Шуйский и его товарищи нашли подходящих людей среди тех, кто был лично ответствен за безопасность царевича и порядок в городе, кто мог весьма и весьма пострадать, вызвав гнев обыскной комиссии. Это были чиновники местной администрации, дворовые люди и военно–служилая челядь. Обыск начали с расспросов старших дворовых: ключников, подключников, сытников, стряпчих, детей боярских, пищиков (писцов) и т. п. Они бодро подтверждали версию Шуйского, ссылаясь при этом друг на друга. За ними последовали игумен Давыд, истопники, сторожа, подьячие, повара, хлебники, мобилизованные на царскую работу посошные люди, губной староста и рассыльщики.
Конечно, пришлось эту публику как следует припугнуть. Клешнин сразу же пошел «рыкати на граждан, аки лев», так что граждане «все умолкоша и ничто глаголаша, токмо рекоша: истиннаго мы дела не ведаем, тут не были», — после чего Клешнин «повеле тотчас речи их писати». Шуйский усмехнулся, вспоминая перепуганные лица расспрашиваемых, когда читавший свиток Щелкалов дошел до челобитной угличских рассыльщиков: «Милостивый государь царь! Покажи милость, чтоб мы, сироты твои, в том убивстве (М. Битяговского и др. — А. Б.) вконец не погибли, мы напрасною смертью не померли!»
Некоторые свидетели помогали комиссии активно. Некий Семейко Юдин назвался очевидцем самозаклания царевича. Мамка царевича Василиса Волохова поведала, что Дмитрий Иванович болел падучей болезнью давно и приступы у него случались сильные. Ее маленького сынишку убили по подозрению в том, что он участвовал в покушении на царевича, и Волохова готова была на сотрудничество с комиссией Шуйского. Зато показания непосредственных свидетелей — кормилицы Марины Тучковой, постельницы Марии Колобовой и четырех ребятишек–жильцов, игравших с царевичем, — записывать не стали, ограничившись стандартной формулировкой обыскных речей. Да и вызвали их в самом конце следствия, когда основной материал был уже собран.
Сложнее было «обработать» родственников царевича — Нагих. От показаний матери — царицы Марии — пришлось отказаться вообще, хотя с них полагалось начать обыск. Михаил Нагой упорно стоял на том, что царевича зарезали Волохов, Качалов и Битяговский, и не поддался на коварный вопрос о падучей болезни. Пришлось во все последующие расспросные речи писать, а в некоторые предшествующие — вставлять указания, что именно Михаил Нагой, а не мужики–угличане, поднял восстание против царских представителей. Хотя времени было и немного, компрометирующих материалов на Михаила было набрано столько, что они составили чуть не половину дела. Заодно возвели обвинения и на царицу Марию.
Допрос Андрея Нагого провел лично дьяк Елизарий Вылузгин. Располагая показаниями Волоховой, дьяк навел Нагого на долгий разговор о болезни царевича, о том, как она проявлялась. Это было тщательно записано. А вот о смерти царевича Вылузгин спросил коротенько и написал как бы между прочим: «А сказывают, что его (царевича. — А. Б.) зарезали, а он тово не видел, хто его зарезал». Получалось, будто свидетель и не уверен в своем мнении! Эта форма: «а того не ведают», — применялась комиссией при записи речей всех свидетелей, утверждавших, что царевич был убит. Отказался принять ее только Михаил Нагой.
Большой удачей Шуйского было признание версии о самозаклании третьим Нагим — Григорием. На него тоже начали было собирать компрометирующие материалы, но Клешнин уговорил своего зятя не совать голову в петлю, подумать о молодой жене и т. д. Так что в итоге комиссия постаралась полностью снять с Г. Нагого обвинения, хотя в угличской «смуте» он был явно замешан больше, чем М. Нагой.
Угличское «всенародство», убежденное в том, что Дмитрия убили по приказу Годунова, Шуйского не интересовало: общение с ними он предоставил карателям. К сожалению боярина, он не мог вовсе обойтись без речей духовных лиц, а они, как назло, в большинстве своем смело утверждали, что знают об убийстве царевича. Часть таких показаний пришлось поместить в свиток, утопив их в середине дела и перемешав с противоположными показаниями.
Проведя обыск в кратчайший срок, Шуйский с товарищами перетасовал материалы дела и для верности переписал часть «речей». В начале, которое хорошо воспринимается слушателями, были помещены материалы против Михаила Нагого, его уверения, что царевича убили, слова очевидцев «самоубийства» и сведения о болезни царевича. Комиссия еще раз подчеркнула, что болезнь была «старая.
Затем начиналось как бы само обыскное дело: речи священников, чиновников по старшинству и т. п. Комиссия сделала кое–какие приписки и поправки. Вылузгин и подьячий Посольского приказа просмотрели дело еще раз. Дьяк вписал несколько слов на склейку 32; подьячий углядел, что в одном из показаний зачинщиками бунта названы горожане, и вставил — «по приказу Михаила Нагого». Все это и еще многое из того, что творила комиссия Шуйского, строжайше запрещалось делать.