По окончании обряда иноческого пострижения вынесли князя к игумену на двор и он пробыл здесь весь день. Князь исповедал грехи свои перед всеми, против кого согрешил, кого обидел; примирился с теми, с кем был в вражде, прося прощение у Бога и людей и сам прощая всех. Наконец, позвав княгиню и детей своих, святых Давида и Константина, св. Феодор простился с ними, умоляя их не забывать и исполнять его наставления. «Дети мои, — говорил он сыновьям, — если кто соблюдет слово мое, благословение мое пребудет на нем; если же кто из вас не соблюдет моего слова, не послушает наставления, тот будет лишен моего благословения».
Около 10 часов вечера, уже совсем изнемогая, князь попросил игумена облечь себя в великую схиму и сказал, чтобы кроме игумена и немногих из братий, все вышли. Во время пения заутрени святой князь оградил себя крестным знамением и тихо предал дух свой Богу. Кончина св. Феодора последовала 19 сентября 1299 г. Тело благоверного князя, горько оплакиваемое всем народом, было погребено в Спасском монастыре. Сыновья его Давид и Константин наследовали благочестие отца. Старший из них, св. Давид, княжил в Ярославле 22 года и скончался в 1321 г., оставив после себя двух сыновей — Василия и Михаила. Младший же, св. Константин, по прозванию Улемец, умер бездетным.
Богу угодны были добродетели и благочестивая жизнь благоверного князя Феодора и детей его Давида и Константина. И Господь вскоре прославил праведников в лике святых открытием их святых мощей и многими чудесами, совершавшимися по молитвам их у их гроба.
Открытие цельбоносных мощей св. Феодора и чад его произошло неизвестно когда, но до 1463 г. Мощи святых князей покоились поверх земли в Спасо–Преображенском монастыре под церковью Входа Господня в Иерусалим. В 1463 г. игумен Христофор с братией, по совещанию с соборными ярославскими священниками, решили положить мощи тут же в землю, в самой церкви. Когда известили об этом князя ярославского Александра Феодоровича, он не только согласился на это, но даже хотел устроить над могилой каменную гробницу, покрыть ее дорогим покровом и поставить большие свечи. В присутствии самого князя, при большом стечении народа 5 марта 1463 г. духовенство открыло мощи святых князей. Во время пения панихиды молитвами святых получили исцеление священник и его сын. Все видевшие это чудо вознесли благодарственную молитву и славословие Богу, дивному во святых Своих, и тотчас же начали петь молебен. От окропления водою, освященною при святых мощах, прозрели две слепые женщины. Тогда зазвонили во все колокола; сошлось множество народа. Все плакали от радости и целовали святые мощи. После этого их решили не опускать в землю, а положить открыто в Спасо–Преображенской церкви.
Донесли о новоявленных чудотворцах епископу Ростовскому Трифону, так как город Ярославль принадлежал тогда к Ростовской епархии. Но епископ, не веря чудесам святых князей, не обратил никакого внимания на это донесение. Между тем многочисленные чудеса у раки святых князей продолжались: в апреле 1463 г. исцелились слепой и бесноватый; прозрела слепая на один глаз девица, освободились от мучения немилостивых бесов муж и жена; в мае исцелились совершенно слепая и больной отрок, который так окреп телом, как будто никогда и не болел; в июне молитвами святых прозрели три слепые женщины и исцелилась одна бесноватая, которая в припадке болезни грызла плоть свою. Слава о новых чудотворцах распространилась далеко за пределы Ярославля, и много людей из других городов приходили на поклонение святым мощам угодников Божиих, привозили своих больных, которые и получали исцеление.
Слышал о чудесах, проистекающих от новоявленных Ярославских чудотворцев, и епископ Трифон, но все еще сомневался. Чтобы удостовериться в нетлении мощей и испытать истинность чудес, он послал в Ярославль в 1467 г. ростовского соборного протоиерея Константина. Протоиерей Константин — человек грамотный, голосистый и речистый, представительный наружностью и заслуженный, был в то время очень горд и тщеславен и так же, как епископ Трифон, не верил в чудеса, совершавшиеся при мощах благоверных князей. Прибыв в Ярославль, протоиерей Константин сильно рассердился на игумена за то, что тот не встретил его, как архиерейского посла, с подобающей честью. «Разве ты не знаешь, — выговаривал Константин, — что воздающий честь мне, послу владычному, самому владыке честь воздаст? Я скажу об этом своему господину епископу».
Игумен приглашал Константина в свою келлию, но тот не пошел, а сейчас же хотел произвести освидетельствование мощей. Он заявил: «Я послан осмотреть ваших чудотворцев: в теле они лежат или это неправда. Правда ли то, что они творят исцеления, или это только обман людей».