Русские насельники Свято-Пантелеимоновской обители оставались российскими подданными и находились в ведении российского посольства в Константинополе, платя ежегодную подушную подать Османской империи. В 1879 г. святогорским инокам был разрешен въезд в Россию «без предварительных сношений со Святейшим Синодом», лишь с паспортом, выданным российским консульством в Константинополе. Свято-Пантелеимоновский монастырь и другие русские обители пользовались покровительством российского императорского дома и правительства в лице послов в Константинополе и консулов в Салониках. Следует упомянуть, что в 1911 г. от имени цесаревича Алексея Николаевича Иоанно-Златоустовской келлии был подарен большой колокол5.
В 1875 г. насельники Свято-Пантелеимоновского монастыря основали в Абхазии Ново-Афонский монастырь. Афонские монахи также устроили на Кавказе в 1883 г. Закубанскую Михаило-Афонскую пустынь, в 1889 г. – Александро-Афонский Зеленчукский монастырь и в 1904 г. – Второ-Афонский монастырь.
В 1912 г. в Свято-Пантелеимоновском монастыре, двух больших скитах, 82 келлиях и 187 каливах проживало около пяти тысяч русских насельников, что составляло более половины всех монахов Афона – в это время там находилось 3900 греков, 340 болгар, 288 румын, 120 сербов и 53 грузина. Ежегодно Святую Гору в начале XX в. посещало 30 тыс. русских паломников. В том же году в результате освобождения Македонии и Западной Фракии от господства Османской империи Афонский полуостров стал частью греческого государства, 2 ноября 1912 г. в ходе Первой Балканской войны Святую Гору заняли греческие войска, там спустили турецкий флаг, и королевским декретом над монастырями был установлен контроль военных властей. Летом 1913 г. греческие войска заняли Свято-Пантелеимоновский монастырь, однако по требованию российского правительства вскоре оставили обитель.
На мирной конференции в Лондоне в мае-августе 1913 г. Россия предложила сохранить автономный статус Афона под протекторатом шести православных государств: России, Греции, Румынии, Болгарии, Сербии и Черногории, но не смогла добиться полного принятия такого решения. За интернационализацию Афона активно выступало Братство русских обителей, которое в мае 1913 г. обратилось к Лондонской конференции и в МИД России с просьбой возвести Свято-Пантелеимоновский монастырь в ранг Лавры. Свято-Андреевский и Свято-Ильинский скиты в ранг монастырей, а русские «малые обители» вывести из-под власти греческих монастырей. В ответ представители 17 греческих афонских монастырей 26–28 сентября направили на конференцию открытое письмо с протестом против плана автономии и всеправославного статуса Святой Горы, письмо содержало также предложение изъять Афон из юрисдикции Константинопольского Патриарха и присоединить к Элладской Церкви. В итоге предложения русских обителей не были осуществлены6.
В период напряженных споров о будущем Афона положение русских святогорцев осложнилось движением имяславцев, главным руководителем которого с 1912 г. был насельник Свято-Андреевского скита, в прошлом офицер иеросхимонах Антоний (Булатович). В январе 1913 г. братия этого скита сместила с должности настоятеля игумена Иеронима, не разделявшего взгляды иеросхимонаха Антония, и избрала настоятелем приверженца имяславия архимандрита Давида (Мухранова). В феврале 1913 г. иеросхимонах Антоний, архимандрит Давид и все «единомысленные с ними» были запрещены в служении афонским Кинотом. 18 мая 1913 г. по поручению Святейшего Синода Российской Православной Церкви архиепископ Сергий (Страгородский) составил послание с подробным опровержением имяславия. Однако его приверженцы отказались принять как послания Синода, так и постановления афонского Кинота и Константинопольского Патриарха.
В условиях балканских войн и споров о будущем статусе Святой Горы российский МИД счел необходимым срочно разрешить конфликт: в июле 1913 г. 833 монаха-имяславца были насильно депортированы из Свято-Пантелеимоновского монастыря и Свято-Андреевского скита в Одессу. 40 человек, обвиненных в уголовных преступлениях, заключили в тюрьму, остальных «в мирском одеянии» отправили «для водворения на родину». Указом Святейшего Синода от 24 августа 1913 г. иноки, не принявшие его послания, были запрещены в священнослужении и Причащении Святых Тайн. В послании к Синоду Российской Церкви Константинопольский Патриарх Герман V выразил пожелание, чтобы изгнанные монахи даже в случае раскаяния не могли быть возвращены на Афон. После насильственного удаления в июле 1913 г. из Свято-Андреевского скита 185 имяславцев игумен Иероним был возвращен на свое место, а архим. Давид, принеся покаяние перед Вселенским Патриархом, был вынужден навсегда покинуть Святую Гору. Споры об Имени Божием продолжались и в дальнейшем и не закончились до сих пор. В 1917 г. афонские иноки-изгнанники написали прошение Всероссийскому съезду духовенства и мирян о прекращении церковного на них гонения и о восстановлении их иноческих прав. Однако не только этот съезд, но и Всероссийский Поместный Собор 1917–1918 гг., а также Константинопольская Патриархия не пришли к какому-то окончательному выводу7. Жестокое подавление движения имяславцев (или иначе имябожников) нанесло тяжелый удар русским обителям Афона.