Блестящими по своей простоте и убедительности экспериментами И. И. Мечникову удалось подтвердить свое предположение. Искусственно введенные в тело личинки инородные тела уничтожались собиравшимися вокруг них клетками — амебоцитами. Основываясь на способности подвижных клеток поглощать (пожирать) инородные частички, И. И. Мечников назвал их фагоцитами. Термин этот стал столь же популярным и общепринятым, как слова «клетка», «ткань» и др.
Эти эксперименты оказались поворотным пунктом в творчестве И. И. Мечникова. Вот что он сам писал об этом: «В Мессине совершился перелом в моей научной жизни. До этого зоолог — я сразу сделался патологом. Я попал на новую дорогу, которая сделалась главным содержанием моей последующей деятельности».
В целой серии работ последующего периода И. И. Мечников показал, что явления, вполне аналогичные тем, которые он наблюдал в своих экспериментах над личинками морских звезд, имеются у всех типов животных. У высших животных, например у всех позвоночных, основными защитными клетками, с помощью которых организм изолирует и обезвреживает внедряющиеся в него посторонние тела, являются белые клетки крови — лейкоциты.
Тезисы своего учения о защитных факторах организма И. И. Мечников изложил в докладе «О целебных силах организма» на съезде естествоиспытателей и врачей в Одессе в 1888 году.
Начиная с 1883 года И. И. Мечников почти все свое внимание посвятил изучению воспалительных процессов, инфекционных заболеваний и их возбудителей — патогенных микробов. И. И. Мечников подготовил новую отрасль биологии и медицины — сравнительную патологию.
Используя свое двукратное пребывание за границей у моря, он в 1884 и 1885 годах продолжил исследование развития иглокожих и медуз.
В 1886 году И. И. Мечников стал руководителем первой в России Одесской бактериологической станции.
В 1887 году он уехал за границу, чтобы выбрать наиболее подходящее место для работы. Во время этой поездки он участвовал в Венском международном конгрессе гигиенистов, на который собрались виднейшие бактериологи того времени. Воспользовавшись приглашением французского ученого Л. Пастера, давшего согласие на организацию самостоятельной лаборатории для И. И. Мечникова, он переселился осенью 1888 года в Париж, где и работал до самой смерти.
Двадцативосьмилетний парижский период жизни И. И. Мечникова — период зрелости, общего признания и мировой славы.
В круг его исследований входят самые разнообразные инфекционные заболевания — тиф, холера, чума, туберкулез, столбняк и другие — и их возбудители. Лаборатория И. И. Мечникова в Париже быстро стала центром медицинской мысли, к которому стремились со всех концов мира врачи и ученые. Вокруг И. И. Мечникова собрались талантливые сотрудники и ученики, из которых выросли крупнейшие бактериологи и иммунологи. Через лабораторию И. И. Мечникова прошло также немало русских врачей.
В 1891 году И. И. Мечников был избран почетным доктором Кембриджского университета и участвовал в Лондонском международном конгрессе, где он выступил с результатами своих исследований.
В том же году в Пастеровском институте И. И. Мечников провел свой замечательный цикл лекций о воспалении, опубликованный в следующем, 1892 году в виде отдельной книги под названием «Лекции по сравнительной патологии воспаления». Появление этой книги на русском и французском языках было одним из замечательных событий в истории биологии и медицины.
И. И. Мечников верил, что медицина позволит так перестроить человеческую жизнь, что смерть будет наступать лишь тогда, когда «инстинкт жизни» естественно и незаметно будет переходить в «инстинкт смерти».
В своих «Лекциях» И. И. Мечников с исключительной полнотой и блеском показал, какими путями от примитивных животных до наиболее сложно организованных организмов происходило эволюционное усложнение воспалительных процессов.
Все эти работы И. И. Мечникова как биолога и патолога внесли огромные изменения в общее понимание болезненных явлений и глубоко затронули самые основы медицинских знаний.
В 1894 году И. И. Мечников участвовал в Международном конгрессе бактериологов в Будапеште.
В 1897 году И. И. Мечников выступил на конгрессе в Москве с докладами по чумному вопросу и по итогам своих работ о фагоцитарных реакциях против микробных ядов — токсинов. Эти исследования, посвященные изучению токсинов самых Различных микробов, вызывающих инфекционные заболевали, явились последней, завершающей серией работ, позволившей И. И. Мечникову подвести итог своим многолетним исследованиям иммунитета. Этот итог и был подведен им в докладе на международном конгрессе в Париже в 1900 году и в знаменитом его труде «Невосприимчивость в инфекционных заболеваниях», вышедшем в свет в 1901 году.