Строго соблюдая устав своего учителя, данный Трехсвятительской обители, прп. Серапион никогда не пропускал Божественной службы; ранее всех из братии приходил в храм и последним оставлял его. Особенно любил он молитву церковную и предпочитал ее келейной. Преподобный говорил обыкновенно: «Двенадцать псалмов, пропетых в келлии, не могут равняться единожды пропетой в храме краткой молитве: "Господи, помилуй!"».
Отрекшись от всех благ земных, изнуряя воздержанием плоть свою, преподобный Серапион не только никогда не принимал сладкой или вкусной пищи, но и скудную пищу употреблял лишь в той мере, сколько требовалось ее для поддержания жизни. Одеждой подвижника было ветхое, разодранное рубище, едва прикрывавшее его наготу. И до тех пор носил он это рубище, пока оно, совершенно истлевши, не спадало с его плеч. Чтобы не видеть своего тела, святой никогда не обнажал его и не только не ходил в баню, но даже и не умывал водою лица и рук. В свою келлию преподобный никогда не допускал женщин, и если случалось где–нибудь встречаться с ними, он не смотрел на них, не разговаривал, старался скорее уйти, чтобы и мыслью не согрешить пред Богом. Так поступал он, в строгости исполняя предписания устава прп. Евфросина.
От непрерывных подвигов и воздержания преподобный однажды тяжело заболел и целых 12 дней находился между жизнью и смертью. Но от тяжелых страданий чудесно его избавил явившийся ему прп. Онуфрий (память 12/25 июня), во имя которого был устроен придел в монастырском храме. «Я пришел к тебе, чадо, на помощь, чтобы ты еще более утвердился в подвигах и делах Божиих», — сказал явившийся чудотворец исцеленному.
После чудесного избавления от болезни прп. Серапион еще с большим рвением стал подвизаться в молитве, воздержании и борьбе с греховной плотью.
Ради великих подвигов своих преподобный еще при жизни удостоился от Господа дара прозрения и чудотворений. Однажды, незадолго до своей кончины, в 1479 г., во время церковной службы св. Серапион с громким плачем и рыданиями молился перед чудотворным образом Божией Матери. Удивленные братия по окончании службы спросили преподобного: «Отче, о чем ты так горько плакал пред иконой Пречистой Богоматери?» Он отвечал: «О душе моей, не уготованной к исходу от тела, и о том еще, что в годину моей кончины сильный враг из Ливонии (немцы) с многочисленной ратью подступит к Пскову». И потом в утешение братии прибавил: «Молитесь и уповайте на милость Божию! Господь святых ради молитв Пречистой Своей Матери и Псковских чудотворцев умилосердится над градом благоверной княгини Ольги и сохранит его, а святая обитель эта неприкосновенна будет».
Пророчество преподобного сбылось. Со стотысячной ратью, как раз в год кончины преподобного, к Пскову подступили немцы и хотели взять его. Но псковичи, воодушевленные чудесным явлением святого князя Довмонта († 1299; память 20 мая/2 июня), разбили их, и город остался цел.
Несколько ранее, в 1476 г., один латыш–крестьянин, по имени Отто, или Антоний, у которого сильно и долго болели от гнойной раны ноги, был привезен родственниками в Спасо–Елеазаровскую обитель. Увидев прп. Серапиона, выходящего из церкви, больной попросил у него исцеления. Но святой молча прошел в свою келлию. Веруя в силу преподобного, Антоний взял снег от его следов, стал примачивать им свои раны и тотчас же почувствовал облегчение от болезни. Когда Антоний явился благодарить святого за чудесное исцеление от раны, подвижник смиренно сказал ему: «Чадо, Бог исцелил тебя за святые молитвы Пречистой Своей Матери, а не я грешный».
8 сентября 1480 г. после непродолжительной болезни прп. Серапион скончался на 90–м году своей жизни и был погребен своим учителем прп. Евфросином. От подвигов воздержания и тяжких трудов тело преподобного представляло из себя одни кости и кожу. Ветхое рубище и власяницу подвижника после смерти его никто не хотел взять себе. Не только братия, но даже и нищие не дотронулись до этих одежд, когда они были оставлены за монастырской оградой.
И после кончины своей, как и при жизни, прп. Серапион по воле Божией совершил много чудес, являясь скорым помощником и врачом недугов телесных и душевных для притекающих к нему с верою больных и скорбящих.
Один псковский мальчик Павел совершенно ослеп. Однажды его родители в день памяти прп. Серапиона привели мальчика в монастырскую церковь. За службой больной задремал и увидел, что какой–то благообразный старец, — это был прп. Серапион, — коснулся его очей своей рукой. Павел тотчас получил исцеление и, проснувшись от этого прикосновения, стал видеть.