Вернадский считал науку и философию двумя различными способами познания мира. «Они различны в объектах: философия безгранична, она мыслит обо всём, и прежде всего о человеке, его внутреннем мире и самом мышлении. Ей нет предела. Науке поставлен предел: реальный мир. Они отличаются в терминах; философ мыслит категориями языка, учёный — фактами природы. Философия индивидуальна, неповторима, иногда близка к поэзии. Самые древние создания человеческой мудрости живут. Изучая эти философские системы, мы как бы охватываем различные проявления человеческих личностей, каждая из которых бесконечна и бессмертна. Новая философия не заменяет и не поглощает старых, как не поглощают старые создания искусства новые акты творчества.
Наука же стремится исключить личностный момент в своих построениях, она, напротив, должна быть повторяема и общезначима. Зато она в каждом своём акте использует сразу весь потенциал человечества, накопленный в определённой научной форме.
В то же время философия и наука неразделимы. Одна без другой не существует. Философия - жизненная атмосфера, питательный бульон для науки» (Г.Аксёнов). Это изложение взглядов Вернадского, которые он обнародовал на открытии философского кружка в университете в речи «Черты мировоззрения князя С.Н.Трубецкого».
Вернадский показал, что жизнь - это не случайная гостья на поверхности Земли. Он высказал мысль о «всюдности» и «всегдашности» жизни. По его представлению, жизнь — такая же вечная часть космоса, как материя и энергия.
В последние годы жизни Вернадский совершил выдающееся философское открытие, он выдвинул идею перерастания биосферы (области жизни) в ноосферу (область разума). Вернадский считал, что разум отныне становится направляющей силой эволюции. Стихийная эволюция сменяется сознательной.
Для Вернадского в понятии «ноосфера» соединились, взаимодействуя, мысли и работа человечества: «...С биохимической точки зрения важны, конечно, не научная мысль, не научный аппарат, не орудия науки, но тот реальный результат, который сказывается в геохимических явлениях, вызванных мыслью и работой человека, в новом состоянии биосферы, которое им создаётся... в ноосфере».
«Вернадский был одним из немногих, кто в XX веке решительно высказывался против неколебимого, казалось бы, авторитета физико-математических моделей мироздания. «В сущности, этот мир космоса, - писал он, - даёт нам совершенно чуждое, нас не трогающее впечатление и, очевидно, представляет схему, далёкую от действительности» («Самые знаменитые философы России»).
В 1928 году правительство Советского Союза приняло решение об увеличении численного состава Академии Наук, одной из целей такого расширения Академии была попытка ввести в неё представителей «философской науки». По этому случаю Вернадским была направлена специальная записка в комиссию по рассмотрению кандидатов по философским наукам.
Вернадский отмечает: «То привилегированное положение, в каком диалектический материализм находится в нашей стране, неизбежно ставит его в тепличные условия, приведёт в нём самом к замиранию творческой философской мысли, как это всегда и неизбежно происходило со всеми охраняемыми - официальными - учениями. Свободная мысль есть основа философского творчества. Она не терпит и не сносит оков». Он пишет, что привилегированное положение диалектического материализма «должно быть изменено и другие течения философской мысли должны получить возможные проявления».
Подробно история выборов в Академию Наук представителей «философской науки» изложена в статье Ю.Чехонадского «Как Бухарину, похожему на Пушкина, «дали» звание академика» («Молодая гвардия», № 7, 1992).
Из этой статьи следует, что к началу 1929 года в Академии Наук СССР было 40 действительных членов, половина из которых была избрана в Академию ещё до 5 марта 1917 года, следовательно, Академия «оставалась, видимо, единственным в стране учреждением, ещё имевшим некоторую независимость и самостоятельность. Она подчинялась не ЦК партии, а Наркомпросу, и жила, как значится во вступительной статье к трудам Н.И.Бухарина, «по Уставу Санкт-Петербургской Академии наук, утверждённому Николаем I ещё при жизни А.С.Пушкина - в 1836 году» (Ю.Чехонадский).
