Очень ценным архивохранилищем является Политический архив Министерства иностранных дел в Бонне (Politisches Archiv des Auswärtigen Amts Bonn – АА), где хранятся десятки дел с аналитическими записками, отчетами, письмами, телеграммами немецких дипломатических служб о религиозной ситуации в странах Восточной и Центральной Европы, в том числе в Греции (Inland I-D, 4740–4742, 4797–4800 и др.).
В архиве Института современной истории в Мюнхене (Institut für Zeitgeschichte München – IfZ) сведения о церковной ситуации в оккупированной Греции содержатся в материалах немецкого военного командования (MA 1039), Главного управления имперской безопасности (МА 447, 558, Fа 231/3) и Внешнеполитической службы «Восток» (МА 128).
С помощью греческих исследователей автору удалось посмотреть хранящиеся в Историческом архиве Священного Синода Элладской Православной Церкви (Historical Archives of the Holy Synod of the Greek Church – HAHS) в Афинах материалы Синода этой Церкви за годы Второй мировой войны.
Кроме того, была предпринята поездка в Софию, где автор работал в Государственном архиве Болгарии. Здесь были изучены как фонды занимавшихся церковными делами учреждений и ведомств этой страны, так и документы самой Болгарской Православной Церкви 1930-х – 1945 гг., в том числе переписка ее Священного Синода с русскими и болгарскими обителями на Святой Горе (ф. 791к).
Историю русских обителей Афона и русских церковных общин на территории Греции и Турции можно изучать и по материалам советских или русских эмигрантских организаций, хранящимся в трех московских архивах – Государственном архиве Российской Федерации (ГАРФ), Российском государственном архиве социально-политической истории (РГАСПИ) и Российском государственном военном архиве в Москве (РГВА). В ГАРФе в этом плане особенный интерес представляют обширные фонды Совета по делам Русской православной церкви (ф. 6991) и Архиерейского Синода Русской Православной Церкви за границей (ф. 6343), в РГАСПИ – фонд Центрального Комитета ВКП(б) – КПСС (ф. 17), а в РГВА – фонд Главного управления имперской безопасности (ф. 500).
Также был изучен обширный документальный материал, хранящийся в Центральном государственном архиве Санкт-Петербурга и некоторых других архивах города по истории Санкт-Петербургского подворья Свято-Андреевского скита. Основное внимание уделялось изучению документов административных подразделений органов советской власти, которые осуществляли контроль за деятельностью Церкви: административных отделов Петрогубисполкома, Ленгорисполкома, Леноблисполкома, Володарского райисполкома и т. д. Некоторые документы о репрессированных афонских иноках Петербургского подворья были изучены в архиве Управления Федеральной службы безопасности Российской Федерации по Санкт-Петербургу и Ленинградской области и в Архиве Санкт-Петербургской епархии.
Автор работал и в двух содержащих русские церковные документы архивах американских университетов. Первый из них – Бахметьевский архив русской и восточноевропейской истории и культуры находится в Колумбийском университете г. Нью-Йорка (The Bakhmeteff Archive of Russian and East European History and Culture, New York). Другой архив принадлежит Стенфордскому университету, расположенному в Селиконовой долине вблизи г. Сан-Франциско (Калифорния). Одна часть архива хранится в Гуверовском институте войны, революции и мира (Hoover Institution on war, revolution and peace Archives, Stanford University), а вторая – в специальной коллекции университетской библиотеки (Stanford University, Special collections Librarian). Здесь особенный интерес представляет фонд епископа Григория (Граббе).