С 20 апреля 1919 г. генерал Вержбицкий стал членом думы георгиевских кавалеров Западной армии. С июня 1919 г. Г.А. Вержбицкий — командующий Южной группой войск Сибирской армии. 4 июля 1919 г. генерал-лейтенант Г.А. Вержбицкий за Кунгурскую операцию был награжден орденом Св. Георгия III степени. После многочисленных поражений Русской армии адмирала А.В. Колчака был оставлен Урал. С 20 июля 1919 г. группа войск генерал-лейтенанта Г.А. Вержбицкого стала именоваться Южной группой войск 2-й армии. В это время в нее входили 4-я и 18-я Сибирские стрелковые дивизии и Штурмовая бригада 3-го Степного корпуса. В Великом Сибирском ледяном походе (ноябрь 1919 г. — март 1920 г.) в конце 1919 г. генерал-лейтенант Г.А. Вержбицкий был назначен начальником колонны на правах командующего армией, в составе Южной и Тобольской групп.
23 января 1920 г. на совещании старших начальников в Нижнеудинскс главнокомандующий фронтом генерал-лейтенант В.О. Каппель поручил командование 2-й армией генерал-лейтенанту Г.А. Вержбицкому, для которого Ледяной поход закончился но прибытии в Читу 11 марта 1920 г. Стоит также упомянуть о том, что с 22 февраля по 22 августа 1920 г. Григорий Афанасьевич был еще и командующим Сибирской группой войск в Забайкалье. В Чите из-за сократившейся численности 2-я армия была сведена во 2-й отдельный стрелковый корпус Дальневосточной армии{518}. В апреле 1920 г. Григорий Афанасьевич был награжден орденом «За Великий сибирский поход» I степени.
С 30 марта по 4 июля 1920 г. генерал-лейтенант Г.А. Вержбицкий вел борьбу с красными в Нерчинско-Сретенском районе. 22 августа 1920 г. Г.А. Вержбицкий был назначен временным командующим Дальневосточной армией. 22 октября 1920 г. из Читы с армией отступил в Маньчжурию. В Маньчжурии, несмотря на давление китайских властей, сохранял воинскую структуру армии. В начале 1921 г. но договору с представителями Приморского областного управления воинские части разместились в Гродекове, Никольскс-Уссурийском, Раздольном и Владивостоке. В январе 1921 г. во Владивостоке состоялись выборы в Учредительное собрание Дальневосточной республики. Среди избранных депутатов был и Г.А. Вержбицкий. 26 мая 1921 г. во Владивостоке произошел государственный переворот, в ходе которого к власти пришло несоциалистическое Временное Приамурское правительство С.Н. Меркулова.
31 мая 1921 года Григорий Афанасьевич был назначен на должность командующего войсками правительства. 12 октября 1921 г. Г.А. Вержбицкий был назначен управляющим военно-морским ведомством с правами военного министра Временного Приамурского правительства. Весной 1922 г. в Приморье произошел государственный политический кризис, названный «недоворотом». В результате этого было решено передать власть генералу М.К. Дитерихсу. 1 июня 1922 г. командование Дальневосточной армией генерал-лейтенант Г.А. Вержбицкий передал генералу генерал-лейтенанту М.К. Дитерихсу. 8 августа 1922 г. Григорий Афанасьевич был назначен помощником воеводы Земской рати генерал-лейтенанта М.К. Дитерихса. После поражения Земской рати под Спасском Г.А. Вержбицкий эмигрировал в Китай. В первые годы эмиграции Г.А. Вержбицкий проживал в Харбине. В этом городе он зарабатывал на жизнь, будучи владельцем дамской шляпной мастерской.
С 1928 г. Г.А. Вержбицкий — председатель Русской национальной общины{519}. В 1930 г. начальник Дальневосточного отдела РОВС генерал-лейтенант М.К. Дитерихс назначил А.Г. Вержбицкого своим помощником. Г.А. Вержбицкий во многом пытался объединить эмиграцию под единоначалием РОВС. На призывы Вержбицкого об объединении откликнулись многие полковые и кадетские объединения. Был созданы Военно-Учебный отряд, Военно-Училищные курсы РОВС{520}.
В 1931 г. Г.А. Вержбицкий также стал председателем старшин Русского национального клуба. В 1931—1932 гг. японскими войсками была оккупировала Маньчжурия и создано на этой территории новое прояпонское государство Маньчжоу-Го. Японские военные предложили русским эмигрантам сотрудничество. Сторонники атамана Г.М. Семенова и многие другие эмигранты согласились, а Г. А. Вержбицкий — нет. Григорий Афанасьевич под давлением японских военных вынужден был покинуть Харбин в 1934 г. и переехать в Тяньцзинь, где проживал на территории английской концессии и работал учителем и газетным работником. Там он возглавил местное отделение РОВС. Но и в Тяньцзине он подвергался давлению со стороны прояпонских сил. После смерти М.К. Дитерихса фактически единственным руководителем РОВС на Дальнем Востоке оказался Г.Л. Вержбицкий; в результате этого отделение фактически прекратило работу. Скончался Григорий Афанасьевич Вержбицкий 20 декабря 1942 г.