Митрополит Монемвасийский напрасно обвиняет в данном случае патриарха Константинопольского: Иеремия попался на крючок вовсе не по излишней доверчивости. Для всех было очевидно, сколь выгодно Российскому государству переманить к себе первого по значению Вселенского патриарха, перенести в Москву его престол. Даже в том случае, если бы в Константинополе на место Иеремии поставили другого патриарха, русская патриархия, опираясь на идею «пронесения» к ней всех святынь с Востока, могла бы претендовать на главное место во Вселенской православной церкви, соответствующее силе и славе Москвы.
Для внешней политики государства переход в Москву Константинопольского патриарха имел бы колоссальное значение. Не только Греция и Балканы, но православная Белоруссия и Украина подчинялись тогда Константинопольскому святителю: понадобилось еще сто лет, чтобы митрополит Киевский принял благословение от патриарха Московского. Но разоренная Грозным страна уже не имела сил для наступления на мусульман и освобождения своих братьев–православных; ее правители помышляли о собственной корысти, а не о защите православия от католической реакции, о надвигавшейся с Запада угрозе унии.
Но и изолированные в Москве греки не могли понять мотивов Годунова и предугадать его поведение. Между тем события развивались стремительно. После полугодового перерыва в статейном списке Посольского приказа появилась запись, что царь Федор Иоаннович, посоветовавшись с супругой и поговоря с боярами, объявил о необходимости учреждения в России патриаршества, но так, чтобы Константинопольский патриарх Иеремия не стал патриархом Московским!
«И мы о том прося у Бога милости помыслили, — говорилось от царского имени, — чтобы в нашем государстве учинити патриарха, кого Господь Бог благоволит: буде похочет быти в нашем государстве Цареградский патриарх Иеремия — и ему быти патриархом в начальном месте Владимире, а на Москве митрополиту по–прежнему; а не похочет Цареградский патриарх быти во Владимире — ино бы на Москве учинити патриарха из московскаго собору, кого Господь Бог благоволит».
Далее в статейном списке отмечено, что об учреждении патриаршего престола в Москве Борис Годунов говорил еще с патриархом Иоакимом, причем говорил «тайно». «Тайно» же Годунову было поручено переговорить сейчас с Иеремией — и потому в статейном списке речи Годунова к патриарху нет. Зато она передана в историко–публицистическом сказании, составленном явно не без участия Бориса Федоровича.
Годунов подчеркивал, что грекам было дано задание решить вопрос о патриаршем престоле в России соборно, и предлагал Иеремии «быти на патриаршестве в нашем государстве на престоле Владимирском и всея Великий России». Ответ Иеремии, зафиксированный и в статейном списке, и в сказании, свидетельствовал о том, что он очень хотел стать патриархом на Руси; он даже принял довод Годунова, что султан все равно уже разорил Константинопольское патриаршество.
От имени Иеремии было записано, что он якобы советовался с патриархами Сильвестром Александрийским, Нифонтом Иерусалимским, Иоакимом Антиохийским и со всем освященным собором восточных архиереев: «И советовав приговорили, что пригоже на Российском царстве патриаршеству быти и патриарха учинити». Эта явная ложь могла быть приписана Иеремии московскими властями, тем более что на самом деле патриарха Иерусалимского звали Софроний (1579—1608).
Однако то, что Иеремия согласился патриаршествовать в России, но отказался ехать во Владимир, известно достоверно. «Мне во Владимире быть невозможно, потому что патриарх при государе всегда», — заявил Иеремия, никогда не состоявший «при государе». Дело в том, что (по воспоминаниям Иерофея Монемвасийского) «предупрежденный некоторыми христианами» Иеремия считал город Владимир страшной дырой, местом ссылки, хуже печально известного ему Кукоса. Поскольку кроме приставленных Годуновым людей патриарх ни с кем общаться не мог, очевидно, что именно правитель не желал перенесения Константинопольского престола в Россию.
Годунову нужен был свой патриарх, для собственных целей. Им должен был стать митрополит Иов. Сразу же после ответа Иеремии было четко и определенно заявлено об этом боярам от царского имени: «Мы помыслили было, чтобы святейшему Иеремии быть в нашем государстве на патриаршестве Владимирском и всея России, а в царствующем граде Москве быть по–прежнему отцу нашему и богомольцу митрополиту Иову. Но святейший Иеремия на Владимирском патриаршестве быть не хочет, а соглашается исполнить нашу волю, если позволим ему быть на патриаршестве в Москве, где ныне отец наш митрополит Иов.