В 1928 году состав Академии был расширен до 85 членов с тем, чтобы провести в неё представителей марксистской науки, так как было ясно, что В.И.Вернадский, астроном А.А.Белопольский, ботаник И.П.Бородин, физиолог И.П.Павлов, востоковед В.В.Бартольд, ученик Вернадского геохимик А.Е.Ферсман, ботаник и географ В.Л.Комаров, ученик В.О.Ключевского историк М.М.Богословский и другие «уже вряд ли переделаются в марксистов-ленинцев» (Ю.Чехонадский).
На выборах в Академию, на её общем собрании, из 40 академиков не присутствовали 10, в том числе В.И.Вернадский и И.П.Павлов. Из 8 кандидатов-коммунистов (Бухарин, Губкин, Деборин, Кржижановский, Лукин, Покровский, Рязанов-Гольденбах, Фриче) были избраны пятеро. Для остальных пришлось через месяц после первых' устраивать дополнительные выборы. Дополнительно были избраны А.М.Деборин, Н.М.Лукин и В.М.Фриче.
Когда же несколько большевистских представителей прошли в Академию только после нарушения процедуры голосования, со второго раза, в троцкистско-большевистской прессе появились статьи с требованием «Выжечь антисемитизм!» в Академии Наук.
Была назначена комиссия по «чистке» аппарата Академии Наук во главе с Ю.П.Фигатнером. «Комиссия сфабриковала «дело историков» в Академии, по которому схвачены и отданы под следствие С.Ф.Платонов, Е.В.Тарле, другие специалисты. Их обвинили в монархическом заговоре. Одновременно начался разгром краеведения, которое представлено в виде огромного разветвлённого заговора. Центральное бюро краеведения во главе, местные общества - его филиалы» (Аксёнов). Вернадского же (в который раз!) спас его кочующий образ жизни.
Но во втором издании Большой Советской Энциклопедии было, в частности, написано: «Вернадский ошибочно отрицал основное значение социально-политических и социально-экономических условий для развития науки, связывая её прогресс со случайным появлением талантливых личностей и их деятельностью».
Эта характеристика не мешала Вернадскому особо остановиться на проблеме времени, считая, что время — это жизнь. «И не в образном, поэтическом понимании, а совершенно буквально. Время инициируется, делается живым веществом, с которого начинаются все видимые движения и изменения в биосфере — нашем реальном мире» (Г.Аксёнов).
В декабре 1931 года Вернадский на общем собрании Академии Наук прочёл доклад «Проблема времени в современной науке». По Вернадскому механика выяснила способ измерения времени, но ничего не могла сказать о его природе. Как старая механика, так и новая физика напрасно искали причину времени в устройстве механического мира. Вернадский считает, что время - это жизнь. Живое управляет механическим безжизненным миром, приводя его в упорядоченное движение необратимым становлением, а необратимость мы и называем временем.
Это выступление Вернадского вызвало всплеск критических замечаний в свой адрес, где его биохимические идеи были отнесены к самым реакционным теориям, квалифицировались как проявление «виталистических взглядов».
«Что же взволновало обосновавшихся в храме науки философов, для которых Вернадский ввёл тогда собирательный термин «диаматы»? Думается, они мало что понимали в существе предмета, их насторожил сам тон, очень непривычный, опасный для них, привыкших к дискуссиям в разрешённых пределах и под негласным надзором. Они услышали свободную научную речь. Какая-то тайная, недоступная им свобода, дар предвидения и пророчества, не совпадающего с официальными предначертаниями» (Г.Аксёнов).
Особенно усердствовал в своих нападках на Вернадского новоизбранный академик Деборин, про статью которого Вернадский написал Ферсману: «Прочёл здесь полную передержек статью Деборина: он, очевидно, меня счёл за дурака, приписав мне всякую чушь. Я ему посылаю в «Известия» Академии ответ и буду настаивать на его печатании».