Наряду с вовлеченностью университетов в правовое пространство империи, не менее тесно они были связаны и с церковью, являясь оплотом схоластического богословия. Эта связь выражалась в получении университетами с XIII в. привилегий, аналогичных императорским, от папы римского. К юристам и теологам присоединились затем столь необходимые в Средневековье врачи, и, таким образом, сложились три высших факультета: юридический, богословский и медицинский, существовавшие в европейских университетах неизменными вплоть до Нового времени (хотя конкретные детали возникновения именно такой структуры факультетов не вполне ясны). Четвертый факультет — философский — стоял ниже рангом и занимался образованием, приготовлявшим к изучению высших наук. В дальнейшем, в немецком университетском пространстве наличие всех четырех факультетов было главным признаком «полноты университета», а первые изменения в факультетской структуре, в частности, выделение отдельного естественнонаучного факультета, стали возможными только к середине XIX в.
В 1348 г. император Карл IV даровал привилегию на открытие университета в Праге. Это было первое основание университета на территориях Священной Римской империи, лежащих севернее Альп, и именно от него ведет свое начало немецкая университетская история. К этому моменту, т. е. к середине XIV века, в Европе уже действовало свыше тридцати университетов (15 в Италии, 8 во Франции, 6 в Испании и 2 в Англии), так что по отношению к ним развитие университетской Германии долгое время можно считать запаздывающим. Темпы его первоначального развития были довольно медленными. За Прагой в XIV — начале XV вв. последовали Вена (1365), Гейдельберг (1386), Кёльн (1388), Эрфурт (1392) и Лейпциг (1409). Каждый университет из этого ряда образовывался, как было обычно для Средневековья, в результате миграций профессоров и студентов из уже существующих университетов (главным образом, из Праги и Парижа). Настоящая «волна» оснований университетов охватила немецкие земли с середины XV до первой четверти XVI в.: в это время на территории Священной Римской империи к северу от Альп было открыто девять университетов, в том числе Виттенбергский (1502), «колыбель Реформации», где профессорские кафедры заняли Мартин Лютер и Филипп Меланхтон.
Последовавшее затем вступление Германии в эпоху Реформации послужило побудительной причиной возникновения нового поколения университетов. Первым из них стал университет в Марбурге (1527). Особенностью его основания явилось не только то, что его открыли немецкие протестанты: главное, что создавало новизну ситуации, было открытие университета без папской и императорской привилегии (последняя, впрочем, все же последовала, но спустя лишь четырнадцать лет,). Ландграф Гессена Филипп Великодушный, будучи одним из первых князей — сторонников Лютера, санкционировал учреждение высшей школы в своем государстве самостоятельно, не нуждаясь, по его мнению, больше в подтверждении прав университета у светского и церковного престола (которые, естественно, в ситуации того времени не могли одобрить учреждение, распространявшее «новую веру»). Таким образом, начиная с Марбурга, мы встречаемся в немецких землях с университетами, напрямую обязанными своим возникновением и существованием местным государям, которые сами гарантировали их привилегии в прежнем объеме «академических свобод», что и раньше, а также частично осуществляли их финансирование и использовали университеты в политической жизни своего государства. Эта особенность, которой среди всей Европы обладали именно немецкие университеты, была первым шагом к их дальнейшему превращению в государственные учреждения, произошедшему в XIX веке.