Фамилии индигирских русских указывают на их происхождение. Киселевы, Струковы, Антоновы, Щелкановы, Чихачевы, Шкулевы часто встречаются в документах XVII века — в различных «отписках», «челобитных», «расспросных речах». В 1648 году в Якутске было восстание ратных людей, которые убежали вниз по Лене и далее на восток, среди них встречаются русскоустьинские фамилии: «рядовые казаки Ерофей-ко Киселев и Гришка Онтопов».
Как известно, при расспросах Чикачевы, рассказывая о своем происхождении, упорно утверждали: «Мы Чихачевы — из Зырян». По всей видимости, предком Чихачевых был казак Федор Чюкичев из отряда Дмитрия Зыряна, пришедшего на Индигирку в 1640 году. Позднее Ф. Чюкичев неоднократно плавал по Индигирке, бывал на Алазее и Колыме. Следует подчеркнуть, что Ф. Чюкичев — первый из русских, встретившийся с чукчами. Он сообщил: «На Алазею к ясачному зимовью приезжали чухчие оленей продавать. А живут-де те чухчие промеж алазейскою и колымскою реками на тундре» [Открытия русских…, 1951, с. 59].
Названия местностей по реке хранят имена первопроходцев. Селение Ожогино названо, видимо, по фамилии И. Ожегова, плававшего по Индигирке в 40-е годы XVII века; холм Горелова и остров Горелова, по всей вероятности, имеют отношение к мореходу Андрею Горелову. Булдаковские Холмы и Меркушинская Стрелка напоминают нам о мореходах Тимофее Булдакове и Меркурии Вагине. Две Малыгинские лайды и заимка Колесово — свидетели былых походов М. Колесова и Н. Малыгина. Название протоки Голыженской, скорее всего, произошло от корня старинной фамилии русских поселенцев этих мест. (Но фамилия Голыженский в старину иногда писалась Галугинский. Известно, что Осип Голыга на коче морехода Андрея Горелого был направлен из Якутска на Индигирку. В губе Омолоевой их «взял замороз», и дальнейший путь они проделали на собаках.)
Все это дает основание полагать, что заселение Индигирки русскими людьми началось в основном в середине XVII века. Постепенный выход русских от Зашиверска на север, очевидно, связан с освоением тундры, богатой песцом, на который возникает спрос как казны, так и частного рынка, поскольку соболиные богатства тайги начиная с конца XVII века стали истощаться.
В то же время нельзя полностью отрицать тот факт, что какая-то часть предков индигирщиков могла проникнуть на Индигирку с Лены, Енисея и из Мангазеи морским путем. Ведь находили же стоянки полярных мореходов XVI–XVII веков на восточном берегу Таймырского полуострова и даже на Новосибирских островах. Более того, в октябрьском номере американского журнала «Славянское и восточно-европейское обозрение» за 1944 год напечатана статья «Потерянная колония Новгорода на Аляске». Автор ее на основании письма, присланного в 1794 году русским миссионером на Аляске Германом настоятелю Валаамского монастыря, и раскопок, произведенных в 1937 году на Кенайском полуострове (Аляска), при которых были обнаружены остатки древнего поселения, пришел к выводу о существовании там Новгородской колонии, основанной в 1571 году [Бадигип, 1956, с. 160].
В 1650 году из Якутска отправились морем два отряда — Булдакова и Горелова. Судьбу мореходов, затертых льдами, живо рисует рассказ Тимофея Булдакова: «Против Устья Хромы постигла ночная пора, стало темно и наутро море замерзло. И мы, Тимошка, стали пятью кочами на простой воде, а с земли недалече. И стояли в том месте три дня, и лед начал быть толщиною на ладонь, и хотели волочиться по земле на нартах, а в Семенов день (1 сентября) волею божию потянули ветры отдерные от земли, и нас со льдом отнесло в море, и несло нас пятеры сутки…
И как мы, Тимошка, со служилыми и торговыми и промышленными людьми пошли с кочей к земле, а в те поры льды на море ходят и достальные кочи ломает и запасы (выгруженные из кочей) темы льдами разносит, а мы на нартах и на веревках друг друга перволачивали, со льдины на льдину перепихивали и, идучи по льду, корм и одежду дорогою метали, а лодок от кочей с собою не взяли, потому что, морем идучи, оцинжали, волочь не вмочь, на волю божию пустились и от ночей по льду до земли девять дней, а вышед на землю, поделали нартишки и лыжишки. И холодны, и голодны, наги и босы достигли Уяндинского зимовья» [Якутия, 1953, с. 57].
«Сообщение о плавании Булдакова, — писал А. Е. Норденшельд, — заслуживает особого внимания, потому что в нем рассказывается о встрече с двенадцатью кочами с казаками, купцами, зверопромышленниками, направляющимися частью из Лены на восток, частью из Колымы и Индигирки на Лену. Обстоятельно это доказывает, что в этой части сибирского Ледовитого моря существовало в то время большое движение» [Норденшельд, 1935, с. 369].