С 1857 по 1863 гг. флотилия казенных пароходов и барж на реке Амур достигла значительных размеров и занималась, в основном, хозяйственными перевозками для снабжения всем необходимым военных постов и казачьих станиц. Костяк флотилии составляли пароходы Военного ведомства, часть из них могла быть вооружена артиллерией. Личный состав всех ведомственных пароходов комплектовался моряками Амурского флотского экипажа (табл. 1).
В 1878 г., для укрепления обороны устья реки Амур, по железной дороге, в Николаевск-на-Амуре были перевезены миноноски, которые вошли в состав Сибирской флотилии (табл. 2).
В 1885 г. командующий войсками Приамурского военного округа впервые поставил вопрос о создании Амурской речной флотилии. По экономическим соображениям решение не состоялось, но с 1897 г. начинает действовать небольшая Амуро-Уссурийская казачья флотилия. Однако обременные обслуживанием станиц два парохода этой флотилии только в исключительных случаях могли содействовать охране границ и бороться с бандами хунхузов. Поэтому в 1898-1900 гг. вопрос о создании мощной речной флотилии рассматривался в межведомственной комиссии, работавшей по инициативе Военного министерства. Река Амур, благодаря своему громадному протяжению, до постройки Китайской Восточной железной дороги, была единственным путем сообщения между Николаевском, Хабаровском и Благовещенском – летом на судах, зимой на санях. К концу века, через 46 лет после начала парового судоходства, по водам Амурского бассейна уже плавало 160 паровых судов и 261 баржа. Кроме этого, по Селенге ходили: 1 пароход, 15 парусных судов и 20 барж. Это значение реки Амур особенно рельефно выявилось в 1900 г., во время боксерского восстания, когда Китайская Восточная железная дорога (КВЖД) находилась в периоде постройки, а материалы доставлялись сплавом по рекам. Кроме того, для усмирения восстания боксерских и хунхузских шаек войска с боевыми запасами пришлось перевозить на коммерческих пароходах и баржах, на которых устраивали временную защиту из мешков с землей и песком.
Пароходы Амуро-Уссурийской казачьей флотилии и Министерства путей сообщения: «Селенга», «Сунгари», «Газимур», «Амазор», «Хулок» и другие были вооружены легкой артиллерией и пулеметами. Командир Владивостокского порта выделил для этого десять 4-фунтовых пушек образца 1867 г., три 47-мм и одну 37-мм пятиствольную пушки Готчкиса. Наспех вооруженные пароходы принесли большую пользу в качестве разведчиков, конвойных и сторожевых судов.
| Класс и наименование | Длина, м | Ширина, м | Осадка, м | Водоизмещение, т | Мощность машины, л.с. | Число орудий | Звод-строитель | Время спуска | Примечание |
| Пароходы Военного ведомство | |||||||||
| «Зея» | 38,40 | 4,88 | 0,31 | - | 40 | - | Бейт и К° г. Гамбург | 10.07.1860 г. | Р-он плавания — р. Шилка, скорость хода 15— 16 верст в час |
| «Онон» | 38,40 | 4,4 | 0,38 | 140 | 30 | — | Бейт и К° г. Гамбург | 21.07.1860 г. | P-он плавания — р. Шилка, скорость хода 13 верст в час |
| «Ингадо» | 38,40 | 4,4 | 0,38 | — | 30 | — | Бейт и К° г. Гомбург | 03.08.1860 г. | P-он плавания — р. Шилка, скорость хода 13 верст в час |
