Отразив угрозу с юга, Иван III вновь занялся Новгородом, в 1494 г. закрыл немецкий двор. В 1497 г. казни возобновились, опять осудили на изгнание более 1000 семей, конфисковав свыше миллиона гектаров земли, отданной холопам за верную службу.
Но даже после уничтожения самоуправления в Новгороде некоторое время теплилась духовная жизнь в виде православных ересей на основе западных и еврейских религиозных течений. Однако уже в конце XV в. матушка Москва привела этот некогда богатый и независимый город если не к нищете, то к экономическому прозябанию.
После того как Москва разорила Новгород, лишив его приставки Великий, вместе с ним пришли в упадок окружающие его города. В их числе и Псков. Избавившись от давнего конкурента, он недолго сохранял свои вольности. В 1509–1510 гг. Василий III, захватив город, низвергнул его традиционную систему собраний. Вечевой колокол, некогда созывавший вольную общину у собора Святой Троицы, сняли и увезли в Москву. Из Пскова изгнали наиболее деятельных и богатых граждан. Сотни семейств высылались в другие города Москвы, их земли великий князь передал своим приближенным. Псков быстро утратил свое торговое значение и пришел в упадок. Развал и запустение воцарились на прежде многолюдных улицах.
Хотя к середине XVI в. Москва, казалось бы, уже полностью разгромила Новгород, заселив его своими людьми і Но самым выдающимся душегубом стал царь Иван IV, не отличавшийся политическими и стратегическими талантами. Однако он и поныне почитаем русскими, видимо, за его необычную набожность, так как его холопы зачастую убивали политических противников в храмах, у алтаря. В 1570 г. этот деспот окончательно и страшно разгромил Новгород. Тотально подозревая всех, он здесь вполне оправдал свое прозвище. По свидетельству летописца, «благочестивейший царь» казнил 60 000 человек. Каждый день 5 недель бросали в Волхов сотни граждан с женами и детьми. Чтобы никто не спасся, опричники ездили в лодках и добивали всплывавших наверх. Реку запрудили трупы. И с той поры, как гласило предание, вода более не замерзает в месте массового убийства.
Установив на развалинах демократии естественную монополию и укрепив вертикаль власти, Иван IV пожелал торговать. Но, погубив многих горожан, царь лишился мореходов, и Москве пришлось принять англичан, которые приходили со своими товарами через Ледовитый океан в Белое море. Истребитель Новгорода позволил гостям свободно и беспошлинно торговать в пределах Московии.
Геноцид граждан Новгорода (две трети сел и деревень буквально уничтожили) привел к тому, что о многом в жизни Севера Руси теперь остается только гадать. Этнографы отмечали, что в XIX в. еще сохранялись несколько поговорок, направленных против Москвы. Однако теперь уже не осталось ничего от древнего национального духа. И лишь некоторые из его купцов и ремесленников в XVIII в. стали первыми жителями столицы, основанной в устьях Невы.
Иван Грозный много сделал для укрепления авторитета Русской православной церкви на землях Новгорода. Так, прилегающие к Белоозеру земли он раздал монастырям, из которых самым знаменитым слыл Кирилло-Белозерский. Впервые увидев это благолепие, истребитель так расчувствовался, что, в очередной раз, пожелал остричься в монахи, но утром одумался и начал ссылать сюда своих возможных политических конкурентов. Известно также, что Соловецкий монастырь царь наделил правами налоговой полиции. Поэтому современные исследователи могут составить некоторое представление о типах новгородских судов по так называемым Таможенным грамотам Соловецкого монастыря.
Кроме того, царь предусмотрительно приказал вывезти свитки летописей из опального города. Затем московские переписчики, из политических соображений, безжалостно исказили древние документы. Известно, что новгородские летописцы в XII–XIII вв. ревностно отделяли свою республику от всей остальной Руси и особо подчеркивали свое старшинство по отношению к Киеву. Это отметили еще ученые Петербурга, готовя к печати в конце XIX в. «Полный свод русских летописей» (ПСРЛ). Отредактированные еще под присмотром опричников и затем опубликованные Московской синодальной типографией в начале XIX в., копии свитков отличаются единообразным литературным стилем трогательного и неспешного повествования о значении Москвы и Киева в истории Руси. Так, матушке Москве пришлось отдать лавры основателя Отечества Киеву, замешав мистические отношения с этой «матерью» на крови Великого Новгорода.
Во время русской смуты, последовавшей после разорительной для Руси опричнины, шведы захватили старинные пригороды Новгорода (Ивангород, Ямы, Копорье, Орешек) и оттеснили Москву от Балтийского моря. Следует напомнить, что до этого Новгород успешно отражал продвижение шведов и немцев на восточное побережье Балтийского моря.