После блестящего окончания университета перед Докучаевым -геологом, окончившим естественное отделение физико-математического факультета, открывались три дороги: минералогия - наука о горных породах, находящихся в земной коре, петрография - наука о горных породах, из которых состоит земная кора и историческая геология. Ни одна из этих трёх наук не привлекала Докучаева. Напрасно с надеждой смотрели на него палеонтологи, считавшие его почти «своим» после того, как он нашёл костяк мамонта всё на той же речке Качне, где, по мнению специалистов, его никак не могло быть.
Но Докучаева интересовала самая обыкновенная поверхность земли - наносы, овраги, реки и почвы. То, чем он только и хотел заниматься и что считал важнейшим для миллионов людей, - это была наука, которой не существовало. Не существовало не только в России, но и, как бы сказали в наше время, на «цивилизованном» Западе.
Докучаев становится хранителем университетского геологического кабинета, как секретарь (с 1874 года) отделения геологии и минералогии Общества естествоиспытателей он много ездит по России, занимаясь любимым делом. Это позволило ему подготовить и защитить магистерскую (по современным представлениям - кандидатскую) диссертацию на тему «Способы образования речных долин Европейской России».
Докучаев понял, что отныне жизнь его определена. Его задача -разгадать, понять, изучить чернозёмы, великое богатство родины, на них, через них выяснить и показать общие законы, управляющие почвенным покровом земного шара.
Докучаев не знал, что первым подошёл к разгадке чернозёма величайший русский учёный Ломоносов, который в 1742-43 годах писал: «Итак, нет сомнения, что чернозём не первообразная и не первосозданная материя, но произошёл от согнития животных и растущих тел со временем...». Пока же Докучаев сделал один важный вывод — мало фактов, и он составляет «программу исследования чернозёма».
Докучаев не просто теоретизировал на основании двух-трёх десятков или сотен фактов, это были исследования и описания вида «где, как, что» — так описывает географ вновь открытую страну. Докучаев старательно изучает границы чернозёма, эти ломаные линии, за которыми лежат «серые лесные земли» на севере, а на юге, примыкая к «шоколадным» почвам степей Причерноморья, земли «каштановые с бурыми».
Докучаев старательно изучает границы чернозёма, изучает чернозём «горовой», предельно чёрный, косые пласты чернозёмов склонов, мощный коричневый чернозём долин, Белгородские песчаные чернозёмы, солонцеватые - на Харьковщине и Полтавщине, скелетные и грубые - с Южного Урала, эоловый, ветром навеянный чернозём рыхлых холмиков и почвенных «дюн» под Брянском.
В степях стоят курганы - скифские, Батыевы с наросшим слоем земли, и Докучаев отыскивает и описывает стоянки каменного века, собирает коллекции первобытных орудий, что позволяет высоко оценить заслуги Докучаева как археолога.
Он заканчивает большую работу, дающую ответ на вопрос «что такое почва?». Почва - это особое природное тело, вернее, целая самостоятельная категория тел. От горных пород они отличаются резко. Есть свои определённые законы развития их, и по этим законам их и надо познавать; есть своя закономерность и в распространении почв.
А факторы, которые своим совместным действием образуют почвы, - это органическая жизнь (прежде всего растительность и низшие организмы), климат, рельеф, высота местности; Докучаев добавляет ещё, что надо знать, конечно, исходную «материнскую породу» и «возраст» (почвенный и геологический) страны.
Чернозём образован накоплением перегноя травянистой степной растительности. «Материнскими породами» здесь были лесс, мел, глины, выветренные граниты. То, что многим казалось парадоксом, - это важнейший, основной факт: лес с его гигантскими массами отмирающей растительности не только не создавал чернозёма, но останавливал его образование всюду, где вторгался в степи.
Чернозёмная полоса ограничена сложным комплексом природных условий. Слишком мало перегноя накапливают знойные, сухие, бедные жизнью степи крайнего юга. Северный рубеж чернозёма совпадает в общем с изотермой +20°С.
Защита докторской диссертации Докучаева «Русский чернозём» состоялась в 1883 году. Эта работа, решительно порывавшая со всеми принятыми, идущими, главным образом, от немецкой геологической школы воззрениями на почву, открывала перед наукой новый мир фактов и явлений.
Одним из оппонентов по докторской диссертации Докучаева был Менделеев - гроза диссертантов. Великий химик и универсальный естествоиспытатель во время защиты диссертации, по словам современников, «рассыпался в похвалах». Так родилась новая наука, которая получила не традиционное греко-римское название, а русское - «почвоведение».
«Докучаевская идея почвообразования состоит в том, что почва образуется взаимодействием сил на поверхности земли: горных пород, воды, ветра, солнца и живых организмов, тогда как раньше её считали чем-то вроде горной породы. Докучаев доказал, что почва - живое образование» (Аксёнов).
В качестве профессора (по манере чтения лекций его сравнивали с Менделеевым) Докучаев преподаёт в университете минералогию, но его влияние на студентов выходило за рамки преподаваемого предмета, он начинает большую программу изучения почв, мечтая составить почвенную карту всей России.
Вот как описывает В.Сафонов Докучаева-лектора: «Он входил в аудиторию. Начинал читать. Без всяких красот. Но - странное дело! - полёт мухи был бы слышен в аудитории. Он говорил со страстным убеждением, которое заставляло слушать, потом захватывало и покоряло слушателей... Редко кому было дано так неотразимо привлекать к себе молодые души и сердца, создавать , по-настоящему преданных учеников, как этому громадному, внешне суровому, даже грубоватому человеку...»
В этот период как раз и сложилось почвоведение как наука. Докучаев отделил её от минералогии и стал рассматривать как результат взаимодействия солнечной энергии, горных пород и сложной жизни растений, насекомых, животных. Будущий академик Вернадский, слушая лекции Докучаева, участвуя в его экспедициях, впоследствии писал: «Он дал могучий толчок научной мысли и работы». Именно Докучаев пригласил молодого Вернадского стать хранителем минералогического кабинета, что во многом определило всю последующую работу Вернадского.
Докучаеву был присущ размах, он не был только учёным, он был крупным научным деятелем, научным организатором, который мог наладить в огромных масштабах свои исследования, что давало возможность ему не только заинтересовать, но и привлекать к работам студентов, буквально каждый из которых впоследствии стал самостоятельным и думающим учёным.
В 1882-87 годах Докучаев организует большую Нижегородскую экспедицию, при этом он разработал план всестороннего исследования не только почв, но и других природных ресурсов Нижегородской губернии. Участие в экспедиции Докучаева студента Вернадского позволило последнему записать: «...Какое наслаждение "вопрошать" природу, "пытать" её! Какой рой вопросов, мыслей, соображений! Сколько причин для удивления, сколько ощущений приятного при попытках обнять своим умом, воспроизвести в себе ту работу, какая длилась века в бесконечных её областях».
Итогом экспедиции стали 14 томов материалов, где было дано не только самое подробное описание Нижегородской губернии, но и была изложена стройная наука о почвообразовании, являющаяся завершающей идеей «русского чернозёма».
В 1886 году Докучаев даёт первую научную классификацию почв, он будет уточнять и изменять свою генетическую классификацию почв, общую картину распределения и закономерного чередования почв по великой русской равнине. В 1886 году, когда была опубликована его классификация, она была уже не просто итогом открытий, но и программой действия для науки, в первую очередь, для русской науки.