Затем чудотворец напомнил свои слова, сказанные в прежние явления, предсказал умножение братии в обители и стал невидим. Преподобный Диодор прославил Бога и угодника Его, преподобного Александра, и умолил братию идти на озеро и ловить рыбу. Братия пошли на ловлю и поймали множество рыб. Потом продали их за 60 рублей и купили хлеба и всего потребного.
В другой раз во время голода сподвижник преподобного Прохор услышал глас от образа Пресвятой Богородицы, перед которым молился: «Не скорбите, но имейте любовь между собою и трудитесь. Бог не оставит вас, но пропитает на месте сем. Идите на озеро и ловите рыбу».
И снова братия наловили множество рыбы.
Случилось и еще раз голодать Юрьегорской братии. Иноки роптали на преподобного, а он, кроткий душой, утешал братию, призывал надеяться только на Бога, Который не заставить терпеть выше сил и будет милостив. Братия успокоились и, вышедши после за монастырь по делу, они увидели лежащей черную лисицу, взяли ее и, продав за восемь рублей, купили пищи.
До этого времени у монастыря не было своей пахотной земли и своего хлеба, потому часто и приходилось братии голодать. Теперь, когда монастырь увеличился, братия умножились, преподобный и сподвижники решили завести свои пашни. Они рубили лес и распахивали землю.
Но преподобному готовились новые тяжкие испытания. В то время прислан был патриархом Всероссийским Филаретом (1619–1633) в Юрьегорский монастырь опальный старец Феодосий. Пожив недолго в обители, он замыслил зло на преподобного Диодора — решил убить его. Улучив время, злодей зазвал подвижника в лес и там исполнил свой замысел: повалил старца на землю, бил его без милости и давил за горло. Потом потащил бесчувственного подвижника под лежачее дерево и накрыл им, думая, что он умер. Но благодать Божия помогла преподобному: он пришел в себя и с великим трудом добрел до своей келлии. Увидел его Феодосий и обмер от страха, потом пришел в келлию подвижника, пал ему в ноги и со слезами просил у него прощения, умоляя не сказывать о происшедшем. Кроткий подвижник простил преступника, не разгневался даже на него и только заметил: «Бог да простит тебе, чадо, ибо не твое это дело, но бесовское».
Он обещал Феодосию от всех скрыть его преступление и стал любить его более прежнего. Но злодея нисколько не тронуло незлобие святого и ничуть не исправило.
Прошло немного времени, и Феодосий начал возмущать против преподобного Диодора новоначальных иноков, уговаривал их уйти из монастыря. Один раз братия рубили лес. Был с ними и Феодосий. Он вырезал топором на дереве подобие лица преподобного Диодора, подписал его имя и начал бить изображение плетью. Все смеялись на это. Феодосий продолжал возмущать новоначальную братию и прельстил 17 человек бежать из монастыря. Сговорившись, они ограбили монастырскую казну, взяли из имущества обители столько, сколько могли унести с собою, и, оскорбив преподобного, ушли. Но святой старец не огорчился лишением монастырских достатков, он даже радовался уходу недостойных братий, которые соблазняли своим неповиновением других. Уповая на одного Бога, он благодарил Его за все скорби. Много обид принял преподобный Диодор и от других неразумных людей и всегда терпел безропотно, молясь за своих оскорбителей, направляя их ко спасение и приводя в любовь тайными обличениями и уговорами. Часто он уединялся от братии и безмолвствовал, молясь Господу день и ночь.
Но приближалась уже блаженная кончина угодника Божия. По монастырским делам нужно было преподобному ехать в город Каргополь. Перед отъездом позвал он к себе священноинока Иоасафа и старца Прохора, первого сожителя своего, и поручил им управление обителью, убеждая с радением и без послаблений держать монастырь. Прохору он открыл о своей скорой смерти. «Уже не увидимся мы с тобою, — говорил преподобный своему пустынному сподвижнику. — Если Богу угодно, встретимся в будущем мире».
Приехав в Каргополь, преподобный Диодор скоро заболел и после непродолжительной болезни, напутствуемый приобщением Святых Таин, с миром преставился в 27–й день ноября 1633 года. Тело его было погребено при приходской церкви того священника, который его напутствовал перед смертью. Но недолго трудолюбному телу подвижника пришлось лежать вдали от его обители. Через два месяца после кончины преподобного пришел в Каргополь Прохор и взял его нетленное тело. Привезя мощи угодника Божия в Юрьегорский монастырь, Прохор похоронил его близ церкви Живоначальной Троицы на южной стороне.
Преподобный Диодор оставил своей обители письменное завещание через того каргопольского священника, который напутствовал святого в загробную жизнь. Подвижник заповедает братии и заклинает ее: «Чтобы и не слышно было о хмельном питии в монастыре у братии, но трезво веселитесь в духовном житии. Если же кто, одержимый бесстрашием и презрев сию мою заповедь и писание, начнет носить в монастырь вино и продаваться пьянству, тот будет судиться со мною перед грозным и нелицеприятным Судиею, Господом нашим Иисусом Христом».