В этих боях обе стороны несли большие потери. Увеличив к октябрю 1686 г. свою армию до 10 тыс. человек, маньчжуры предприняли еще один штурм Албазина. Но и он не достиг своей дели. Албазин продолжал упорно обороняться, хотя значительная часть его гарнизона в течение октября и ноября 1686 г. погибла. Большие потери нес и неприятель. По некоторым данным, в ходе осады маньчжуры потеряли более 2,5 тыс. человек. Такие большие потери маньчжуров объясняются отсталостью вооружения их войска. Большая часть маньчжурских солдат шла на штурм Албазина с луками и копьями. Огнестрельного оружия у них было крайне мало. Кроме того, не добившись быстрой победы, маньчжурское войско оказалось к тому же не обеспеченным достаточными запасами провианта и зимой 1686/87 г. жестоко пострадало от голода. Однако главной причиной неудач маньчжуров были, безусловно, героизм и воинское мастерство защитников Албазина, которые, несмотря на все тяготы осады, «положили меж собою: покамест будет хлебных запасов, в городе сидеть в осаде», а когда запасы кончатся, прорваться к Нерчинску.
Героическая оборона Албазина в 1686–1687 гг. сорвала замыслы маньчжурских правителей прорваться в Забайкалье и отбросить русских на реку Лену. Император Канси вынужден был искать дипломатических контактов с Россией. Через голландского посла цинское правительство уведомило Москву о своем желании пойти на мирные переговоры. 31 октября 1686 г. в Пекин прибыли русские гонцы Н. Венюков и И. Фаворов. После непродолжительных переговоров было достигнуто соглашение, согласно которому маньчжуры обязывались снять осаду и дожидаться прибытия официального русского посольства. Между тем, несмотря на обещания императора Канси отступить от Албазина, маньчжурские войска оставались на месте и лишь 13 мая 1687 г. отошли от Албазина на четыре версты, несколько смягчив блокаду крепости. Только 19 августа они были отведены в свой городок в устье реки Зеи.
Неудача маньчжурского войска под Албазином имела далеко идущие последствия для дальнейших событий в Забайкалье и Приамурье.
В декабре 1687 г. монгольские феодалы во главе с Очирой Саин-ханом начали войну с Джунгарией. Одновременно их войска вторглись в Забайкалье. После осады Албазина это была самая серьезная угроза русским владениям на Дальнем Востоке. Монгольское войско насчитывало от 4 до 12 тыс. человек, тогда как во всем Забайкалье и Приамурье у русских было не более 2 тыс. человек, да при том еще разбросанных на большой территории.
Учитывая неудачи предшествовавших вторжений во владения Русского государства, монгольские войска на этот раз имели на вооружении огнестрельное оружие — пушки и пищали, полученные из цинского Китая. Монголы осадили Селенгинск и подошли к Удинску. Создалась реальная угроза Иркутску. Руководство вооруженной борьбой с монголами возглавил полковник Ф. Скрипицын, командовавший московскими стрельцами, присланными для усиления обороны Забайкалья.
В конце января 1688 г. Ф. Скрипицын с 500 стрельцами провел несколько боев с войсками монгольских ханов недалеко от Удинска, а затем у стен осажденного Селенгинска и нанес им жестокое поражение. Остатки войск монгольских ханов вынуждены были уйти в пределы Северной Монголии. А весной 1688 г. монголы потерпели сокрушительное поражение от джунгарских войск. Это событие коренным образом изменило обстановку на Дальнем Востоке.
Теперь русское правительство могло попытаться урегулировать межгосударственные отношения в этом регионе, и в первую очередь с Цинской империей, мирным путем. Однако цинский двор затягивал решение этого вопроса. И все же маньчжурским правителям пришлось пойти на мирные переговоры с Русским государством. Вместе с тем цинское правительство опасалось и предстоящей борьбы с могущественным в Центральной Азии Джунгарским ханством, победившим монгольских феодалов. Все это вынуждало маньчжуров маневрировать. Не отказываясь от своих захватнических планов, маньчжурский двор решил использовать мирные переговоры с Русским государством как прикрытие своей территориальной экспансии.
По предварительной договоренности обе стороны согласились начать мирные переговоры при равном количестве войск (по 500 человек), необходимых для сопровождения послов. Однако к моменту начала переговоров маньчжурское командование под предлогом «охраны своего посольства» сосредоточило под Нерчинском почти 15-тысячное войско. Русские силы насчитывали 2 тыс. стрельцов и казаков и некоторое количество бурятских и тунгусских воинов.