изображён Фёдор Фёдорович, а по ободу шла надпись: «Знаменитый почитаемый Фёдор Ушаков, главный русский флотоводец. 1800 г.», с другой — русские корабли и тоже надпись: «Кефалония всех Ионических островов спасителю». Жители острова Итаки также преподнесли медаль, но изобразили адмирала в образе Одиссея, который, по преданию, родился на Итаке. С Занте прислали серебряный позолоченный щит с изображением Семи конических островов.
Накануне ухода эскадры на «Святой Павел» прибыла депутация Корфу, с поклоном преподнесли шпагу, украшенную алмазами, и с надписью: «Корфу освободителю своему Ушакову». Растроганный Фёдор Фёдорович, принимая подарки, каждый раз просил о главном для него, чтобы после ухода эскадры граждане островов жили дружно, в спокойствии. Сенат Ионических островов выразил признательность за доброе управление островами: