Вторая мировая война заставила Зворыкина переключиться на военную радиотехнику. Он создал первую управляемую по телевидению авиабомбу, установив на ней свой иконоскоп, транслирующий картинку оператору. Потом из его лаборатории вышел первый прибор ночного видения, немедленно принятый на вооружение снайперами, танкистами и авиаторами.
Во время испытаний прибора в окрестностях лаборатории полиция задержала автомобиль Зворыкина, двигавшийся с потушенными фарами. Его арестовали по подозрению в шпионаже и допрашивали несколько часов. Много лет спустя выяснилось, что ФБР в ту пору не спускало глаз с изобретателя, подозревая его в сочувствии коммунистам.
Да, не все и не всегда было гладко в «самой демократической стране мира»… В 1943 году к Зворыкину, переехавшему к тому времени вместе со своей лабораторией в Принстон, обратились активисты Фонда помощи жертвам войны в России, занимавшегося сбором средств для закупки и отправки населению СССР продовольствия, одежды и т. п., и предложили возглавить Нью-Йоркское отделение этого фонда.
Зворыкин никогда не примыкал ни к каким партиям и течениям, не занимался общественной деятельностью. Но на сей раз дал свое согласие, предупредив, что сможет уделять этой работе минимум времени. Ему не хотелось оставаться в стороне, когда можно было помочь бедствующим соотечественникам. Тем более в деятельности фонда участвовали жена президента Элеонора Рузвельт и вице-президент Генри Уоллес, что гарантировало законность дела. Тем не менее эта история имела для Зворыкина неприятные последствия.
В 1945 году в США были сформированы группы специалистов для поездок по только что занятой союзническими войсками территории Германии. Задача заключалась в том, чтобы определить важность сохранившихся результатов немецких исследований и промышленных разработок, выявить высококвалифицированных ученых и инженеров и т. п. Аналогичные команды создавались и в СССР, что привело к своеобразному соревнованию: Вернера фон Брауна «захватили» американцы, зато в СССР отправился Манфред фон Арденне и т. д.
Когда Зворыкин явился в Вашингтоне в аэропорт, чтобы лететь вместе с группой в Германию, неожиданно выяснилось, что покидать пределы США ему не разрешено. Зворыкин написал в воспоминаниях:
«…Я узнал, что мой паспорт задержан Госдепартаментом из-за того, что я являюсь членом Фонда помощи жертвам войны в России. Поскольку эта организация была вполне легальной и в нее входили упомянутые высокопоставленные лица, единственное объяснение я усматриваю в своем русском происхождении. Что и говорить, горькая пилюля после многих лет и стольких трудов, отданных моей новой стране. Я снова почувствовал себя как в клетке. Пришлось выйти из состава Комитета по Германии и готовиться к увольнению из RCA, так как я лишился в этой ситуации допуска к своей работе над секретными проектами. Здесь за меня вступился генерал Сарнов, оказавший официальную поддержку от имени RCA. В конце концов в 1947 году мне вернули паспорт, и я опять стал свободным человеком».
В 1954 году, по достижении 65-летнего возраста, Зворыкин уходит в отставку с должности директора лаборатории электроники компании RCA. Заслуги его настолько велики, что ему присваивается должность почетного вице-президента фирмы RCA. В зале Принстонского университета в его честь проводится конференция, в которой принимают участие ученые различных университетов и фирм США. В заключительной речи президент RCA Дэвид Сарнов отмечает выдающийся вклад Зворыкина в превращение компании за четверть века из небольшой фирмы в лидера быстро развивающейся отрасли промышленности.