| «Чита» | 36,62 | 3,81 | 0,61 | — | 40 | — | Бейт и К° г. Гамбург | 13.08.1860 г. | P-он плавания — р. Шилка, скорость хода 16—17 верст в час |
| «Константин» | 45,72 | 8,23 | 0,61 | — | 100 | — | О-во «Кокериль» | 17.05.1864 г. | P-он плавания — р. Амур |
| «Генерал Корсаков» | 39,62 | 7,62 | 0,96 | — | 70 | — | Лондон | 1860 г. | Приобретен от Амурской компании в 1863 г., p-он плавания — р. Амур |
| Кононерская гребная лодка | 15,06 | 3,28 | 0,46/0,33 | 1 | станицо Корсаково р. Уссури | 11.06.1860 г. | Судостроитель — подрядчик Гредокин, вооружалось в ст. Хоборовка, в 1865 г. обращено в баржу | ||
| Пароходы Амурского Телеграфного Упровления | |||||||||
| «Телеграф» | 36,58 | 3,66 | 0,31 | - | - | - | Бейт и К° г. Гамбург | 14.05.1862 г. | |
| «Гонец» | 25,91 | 3,35 | 0,31 | — | 15 | — | Бейт и К° г. Гамбург | 16.05.1862 г. | |
| «Часовой» | 25,91 | 3,35 | 0,31 | — | 15 | — | Бейт и К° г. Гамбург | 30.05.1862 г. | |
| «Сторож» | 25,91 | 3,35 | 0,31 | — | 15 | — | Бейт и К° г. Гамбург | 16.10.1862г. | |
| Пароходы Сибирской флотилии | |||||||||
| «Шилка» | 30,56 | 6,22 | 1,22/1,07 | 90 | 60 | - | Николаевск-на-Амуре | 20.031860 г. | Строитель-подрядчик Чикуров, p-он плавания — р. Амур |
| «Амур» | 38,1 | 5,94 | 1,91 | 190 | 100 | 5 | Америка | 18.05.1857 г. | В 1889 передан к порту, p-он плавания— р. Амур |
| «Лена» | 30,63 | 5,56 | 1,30/1,22 | 125 | 40 | 5 | Америка | 12.05.1857 г. | P-он плавания — р. Амур |
| «Сунгоча» | 27.43 | 3,81 | 0,61 | 40 | 2 | Бейт и К° г. Гамбург | 11.05.1863 г. | Базировались на станции Невельского и Козоневича (р. Уссури) | |
| «Уссури» | 27.43 | 3,81 | 0,61 | — | 40 | 2 | Бейт и К° г. Гамбург | 15.05.1863 г. | P-он плавания: реки Уссури и Сунгоча и озеро Ханко |
| «Буксир» | 16,76 | 4,27 | 1,68/1,07 | 48 | 45 | — | Америка | 22.05.1862 г. | Буксировка барж на р. Амур и в Амурском лимане |
| «Польза» | 16,76 | 4,27 | 1,68/1,07 | 48 | 45 | — | Америка | 31.05.1862 г. | Буксировка барж на р. Амур и в Амурском лимане |
| «Успех» | 16,76 | 4,27 | 1,68/1,07 | 48 | 45 | — | Америка | 03.06.1862 г. | Буксировка барж на р. Амур и в Амурском лимане |
| Винтовые баркасы Сибирской флотилии | |||||||||
| «Механик» | 15,52 | 3,05 | - | 16 | 6 | - | Машина с парохода «Малютка», р-он плавания — р. Уссури | ||
| «Чныррых» | 9,95 | 2,75 | 0,99/0,71 | 9,58 | 10 | - | Нью-Йорк | 1857 г. | При порте в Николаевске-на-Амуре |
| «Польза» | 11,76 | 2,74 | 1,07/0,76 | 12,16 | 10 | — | Николаевск | 1862 | При порте в Николаевске-на-Амуре |
| Баржи Сибирской флотилии | |||||||||
| «Кета» | 48,77 | 6,71 | 0,61 | 116 | - | - | Бейт и К° г. Гамбург | 04.06.1863 г. | Р-он плавания — р. Амур, грузоподъемность 65,6 т |
| «Горбуша» | 48,77 | 6,71 | 0,61 | 116 | — | — | Бейт и К° г. Гамбург | 12 06.1863 г. | Р-он плавания — р. Амур, грузоподъемность 65,6 т |
| «Таймень» | 48,77 | 7,62 | 0,61 | 200 | — | — | Бельгия | 1864 | Грузоподъемность — 91,84 т |
| Деревянная № 1 | 18,26 | 4,27 | 0,28 | Николаевск- на-Амуре | 15.05.1864 г. | Грузоподъемность — 17,79 т, обращена из гребной канонерской лодки. Район плавания — р. Сейфун и Николаевск-на-Амуре | |||