На своих землях Годунов запретил станичникам торговлю и свидания с «родимцами». Пограничными постами Москва вклинилась в степь; город Царёв Борисов, построенный в устье Оскола на Донце, торчал там как бельмо на глазу у казаков. Казачьи посольства — зимовые станицы — терпели в Москве обиды и оскорбления.
За всё это станичники возненавидели одного из лучших царей Руси и, хотя предки его успели обрусеть, называли его татарином. И когда на Дон, Днепр и Терек дошли слухи, что в Польше появился законный наследник престола Москвы — сын Грозного Дмитрий Иванович, будто бы спасшийся от наемных убийц, станичники возликовали. Казачьи послы принесли из Варшавы вести, что царевич пользуется почётом при дворе короля, а прибывший туда московский вельможа признал в нем истинного сына царя Ивана Васильевича. Казаки стали по стороне новоявленного царевича Дмитрия. Вместе с поляками они пошли под Москву, где уже умер Борис Годунов, а толпа с боярами прикончила его жену и сына Федора.
Дмитрий без боя занял город, и казаки разошлись по домам. Но Смута продолжалась. Став царём, Дмитрий правил только 11 месяцев. Он обозлил бояр, отстранив их от управления, а народ оттолкнул от себя, не облегчив его тягот. Новый царь вёл себя слишком уж по-европейски, без привычного этикета: не жил по старинному царскому чину, не постился, не молился, не почивал после обеда, ходил запросто по городу, а не ехал торжественно в колымаге, сам лично объезжал лошадей, дружил с понаехавшими в Москву поляками. Не нравился и его брак с польской красавицей Мариной Мнишек, тем более что на свадьбу с ней и её коронование никого из народа не пустили в Кремль. Поляки вели себя как хозяева. Веселые кавалеристы, галантные кавалеры и щеголи, они обижали русскую духовность на каждом шагу.
Это озлобление использовали бояре, и 17 мая 1606 г., через 8 дней после свадьбы, загудели набатные колокола. Сбежавшуюся толпу направили громить поляков, а заговорщики, убив царя и арестовав Марину, на Красной площади прокричали новым царём Василия Ивановича Шуйского.
Но упрощённый способ венчания на царство многих возмутил. Пошли слухи, что боярам не удалось убить царя, он спасся и скоро вернется к власти. А казакам «боярский царь» показался хуже Годунова, пришлось вмешаться в дела Москвы и вступиться за «законного царя» Лжедмитрия.
Смута продолжалась. Шли бои и казни, население содержало бродячие отряды казаков, поляков, татар и русских. Все требовали продуктов, и это походило на сплошной грабёж. Поляки осаждали Смоленск, Путивль, Тулу, Калугу. В Тушино долгое время стояли сторонники Лжедмитрия. С Терека в Тулу станичники привели казака Илейку, выдавая его за сына покойного царя Федора Ивановича, царевича Петра. Но после сдачи Тулы этого «царского племянника» повесили у Данилова монастыря на Серпуховской дороге.
В июне 1610 г. Москву обложили поляки, литовцы и запорожцы гетмана Жолкевского. Лжедмитрий тоже подтянул сюда казаков и татар. Тогда бояре свергли Шуйского, постригли его в монахи и решили принять на московский трон королевича Польши Владислава. Гетман без боя занял Кремль, отогнал от Москвы войско Лжедмитрия и отошел к Смоленску. Но король Сигизмунд III, мечтая объединить Польшу и Русь под своей властью, сына в Москву не отпустил.
Между тем второго самозванца убил на охоте князь-«татарин» Петр Урусов. Казаки, для управления Москвой до избрания желательного для них царя, выбрали свое правительство атамана Ивана Мартыновича Заруцкого и князя Дмитрия Трубецкого. Законным наследником они считали недавно родившегося у царицы Марины сына Ивана. Казаки заблокировали поляков, одновременно не допуская к Москве ополчения Пожарского и Минина, которым пришлось отойти к Ярославлю.
Русским же одинаково надоели и поляки, и казаки. Первые считались у них врагами, а вторые — «ворами». Ползли слухи о чудесах и призывы к покаянию. Одно из таких сказаний повлекло за собой официальный приказ из казачьих таборов — поститься 3 дня. И действительно, по всей стране «пост зачася», да такой усердный, что «многие младенцы помираху».
Московский патриарх не признал казачье правительство. Но Троицкий монастырь не только принимал от него защиту, но и сам помогал казакам словом и делом, рассылая грамоты с призывом помогать станичникам против ляхов и изменников, сидевших в Москве. Патриарх звал: «Сперва на казаков, потом на поляков!» Монахи же звали на поляков вместе с казаками.
После долгих споров станичники «порешили» допустить ополчение русских к Москве. Заруцкий увёл часть казаков под Астрахань, где думал основать независимую общину. С ним ушла царица Марина.