Неизвестно, как эта горячая мольба узника была принята королем, думая, что бумага не дошла до него, преподобный из темницы пишет второе прошение, в котором обращается к королю с трогательным воззванием: «Смилуйся, наияснейший король польский, господин мой благосклонный, над гонимою Восточною Церковью, которая находится в твоем королевстве». Это прошение, оправленное в зеленый атлас, во время проезда короля по Варшаве было брошено кем–то в его карету и прочитано Владиславом IV, но распоряжения по нему не было сделано. Еще одна бумага, назначавшаяся корою, не была им принята. «Не нужно, не нужно больше ничего, — сказал он, — я уже приказал выпустить его».
Действительно, 19 октября 1645 г. по приказу Владислава было написано Киевскому митрополиту, чтобы он прислал взять к себе Афанасия, который «заслужил наказание, но его королевская милость оставляет без внимания»; вместе с тем от митрополита требовалось послать беспокойного для польской власти игумена в такое место, где бы он не мог уже «чинить никаких тревог». Тем временем с преподобного сняли оковы и ослабили надзор, так что он мог свободно получать письма от близких ему людей. Одно из присланных в тюрьму писем, утешая узника, называет его исповедником. Преподобный сравнивается здесь со святым апостолом Павлом, и говорится далее, что «среди запустения он процвел как благоуханный цвет, сияющий не только российскому народу, но всему соборному вселенскому благочестию». Хотя св. Афанасий мог легко бежать из тюрьмы, но он не соблазнялся свободой и требовал суда над собой или, по крайней мере, приема у короля. Он рассылал письма и прошения к лицам, влиятельным при дворе, чтобы они испросили ему у короля прием, и король было согласился выслушать игумена, но католическое духовенство отговорило Владислава, и 3 ноября 1645 г. преподобный был отправлен с двумя драгунами в Киев. Явившись к митрополиту Петру Могиле, св. Афанасий представил ему подробный отчет о своих деяниях в Варшаве с приложением в копиях документов, которые им были даны королю. Вероятно, преподобный надеялся, что митрополит и на этот раз оправдает его, как оправдал раньше, и отошлет опять на игуменство в Брест, но королевское повеление возымело свою силу: подвижник был оставлен в Печерском монастыре как бы под началом. Заключение преподобного в Киеве сильно волновало многочисленных его почитателей и один из них, по имени Михаил, писал по этому поводу наместнику и братии Брестского монастыря в следующих выражениях: «Извещает ваше благочестие меня, что пречестный отец Афанасий разрешен от узилища иноверных и послан в Киев на заключение к единоверным. Это дивно для меня, ибо и Христос, Господь наш, пострадал не от неверных, но от верных своих предан был в руки человек грешных. Пророчествует господин отец Афанасий, что уния погибнет. Я бы веровал этому, если бы видел наши заслуги, но я не вижу их и не смею веровать в конец (унии). А почему? Спросите. Потому что наша Русь этого не хочет, особенно же старейшины. Кто не желает ратовать против унии, тот стремится к ней; поэтому наши старейшины хотят унии, если не словом, то делом, что еще хуже». Вероятно под влиянием этого ясно обнаружившегося расположения православных к святому и последовавшей 1 января 1647 г. смерти Петра Могилы преподобный получил свободу и вновь вступил на свое игуменство.
Но недолго святой Афанасий наслаждался покоем в тихой обители Брестской. Весною 1648 г. в Малороссии вспыхнуло казацкое восстание под предводительством Богдана Хмельницкого, началась несчастная для поляков война. Православное население Литвы и Польши во время войны страдало еще больше, было на постоянном подозрении в измене польскому королю, в соучастии с восставшими казаками. И святой Афанасий принял тогда мученическую кончину, несправедливо обвиненный в измене.
О суде над преподобным и его казни обстоятельно рассказывает особая повесть, составленная под сильным впечатлением скорбных событий послушниками Брестской обители св. Симеона, почитателями св. Афанасия. «Что мы видели своими глазами, что могли узнать от других людей о муках и отшествии из мира сего покойного отца Афанасия, нашего игумена, о том пишем и свидетельствуем. Кто–то недобрый в то время поднял войну с казаками: и встали великое преследование и неосновательное подозрение от иноверных на бедную Русь во всей короне Польской и великом княжестве Литовском. Покойный отец игумен уже не говорил ничего, противного униатам, сидел себе тихо в монастыре в то тревожное время. Вдруг паны из каптуровых судов воеводства Брестского по навету пана Шумского, в то время капитана королевской гвардии, прислали несколько человек шляхты в наш монастырь, чтобы взять игумена в замок. А был тогда день субботний, именно 1 июля, и покойный сам служил литургию в храме Рождества Пречистой Девы Богородицы в другом своем монастыре.