В боях Г.А. Вержбицкий был дважды ранен и контужен, за боевые заслуги был произведен в подполковники, а затем в октябре 1916 г. в полковники. За доблесть Г.А. Вержбицкий был награжден георгиевским оружием и орденом Святого Георгия IV степени. Также в ходе войны он получил орден Св. Владимира IV степени с мечами и бантом и Св. Анны II степени с мечами. С 10 января 1917 г. полковник Г.А. Вержбицкий — командир пехотного Ефремовского полка, который в это время разворачивался в Могилеве.
После революционных событий февраля—марта 1917 г., свержения монархии и прихода к власти демократических сил во главе Временного правительства начался развал русской армии. К тому времени 536-й Ефремовский полк по своему составу был очень нестабильным. Несмотря на это, авторитет полковника Вержбицкого среди подчиненных стоял очень высоко. За бои под Сморгонь-Крево Г.А. Вержбицкий был удостоен солдатами полка солдатским Георгиевским крестом с пальмовой ветвью. Г.А. Вержбицкий в ходе боев руководил действиями 536-го Ефремовского и 534-го Новокиевского (командир — полковник Б.М. Зиневич) пехотных полков и частей 54-й пехотной дивизии{515}.
С 1 сентября 1917 г. полковник Г.В. Вержбицкий — командир бригады 134-й пехотной дивизии. После октябрьского вооруженного переворота (25 октября 1917 г.), т.е. захвата власти большевиками и фактического перехода командования к солдатским комитетам, не желая подчиниться выборному началу, Г.А. Вержбицкий отказался от предложенной ему должности начальника 134-й пехотной дивизии. За этот поступок полковник Вержбицкий был судим общим собранием комитетов корпуса и приговорен за неповиновение советской власти к смертной казни. Но Григория Афанасьевича спасли преданные ему солдаты из 534-го и 536-го полков, которые помогли ему сбежать.
8 декабря 1917 г. Г.А. Вержбицкий уехал в Омск, затем переехал в Усть-Каменогорск, где сформировал офицерскую организацию, затем переросшую в офицерский отряд{516}. Полковнику Г.А. Вержбицкому предложили должность командира 1-й Степной Сибирской стрелковой дивизии, на что он согласился. 20 июня 1918 г. Г.А. Вержбицкий прибыл в Омск, а уже 21 июня 1918 г. вступил в командование дивизией. В этот же день с отрядом в 348 человек он выступил на фронт в сторону Ишима. Дивизия дала свой первый бой у села Гольшманово и одержала победу. Дальше дивизия Вержбицкого наступала на Тюмень. Наступление окончилось взятием города 20 июля 1918 г.
Сразу же за взятие Тюмени Григорий Афанасьевич Временным Сибирским правительством был произведен в генерал-майоры. После того как были выбиты красные части в районе реки Туры, 31 июля 1918 г. Г.А. Вержбицкий был назначен уполномоченным правительства с правами генерал-губернатора, при этом оставаясь во главе дивизии.
В своем приказе генерал-майор Г.А. Вержбицкий писал: «Всяким активным выступлениям должен быть положен конец, и я с беспощадной строгостью пресеку все, как революционные, так и контрреволюционные выступления, откуда бы таковые ни исходили и каким бы способом они ни проводились, т.е. путем ли активного выступления, призывом ли на словах или печатным словом. Ни революция, ни контрреволюция!»
26 августа 1918 г. дивизия Вержбицкого переименовывалась в 1-ю Сибирскую стрелковую. Осенью 1918 г. генерал-майор Г.А. Вержбицкий, командуя Западно-Сибирским отрядом, выбил большевиков из бассейна река Тавды и городов Алапаевска, Нижнего Тагила и Верхотурья, а также очистил от красных Горнозаводской район. Генерал-майор Г.А. Вержбицкий совместно с командиром 1-го Средне-Сибирского армейского корпуса генерал-майором А.Н. Пепеляевым участвовал в успешном взятии города Перми 24 декабря (ст. ст.) 1918 г.
С 1 января 1919 г. Г.А. Вержбицкий был назначен командующим 3-м Степным армейским корпусом Сибирской армии. В состав корпуса входили 4-я Сибирская стрелковая дивизия полковника И.С. Смолина и 7-я Сибирская стрелковая дивизия полковника Черкасова. С 22 января по 2 марта 1919 г. Г.А. Вержбицкий участвовал в Кунгурской операции, в ходе которой он разгромил 23-тысячную группировку противника, захватил ряд укрепленных позиций красных с городом Оса. В плену оказались 3500 красных, также досталось множество трофеев, среди них 9 орудий. В феврале 1919 г. за боевые отличия по овладению Уральским хребтом Григорий Афанасьевич был произведен в генерал-лейтенанты. В весеннем наступлении Русской армии адмирала А.В. Колчака корпус Г.А. Вержбицкого 7 апреля 1919 г. овладел Боткинским заводом, а 13 апреля был взят Ижевск{517}. 9 апреля 1919 г. союзным французским командованием генерал-лейтенант Григорий Афанасьевич был награжден французским Военным крестом (Croix de Guerre) с пальмовой ветвью.