Приказ императрицы новому главнокомандующему в Москве, тупому солдафону генералу А.А. Прозоровскому, полученный 6 марта 1790 г., был нацелен в мартинистов. «Касательно известной шайки полезно будет без огласки узнать число людей, оной держащихся, пристают ли вновь или убывают из оной». А через два года Екатерина в указе о Типографической компании предписала «уничтожить это почтенное общество, из которого, окроме книг, не сходных с православием, ничего не выходило». Одновременно последовало указание об аресте и направлении в Шлиссельбург под конвоем II.И. Новикова к начальнику Тайной экс-недшщи С.И. Шешковскому для последующего допроса, что было осуществлено в мае 1792 г. Из конфискованных у просветителя книг 1964 поступили в Духовную академию, 5194 — в Университет, 18 596 сожгли54.
Руководство следствием государыня взяла на себя, проявив иоистине инквизиторское рвение, да и орешек попался крепкий. Прозоровский предупреждал Шешковского: «Птицу Новикова к вам отправил, правда, что не без труда вам будет с ним, лукав до бесконечности, бессовестен, и смел, и дерзок». В списке «злых его товарищей» фигурировали И.В. Лопухин и брат его Петр, И.II. Тургенев, М.М. Херасков, А.М. Кутузов (тогда находился в Берлине), профессор Х.А. Чеботарев, П.А. Татищев, священник Малиновский и другие. О главе розенкрейцеров П.Н. Трубецком сообщалось: «Этот между ними велик, но сей испугался и плачет»55. Поименованные лица вскоре раскаялись и почти не привлекались к следствию.
Екатерина II сама сформулировала для Новикова 12 вопросов от имени Шешковского, касавшихся имущественного положения узника, образа жизни, цели и даты вступления в масонство. Предлагалось собрать сведения об участниках лож и практикуемых обрядах, причем Орден изображался «новой» раскольнической сектой, вредной государству и якобы запрещенной. Часть вопросов затрагивала сношения масонов с «неприятелями почти явпыми государства, особенно с Пруссией», переписки с Вельие-ром и принцем Гессен-Кассельским. Последний пункт гласил: «По запрещении и запечатании у него книг, как он дерзнул нарушить сие запрещение и ведает ли, какому подвергнется наказанию?» Затем число вопросных пунктов возросло при гораздо большей их детализации и добавлении пункта о связях розен крейцеров и наследника престола. В основном Новикова стремились обвинить в продаже книг, которые отвращают людей от веры, как и от повиновения власти. Он держался на допросах достойно и хладнокровно, поведал о своей просветительной деятельности, но твердо отклонил возведенные на него абсурдные обвинения, ограничившись минимумом деталей. Например, масонские братства перечислил без названий при указании стоявших во главе их крупных сановников, чем дополнительно подчеркивалась легальность таковых. Не оглашались даты функционирования братств, и лаконично говорилось о практикуемых там обрядах. Связи с наследником престола через Баженова заключались только в поднесении ему нескольких новых книг мистического содержания, причем Павел на последней встрече с архитектором неодобрительно отозвался о масонстве56.
Обвинения Новикова суммировались в императорском указе Прозоровскому 1 августа 1792 г., изображающем тою преступником, инициатором общества по распространению в Москве и иных городах «раскола». Конкретно речь шла о проведении «тайных сборищ» в специальных храмах, где давались ужасные клятвы в повиновении Ордену злато-розового креста, помимо законной власти, предусматривалось якобы подчинение герцогу Брауншвейгскому, ведение переписки с принцем Гессен-Кассельским и прусским министром Бельнером, когда «Берлинский двор оказывал нам в полной мере недоброхотхггво». Это повлекло за собой подчинение общества мартинистов «заграничному управлению» в нарушение долга «законной присяги и верности подданства». Фигурировало и обвинение в употреблении разных способов «к уловлению в свою секту известной по их бумагам особы», т.е. Павла Петровича. Вменялось в вину издание «непозволенных, развращенных, противных закону и православию книг». В заключение Екатерина провозглашала: «Мы, однако ж, и в сем случае, следуя сродному нам человеколюбию и оставляя ему время на принесение в своих злодействах покаяние... повелели запереть его на пятнадцать лет в Шлиссельбургскую крепость»57. Пострадали также молодые люди Багрянский, Колоколышков и Невзоров, ранее направленные розенкрейцерами за границу для обучения медицине, несколько владельцев книжшлх лавок, которых подвергли тюремному заключению фактически без предъявления обвинений.