По отъезде из Кривцов послушник Онисим доставил много беспокойства св. Афанасию и даже порывался бежать от него, говоря: «Вернемся в Литву, ибо здесь погибнем. Для чего мы терпим такую беду и добровольно отдаем себя еще большим опасностям? Настойчиво стремишься ты быть в столице Московской, не будешь, не будешь!» Преподобный, обратившись про себя с молитвой к Господу и Пречистой Богородице, тихо сказал своему спутнику: «Милый брат, побойся Бога! Ты ведь сам слышал и видел немало Божиих чудес над нами; зачем же не рассудительно поступаешь?» И обстоятельнее раскрыв перед ним Божественное попечение о них обоих, наконец сказал: «Нам спутешествуют Пресвятая Богородица по обещанию Своему и Ангел Хранитель наш, которого я ясно видел в лице Неемии, диакона купятицкого».
Выслушав это, Онисим попросил у святого прощения и с того времени спутники ехали в полном согласии.
Когда спутники прибыли в Карачевский Воскресенский монастырь, его игумен принял их с любовью и посоветовал взять пропуск к царю от местного воеводы. Выслушав рассказ путников, воевода произнес: «Дивны судьбы Божии! Я об них выведывать не хочу, а каждому деянию Божию простым сердцем верую». И дал им лист и проводника до самой столицы. «Чудесным образом, — говорит преподобный, — доехавши до Московской столицы, будучи за рекою Москвою, на Ордынской улице, в гостинице, и по всей правде написавши историю того, что происходило по дороге по указанию Божию (как тому верую по простоте сердца), подал ее царю московскому на укрепление, охрану и распространение православной веры». Вероятно, история чудесного странствования св. Афанасия, поданная Михаилу Феодоровичу, пришлась вполне по душе благочестивому царю, и ее составитель, св. Афанасий, был отпущен домой с богатой милостыней на сооружение церкви во имя Пресвятой Богородицы Купятицкой. Из Москвы преподобный и его спутник выехали в Неделю Вербную (1638 г.) через Можайск и Вязьму до Дорогобужа, а отсюда Днепром на челноке через Смоленск и Оршу до Могилева, из Могилева 16 июня «возом» через Минск на Вильну и прибыли в Купятицы 16 июля 1638 г.
Скоро после того, в 1640 г., монашествующие Брестского Симеонова монастыря просили настоятеля Купятицкого прислать им на игуменство одного из двух лиц: Афанасия Филипповича или Макария Токаревского. Иларион Денисович, не желая пускать от себя ни одного из дорогих трудников, отправил третье лицо, но брестские иноки не приняли его. Тогда решено было кинуть жребий, кому ехать в Брест, Макарию или Афанасию, и по воле Божией жребий пал на св. Афанасия. Расставаясь с ним, Иларион Денисович написал брестским инокам, что «с великой скорбью» отпускает к ним «половину себя самого» и при этом прибавил: «Спостраждите во всем ему, да со Христом воцаритеся».
По прибытии в Брест на игуменство преподобный прежде всего занялся разысканием старинных грамот, епископских и королевских, которыми утверждались разные права и преимущества за вверенным монастырем. Усмотрев из сих грамот, что «уния со старым Римом, принятая вопреки законам Церкви Восточной, проклята навеки, я, — говорит Афанасий, — открыто в церкви и в разных местах объявлял об этом». Открытое заявление произвело столь сильное действие, что, по словам преподобного, «в месте том Берестейском и во всем округе того воеводства униаты начали испытывать величайшую тревогу». В следующем (1641) году, в сентябре, св. Афанасий отправился на сейм, т. е. на собрание государственных чиновников, в Варшаву и выхлопотал у короля Владислава IV (1632–1648) за его собственноручной подписью грамоту (привилегий), которой подтверждались все старые преимущества православного братства в Бресте и обеспечивалось на вечное время полная свобода богослужения и обрядов по уставу Восточной Церкви. Но по законам царства Польского королевский привилегий не мог иметь силы без утверждения его печатью коронного канцлера или подканцлера. Св. Афанасий молился об этом и даже предлагал деньги, но напрасно.
«Будете все униатами, — говорили хранители печатей просителю, — так мы и даром запечатаем; знайте, что нам от святого отца, папы римского, под клятвой запрещено умножать здесь греческую веру».