Этого даже донцы долго терпеть не могли. Назревало возмущение. Атаман Ефремов и его сторонники почти не скрывали свои «бунтарские» настроения и лелеяли мечту о создании государства казаков, союзных Кавказу. Станичники могли поддержать любого, сулящего им освобождение от тяжкой принудительной службы и возврат к временам вольной воли. Существующим положением была довольна только часть старшин, осыпанных милостями императрицы и ее фаворита князя Потемкина, в том числе и старшие начальники строевых частей, крепко державшие в своих руках дисциплинированных донцов.
Пугачев выражал национальные чаяния казаков, из которых самым главным было, хотя бы и ценой крови, добыть себе возможность заняться свободным трудом и создать благосостояние обедневшим семьям. В отличие от атамана Ефремова, желавшего избавиться от русской опеки, Пугачев хотел «оказачить Россию», выступив защитником интересов всего ее угнетенного люда.
Он готовил восстание на Дону. Но русские правители предупредили это. Кругом стояли регулярные войска, часть старшин следила за настроениями казаков и доносила о них. Арестовали атамана Ефремова, и Пугачев, не рассчитывая на открытую поддержку донцов, ушел к казакам Яика, потому что знал об их готовности к восстанию. Здесь гнев народа раскалили постоянные ограничения казачьих прав и недавние жестокие расправы генерала Черепова. Возмущение подогревалось еще фанатичной преданностью гонимой старой вере.
На Яике Пугачев лишь выполнял волю угнетенных казаков. По совету ближайших соратников он окружил себя необходимой для успеха дымкой романтичной таинственности и выступил под личиной императора Петра III, свергнутого и убитого в дворцовом перевороте. Еще недавно казаки присягали этому царю, что в глазах народа не было пустой формальностью, и Пугачев этим пользовался. «Спасшегося чудом императора» поддержали не только яицкие казаки, в его рядах оказались десятки тысяч кайсаков, башкир, калмыков и русских. Началась война с фронтом от Камы до Нижней Волги.
Два года (1773–1774) войска России только оборонялись. В тылу у них восстали крестьяне, которым Пугачев обещал освобождение от помещиков. Станичники не раз громили русские полки, к Пугачеву переходили сотни донцов и казаков с Волги. Кроме малых городков и укреплений, повстанцы иногда владели Казанью, Пензой, Саратовом, Камышином. Крестьяне казнили своих помещиков или, приходя толпами к Пугачеву, прихватывали их с собой на расправу. Но части повстанцев, созданные из крестьян, разбегались по домам при первой встрече с регулярными полками.
В июне 1774 г. от имени императора Петра III Пугачев выпустил манифест, где в Среднем и Нижнем Поволжье объявил казачье самоуправление, а также полную свободу крепостным, с передачей им безвозмездно помещичьих и казенных земель. Эти послания распространялись и на Дону. В них «царь Петр III» скорбел о преследованиях староверов, объявлял свободу совести и обещал освободить от «тех проклятого рода дворян, которые, не насытясь Россиею, но и природных казаков хотели разделить в крестьянство и истребить казачий род».
Однако 21 июня 1774 г. вышел указ императрицы о прекращении на Дону следственных дел по обвинениям в измене и освобождении всех казаков из тюрем. Миф о царе Петре улетучился при первой же встрече Пугачева со знакомыми донцами. А когда тайна развеялась и пало обаяние личности вождя, стали думать о нарушении присяги, начались дезертирство, военные неудачи, измены.
Дом Пугачева, проданный его женой в станицу Есауловскую, привезли на прежнее место, палачи сожгли его, пепел развеяли по ветру, а двор посыпали солью. Жену и детей арестовали и вывезли с Дона.
Летом 1774 г. Россия окончила войну с Турцией, и победоносные войска двинулись на Волгу. Шли и 14 донских полков генералов А. И. Иловайского, М. И. Платова, Амвросия Луковкина и других верных царице командиров. Всех их вел доблестный А. В. Суворов, усердно преследовавший пугачевцев, разбитых под Царицыном и скрывшихся за Волгу. У повстанцев пошли разложение и измена. А. И. Иловайский получил Пугачева на Яике из рук его бывших сообщников. В деревянной клетке, закованного в тяжелые цепи, его повезли в Москву. Там Емельяна Пугачева в январе 1775 г. мучительно и позорно казнили.
Этот итог историк С. Ф. Платонов охарактеризовал так: «Восстание, поднятое казаками, постепенно затихло, и в нем вольное казачество спело свою последнюю песню». С тех пор казаки потеряли окончательно свой древний оппозиционный нрав, став послушной пограничной милицией.
Фамилию Пугачева запретили, а для семей этого рода придумали новые — часто оскорбительного и унижающего значения: Дураковы, Остолоповы, Объедовы и т. п. Объедовы, как-то попав на Кавказскую линию, зачислились в Кубанское Войско и там приняли старую фамилию Пугачевых. Из боковой ветки, носившей одно время фамилию Сарычевых, выделилась семья, переписавшаяся в Енисейское Войско с фамилией Даниловых.