Понятно, что это вызвало всеобщее возмущение, и ночью 9 октября 1707 г. Булавин со своими сторонниками напали на русских, стоявших в Шульгинском городке. Казаки порубали князя Долгорукова и всех бывших с ним «сотоварищей». Но взрыв негодования переполошил донскую элиту. Войсковой атаман Максимов пошел на восставших, разбил их отряд и заставил Булавина уйти в Запорожье. Здесь в течение зимы мятежный атаман, после переговоров с днепровцами, продумал план дальнейшей борьбы. Заручившись поддержкой запорожцев, весной 1708 г. он, с 1500 казаками, появился на Хопре.
Из станицы Пристанской Булавин разослал призывы к «старым лучшим казакам» собраться к нему на круг. Кондратий Афанасьевич напомнил станичникам славе их дедов и отцов, создавших республику казаков Старого Поля. «И со всех рек казаки к нему съезжались, и пошли с ним, с Кондратием Афанасьевичем, и всем походным войском к Черкасскому». Попытки русских войск и артиллерии остановить станичников в степи у Перекопской станицы закончились тем, что казаки, калмыки и татары разбили карателей, а их «казну, 8 тысяч денег, отбили и между себя подуванили». Затем, 28 апреля победители подошли к Черкасску. Булавину не пришлось его брать силой, так как 1 мая гарнизон казачьей столицы перешел на его сторону. Затем собрался «всех рек казаки и все Войско Донское, Войсковой Круг», приговоривший всех неправедных старшин своих за их преступления к смерти. После этого «всеми реками атаманы-молодцы выбрали войском войскового атамана Кондратия Афанасьевича Булавина».
Но к этому времени на Дон уже двигалась 32-тысячная армия князя В. Долгорукова, родного брата покойника Юрия. Став законным атаманом, Булавин послал царю Петру и в Посольский приказ грамоты-отписки. В Них он сообщал о постановлениях круга и просил остановить движение русских войск. «А собрались мы не на войну, — писал Кондратий Афанасьевич, — только для утверждения, чтобы у нас в Войску Донском было по-прежнему, как было при дедах и отцах наших». Далее атаман предупреждал, что если русские начнут разорять городки, то против них пойдут донцы, кубанцы и конники ачуевского паши Хосяна.
Отписки не помогли. Царские полки наступали с севера и запада, от Волги угрожали калмыки хана Аюки, на южных тылах висела крепость Азов с сильным русским гарнизоном. Войско Булавина не превышало 30 000 бойцов, слабо снабженных и разбросанных по границам. Не хватало оружия и боеприпасов. А в глубоком тылу таились люди слабого духа и прямые изменники. Несмотря на это повстанцы подступили к Саратову, заняли Царицын и громили противника на Донце. Однако скоро казаков стали теснить со всех сторон.
К борьбе с Москвой Дон был не готов ни стратегически, ни психологически, так как 200 лет все внимание казаков занимал турецкий юг. Помогая московским царям, этим православным монархам и своим виртуальным покровителям, станичники, способствуя расширению их власти, оказались в полной изоляции. Борясь за чужие интересы, казаки потеряли всех друзей и союзников. Не оказал помощи даже единокровный Запорожский Низ. Хотя казаки Гетманщины и слобожане также лелеяли мечты об утерянной независимости, но и они оказались в лагере противников.
Поэтому 2 июля 1708 г. русская армия разбила повстанцев под Тором на Донце и, преодолевая сопротивление булавинцев, продвигалась вниз по Дону. Соглашатели ликовали. Упадническая пропаганда противников борьбы за казачью волю ослабляла дух. Неудачное нападение на Азов решило исход борьбы и судьбу атамана. Долгоруков приближался к Черкасску, и в лагере Булавина царило уныние. Малодушные готовились примкнуть к заговорщикам, во главе которых тайно стоял Илья Зерщиков, один на старшин Булавина. 7 июля они попробовали взять атамана живым, но тот укрылся в крепких стенах каменного дома. С ним оставалось лишь 50 преданных делу людей, защищавшихся, пока хватало сил. Когда же противники уже готовились ворваться в их убежище, Булавин застрелился из пистолета. Предание говорит, что с ним вместе покончила жизнь его дочь Галина, заколовшая себя кинжалом.
Булавинское восстание, которое так и не удалось довести до победного конца, вошло в историю как одна из многих неудачных попыток воплощения идеи казачьей независимости. С поражением Кондратия Афанасьевича закончилась эпоха постепенного покорения Дона, началась жестокая месть повстанцам и внедрение на земле казаков русских порядков.
Петр I раздавив восстание булавинцев, разоружил их, зверски расправился, отменил право выбирать атаманов и решать дела всенародным собранием кругов и в 1721 г. передал управление казачьими делами из Посольского приказа в Военную Коллегию.