Миссия оказалась недолговечной. Спустя некоторое время несколько членов миссии трагически погибли. Началом конца миссии был вызов в Россию архимандрита Иоасафа, который был в Иркутске хиротонизован в епископа Кадьякского и Американского в марте 1799 г. На обратном пути на о-в Кадьяк епископ Иоасаф погиб на корабле «Феникс», разбитом штормом и потонувшем где-то недалеко от цели путешествия. Вместе с епископом Иоасафом на корабле погибли иеромонах Макарий и иеродьякон Стефан, тоже возвращавшиеся после церемонии на Алеутские острова. Еще ранее, в 1796 г., на материковой части Аляски, на берегу озера Илиамна погиб мученической смертью иеромонах Ювеналий. Миссия таким образом потеряла сразу четырех своих наиболее энергичных членов.
Из оставшихся иеромонах Афанасий ничем себя не проявил на миссионерской работе и в 1825 г. уехал в Россию. Иеродьякон Нектарий, часто болевший, уехал в Россию в 1806 г. и умер там в 1814 г. иеромонахом Киренского монастыря. Из двух оставшихся — инок Иоасаф умер на Кадьяке в 1823 г. Вся забота о православном обслуживании населения Алеутских островов таким образом пала на смиренного инока Германа, который в связи с большими переменами в составе духовной миссии с 1800 г. сделался фактически главой миссии. Как пишет теперешний епископ Григорий Аляскинский: «Только любовь преподобного Германа продолжала согревать сердца местной паствы, зачастую ограждая ее от насилий компанейских властей».
Герман всячески старался защитить туземцев, «американцев», от самоуправства администрации. Один из исследователей жизни и деятельности инока Германа гак описывает его: «Преподобный Герман стал для них [туземцев] истинным добрым пастырем и защищал их, как мог, от злых и хищных людей, которые видели в островитянах только объект для жестоких вымогательств и насилия».
Инок Герман родился в 1757 г. в купеческой семье города Серпухова, недалеко от Москвы. 16 лет от роду Герман поступил послушником в Троицкий монастырь под Петербургом, где пробыл шесть лет. Шесть лет послушания в монастыре выковали его характер и приготовили молодого послушника к строгой монашеской жизни. В монастыре он принял иноческий постриг и в 1783 г. перешел в знаменитый Валаамский монастырь на Ладоге. В 1794 г., когда настоятель Валаамского монастыря игумен Назарий отбирал иноков для намечавшейся духовной миссии в Америку, его выбор среди прочих пал и на Германа.
Многогранна была деятельность инока Германа в Русской Америке. Скромный, послушный, исполнительный, он не гнушался самой простой физической работы: работал в пекарне миссии, на огороде. Когда после эпидемии на Кадьяке многие дети остались сиротами, он основал на Еловом острове для них приют.
С течением времени, когда на плечи инока Германа была возложена вся миссионерская и священническая деятельность в колонии, он силой своего характера и глубокой верой привлек к себе даже самого главного правителя Русской Америки Баранова, который, как мы знаем, вначале враждебно относился к членам миссии. Баранов даже поручил иноку Герману заняться воспитанием и начальным образованием своих детей — Антипатра и Ирины. Дружеские и даже сердечные отношения между Германом и Барановым продолжались до самого конца службы Баранова в Америке и отъезда его из колонии.
Старца Германа не только знали, уважали и любили местные жители, но его ценили и высшие духовные власти, много наслышанные о бывшем иноке Валаамского монастыря. Решено было даже направить его на другую, ответственную миссионерскую работу. Два раза духовная администрация предлагала Герману посвятить его в иеромонахи, а позже даже был предложен сан архимандрита.
В этом высоком духовном сане предполагалось перевести его на новый, более ответственный пост в Российскую духовную миссию в Пекине. Смиренный Герман отказался от всех почестей и повышений и до конца дней своих остался на Аляске простым монахом.
Высокий моральный дух и святая жизнь инока Германа позже сильно повлияли и на нового главного правителя Русской Америки лейтенанта С И. Яновского, первое время довольно иронически относившегося к рассказам о святости Германа. Лейтенант Яновский возглавил администрацию Русской Америки после отставки Баранова и кратковременного пребывания на этом посту капитана Гагемейстсра. Яновский женился на дочери Баранова Ирине. Вместе с ней он несколько раз посетил инока Германа как на Кадьяке, так и на Еловом острове и долго с ним беседовал. В этих простых беседах старец Герман затронул какие-то тайные струны в душе молодого морского офицера, главного правителя колоний, бывшего до этих встреч человеком совершенно безразличным к религии. Разговоры с Германом так сильно повлияли на него и запали в его душу, что по возвращении в Россию он пошел по стопам своего наставника инока Германа.