После победоносного похода Яик надеялся на льготы и привилегии, но в ответ получил ужесточение контроля. Недовольство усилилось в последние годы правления Петра I, когда в 1720 г. он потребовал безусловного повиновения и регулярной службы, казаки возмутились, узрев в этом нарушение многовековых устоев и договорных отношений с Русью. Но, понимая, что открытая борьба с северным монстром им не под силу, станичники сожгли свои городки, собираясь переселиться в заяицкие степи к казахам.
Однако русские окружили казаков и тяжелой рукой ввели их в империю.
В 1723 г. чиновники переписали 3196 казаков, объявили им обязанность нести пограничную службу, выставляли на войну боевые отряды и сумму годового жалованья всему Войску Яицкому (1500 руб.), дела которого передали из Посольского приказа в Военную коллегию. Атаман и канцелярия стали назначаться. Первым наказным атаманом войска был Григорий Меркурьев.
Но казаки, потеряв право контролировать и смещать своих начальников, не смирились. Не раз вспыхивали восстания, жестоко подавлявшиеся силой. Станичники умирялись пытками, расстрелами, виселицами, ссылками в Сибирь, в солдатские полки.
Все это, а также хамское отношение к старой вере привело к тайной неприязни казаков ко всему русскому.
В 1748 г. войско комплектовало 7 полков по 500 казаков и 8 офицеров в каждом. За добросовестную службу яицкие казаки в первой половине XVIII в. были награждены 15 полковыми и 15 станичными знаменами.
Мало-помалу казаки утрачивали свою независимость. Из формальных подданных они стали фактическими, то есть познакомились с батогами и кнутом. Оренбургское правление дошло в своем усердии до того, что запретило им носить бороду и даже употреблять крестное «раскольничье» знамение. Но насилия иногда кончались трагически для самих усмирителей. Так, в 1771 г. Яицкий городок стал ареной ожесточенного восстания. Казаки вырезали русский гарнизон, а его начальника, генерала Траубенберга, приказавшего солдатам стрелять по войсковому кругу, порубили шашками вместе с атаманом Григорием Тамбовцевым, ставшим в защиту карателя, а всю войсковую канцелярию посадили под стражу. Успокоить разбушевавшиеся страсти удалось только миром и уступками, сделанными не особо рьяным представителем русской власти Саввой Мавриным, который восстановил войсковой круг, освободил арестованных, отменил новое Положение об управлении казачьими войсками, очень непопулярное среди казаков, и, наконец, справедливо распределил присланное «жалование».
Но в 1772 г. русские подавили мятеж и предали смерти, тюрьме и ссылке тысячи повстанцев. Власть взял в руки присланный из России комендант. В центре Яицкого городка оккупанты соорудили крепость для сильного русского гарнизона, ликвидировав даже иллюзию самоуправления казаков. Усилилось и угнетение староверов, усугубившее еще больше неприязнь к русским.
Недовольство усилилось и в 1773 г. с появлением в крае отрядов Е. И. Пугачева — большинство казаков охотно откликнулись на его обещание пожаловать их «крестом и бородой, реками и лугами, деньгами и съестными припасами, свинцом и порохом и вечной волей». Служа самозванцу, казаки Яика составили отборные части его вооруженных сил. Казаки, калмыки, башкиры и татары уничтожали и изгоняли со своих земель в Заволжье (от Царицына до Казани) всех русских «начальных людей». Но, в конце концов, повстанцы уступили силе и смирились. За свой «бунт» казаки дорого заплатили: кровью сотен казненных, рваными ноздрями, беспощадно дранными, сосланными в Сибирь.
Разгневанная императрица Екатерина II намеревалась полностью уничтожить войско, но затем смилостивилась и приказала переименовать реку Яик в Урал, остатки войска — в Уральское казачье войско, а Яицкий городок — в Уральский. Все пушки у казаков отобрали и навсегда запретили иметь артиллерию. В городке оставили русский гарнизон.
Так, с 1775 г. яицких казаков стали называть уральскими, а их вольная некогда община преобразована в Уральское казачье войско.
Император Павел I полностью простил уральцев. Свое доброе к ним отношение он подтвердил тем, что в 1798 г. сформировал лейб-уральскую сотню, первым командиром которой стал сотник Севрюгин. Войско, как и прежде, стало посылать казаков на войны, в которых участвовала Россия.
Службу уральских казаков упорядочило в 1803 г. Положение об Уральском казачьем войске, состав которого определялся лейб-уральской сотней и десятью конными полками. В 1819 г. в войско включили казаков Илецкой и Сакмарской станиц, которые стали формировать два новых полка — № 11 и № 12.