Из восьми предполагавшихся при поставлении патриарха Московского епископий существовало две: с прежних времен Коломенская и новая Псковская. В связи с войной со Швецией Иов учредил еще Карельскую епископию, не заботясь более об остальных пяти. «Честь» Московский патриарх получал в большей степени благодаря близости к власть имущим, чем силе церковной организации.
За пятнадцать с лишним лет своего патриаршества Иов оставил в истории удивительно мало чисто церковных дел, да и те имели, как правило, заметный политический крен. Летом 1588 г. он соборно определил праздновать память новоявленного чудотворца Василия Блаженного — юродивого, которому особо покровительствовал Иван Грозный. Осенью 1591 г. патриарх написал канон и исправил службу преподобному Иосифу Волоцкому — крупнейшему идеологу церковного стяжательства и государственной Церкви, злому врагу инакомыслия, которому 9 сентября соборно установлен был праздник. Хотя каждому из трех святителей московских — Петру, Алексию и Ионе — были установлены особые празднества, в 1595 г. Иов решил вдобавок поминать их всех вместе 5 октября: святые митрополиты создавали как бы фундамент власти Московского патриарха.
Канонизация святых производилась под явственным давлением «снизу». Энергичный Казанский митрополит Гермоген «обрел» мощи казанских чудотворцев Гурия и Варсонофия, затем князя Романа Владимировича Углицкого и добился их всероссийской канонизации в 1595 г. Затем были установлены праздники святым, мощи которых «открывали» иные настойчивые местные власти: Антонию Римлянину (1597 г.) и преподобному Корнилию Комельскому (1600 г.).
При Иове и с его разрешения (впрочем, прежде разрешение было дано от царского имени) были перенесены в Соловецкий монастырь останки убитого Иваном Грозным митрополита Московского и всея Руси Филиппа (1591 г.). Соловчане и иные жители Русского Севера праздновали память этого святого 9 января.
Услуги Иова понадобились правительству уже вскоре после его поставления. Дело в том, что грузинский царь Александр, утесняемый турками и персами и недавно принятый по его униженной просьбе в подданство Российской державы, в октябре 1588 г. просил также помощи «для исправления православный христианския веры». Отказать только что принятому в подданство государю было невозможно, и правительство обратилось к патриарху — тот написал в Грузию два послания.
Обращаясь к грузинскому царю Александру, Иов попросту изложил символ веры, убеждая твердо его держаться, биться против ересей и еретиков, почитать родителей, а более них — духовных учителей. Значительно обширнее было второе послание Иова, адресованное Грузинскому митрополиту Николаю и всему освященному собору.
Московский патриарх благословлял в нем всех адресатов и уведомлял об исполнении их просьбы: посылке из России четырех учителей богословия и трех иконописцев. Послание состояло из 6 частей с введением и заключением. «Знаем вас изначала, — писал Иов, — Божиею благодатию христианами, но не ведаем, откуда возникли у вас соблазны, так что ныне вы не во всем вполне держите христианскую веру и в немногом разделяетесь от нас. Внимайте же прилежно, в чем состоит истинная благочестивая православная вера».
Патриарх продемонстрировал в послании богатые знания церковноучительной литературы. Он большими отрывками цитировал «Изборник» митрополита Даниила, слово болгарского пресвитера Козьмы на богомилов и т. п. Обличив еретиков, Иов обрушился на протестантов, латинян и магометан, подчеркнул значение Церкви и церковных иерархов.
По его мнению, «два великия начала от Бога установлены в мире: священство и царство», причем духовная власть и церковные имущества принадлежат исключительно архиереям, а мирская власть — царям. Бог запрещает кому бы то ни было посягать на церковное достояние и вмешиваться в священные предметы. С другой стороны, каноны запрещают пользоваться покровительством мирских властей для достижения степеней священства.
Послания в Грузию были написаны в апреле 1589 г., то есть именно тогда, когда Иов только что достиг степени патриарха волей и стараниями светской власти! Разделения властей, о котором Иов писал грузинам, отнюдь не наблюдалось на Руси, где тоже хватало церковных «нестроений». Выяснилось, например, что поповские старосты и десятские священники, поставленные сорок лет назад Стоглавым собором русских архиереев по городам и в самой Москве для надзора за низшим духовенством, совершенно бездействуют.