Не только сам Иоанн испытал над собой помощь свыше по молитвам святого, но даже и дочь его, девица 15 лет, удостоилась получить по молитвам нового целителя избавление от своего недуга. Ее лицо стало покрываться неисцелимым струпом. Тогда отец ее, над самим собой недавно испытавший чудесное исцеление при гробе праведного, с твердой верой обратился к сему угоднику. Взяв свое семейство, он отправился в Меркушино и там попросил священника совершить панихиду над гробом праведника. Так как тогда еще не было известно имени сего угодника Божия, то его поминали «именем, егоже Господь весть». После сего болящая обтерла землей с гроба святого свое лицо и получила, по молитвам его, полное исцеление.
В том же 1694 г. совершилось новое чудо. Верхотурский воевода Иоанн Циклер сам рассказал о сем преосвященному митрополиту Тобольскому Игнатию, который прибыл в Верхотурье для освящения вновь построенного храм во имя Пресвятой Троицы.
Один из его слуг, по имени Петр, объезжал коня. Вдруг конь взбесился, сбросил с себя Петра, раздробил ему на одной ноге кость. Петр даже не мог сам приподняться с земли, нога его сильно распухла. Страдая, он дал обет сходить в село Меркушино, отслужить молебен святому Михаилу Архангелу и отпеть панихиду над гробом нового чудотворца. Но вследствие сильной боли он не мог отправиться туда пешком. «Посему он обратился ко мне с просьбой, чтобы я позволил ему ехать в Меркушино и дал лошадей, что я и приказал тотчас же исполнить», — рассказывал Циклер митрополиту.
В Меркушине, по просьбе Петра, сначала отслужили молебен Архистратигу Михаилу, затем панихиду над гробом праведника. Петр взял земли с гроба святого и стал ею растирать ушибленное место. В это время и совершилось чудо по неизреченной милости Божией. Тотчас болезнь Петра прекратилась, опухоль опала, и он стал ходить, как будто никогда и не хворал. Все видевшие это чудо прославили Господа, Его великого Архистратига Михаила и вновь просиявшего праведника.
Вскоре было совершено первое освидетельствование святых мощей праведного. Вышеназванный митрополит Тобольский Игнатий, объезжая епархию, направлялся из Пелыми в город Верхотурье, где он намеревался освятить соборный храм. Прибыв в деревню Караульное на расстоянии семь верст от Меркушина, он остановился здесь на некоторое время. Здесь к нему приступил игумен Далматовской обители Исаак и сказал: «Недалеко отсюда стоит село Меркушино с храмом во имя святого Архистратига Михаила; при сей церкви находится выходящий из земли гроб. Не благоизволишь ли, владыка, сам осмотреть сей гроб? Уже немало чудес и знамений совершилось у него».
Но митрополит сам не хотел свидетельствовать гроб, а послал для того в Меркушино Исаака, игумена Далматовского, и вместе с ним ключаря Тобольского собора иерея Иоанна, другого иерея Иоасафа, диакона Петра и иеродиакона Далматовского монастыря Василида. Посланные быстро достигли села Меркушина и приступили к освидетельствованию гробницы с останками праведника. Их взорам представилось все тело праведника: глава, перси, ребра, стан и ноги — все оставалось в целости, кожа словно приросла к костям, только немногое обратилось в персть. Сие первое освидетельствование последовало 18 декабря 1694 г.
Тем времени и митрополит, выслушав утреннее славословие в Караульном, направился с остальными своими спутниками в село Меркушино, ибо путь в город Верхотурье лежал через это селение. Прибыв в Меркушино, митрополит посетил церковь во имя Архистратига Михаила. Потом он спросил игумена Исаака: открывали ли они гробницу и что в ней обрели? Сам митрополит был в нерешимости и недоумении, когда услышал ответ игумена. Но милосердый Господь вскоре положил предел его колебаниям. В тот же самый день митрополит почувствовал боль в левом глазу. Преосвященный сначала подумал, что болезнь его произошла от зимней стужи и ветра. Но вдруг, словно молния, блеснула у него мысль, что болезнь постигла его за то, что он не хотел сам освидетельствовать мощей праведника. Тогда он стал молиться и взывал: «Помилуй мя, Господи, и исцели мое око. И ты, святый праведник, не гневайся на меня. Я обещаю, что после Божественной литургии, если тебе будет угодно, я сам приду к святым мощам твоим и сам воззрю на них». Тотчас же боль утихла, и он опять стал хорошо видеть своими глазами. Согласно со своим обещанием преосвященный после литургии вместе с игуменами, священниками и диаконами отправился к явленному гробу. Раскрыв гроб с подобающим благоговением, он нашел то же, что ему сообщил игумен Исаак: он увидел, что все тело праведника совершенно цело, только не сохранилось перстов на руках. Кости были плотно покрыты плотью, так что исполнилось слово Писания: Прильпе кость моя плоти моей (Пс. 101, 6), погребальные же пелены обратились в прах. Тогда исполненный благоговения митрополит провозгласил: «Свидетельствую и я, что воистину это мощи праведного и добродетельного человека; во всем подобны они мощам древних святых. Сей праведник подобен Алексию, митрополиту Московскому, или же Сергию Радонежскому, ибо он сподобился от Бога нетления, подобно сим светильникам веры православной!»