Перед отправлением в столицу империи Пол Джонс встретился с Потёмкиным в Херсоне, где они поговорили спокойно и задушевно. Контр-адмирал рассказал князю о мерзких оговорах и клевете на него со стороны Нассау-Зигена.
— Я с вами согласен, но теперь уже поздно, — сказал Потёмкин, а потом сообщил, что отправил Карла Нассауского в Варшаву, чтобы от него избавиться.
— Я совершенно не виноват, — продолжал далее князь, — если бы вы с Мордвиновым не поссорились с самого начала, то Нассау-Зиген не имел бы случая интриговать. Мордвинов первый открыл мне его нелепые притязания, но он сделал это слишком поздно, когда нельзя уже было предупредить зло.
Расставаясь, Пол Джонс попросил Потёмкина наградить всех его офицеров, которых обошли из-за происков принца Карла, что князь потом и выполнил.
Несмотря на то, что Суворов в своём письме ранее грубо высказался о Поле, они всё же расстались друзьями. Джонс посетил Суворова в его лачуге на Кинбурне. На прощание Александр Васильевич полез в свой походный сундук и вытащил из него богатую шубу из сибирского бобра, покрытую жёлтым китайским шелком, и с воротом и отворотами из соболей. За ней последовал красивый гусарский доломан, подбитый белым горностаем и с золотыми шнурами. Всё это Суворов протянул Джонсу, который был буквально ошарашен таким щедрым подарком и стал отказываться.
— Возьмите, Джонс, — сказал полководец, — они слишком хороши для меня; мои «детушки» не узнали бы своего «батюшку» Суворова, если б я так нарядился, но к вам они пойдут; вы ведь французский кавалер. Для вашего бедного брата, Суворова, годится серая солдатская шинель и забрызганные грязью сапоги. Прощайте!
Приехав в Петербург, Пол Джонс был принят Екатериной, которая высоко оценила его деятельность на Чёрном море, хотя в душе не очень одобряла его как человека. Ему выделили казённую квартиру и платили жалование вице-адмирала. Петербург встретил героя с восторгом. Его принимали в лучших домах. Три месяца, начиная с января 1789 года, Пол обретался при дворе, не имея никаких дел.
Приехавший в то же время в Петербург принц Карл Нассау-Зиген, опасаясь разоблачения своих интриг, задумал окончательно опорочить Джонса в глазах царицы и всего общества. Однажды к Полу явилась какая-то молодая особа и стала настойчиво предлагать себя. Он с трудом выставил девицу за дверь, но тут объявилась якобы её мать и начала кричать вместе с девицей, что вицеадмирал изнасиловал девушку. Свидетелями скандала оказались многие соседи — офицеры, жившие в этом доме. Дело грозило морским военным судом.
Но графу Сегюру удалось добиться прекращения этого дела, доказав, что оно было подстроено: девушка оказалась проституткой, ее «мать» — поставщица проституток, а «свидетели», квартальный и кучер, были подкуплены. Вот как сам Сегюр описывает это событие.
Оклеветанный Джонс, оставленный всеми и привлеченный к Морскому суду, был в подавленном состоянии, вынужденный оправдываться перед адмиралами, заседавшими в Адмиралтейств-коллегии, среди которых были и его враги. Когда граф Сегюр вошел к вице-адмиралу, Джонс сидел с мрачным видом и перед ним лежал заряженный пистолет. «Однажды утром, — рассказал Се-гюру Джонс, — пришла ко мне молодая девушка и просила дать ей работу, шить белье или зачинять кружева, при этом она очень неприлично заигрывала со мной, мне стало жаль ее, и я советовал ей не вступать в такое низкое поприще; вместе с тем я дал ей денег и попросил уйти. Но она оставалась, и тогда я, выйдя из терпения, повел ее за руку к дверям. В ту минуту, как дверь отворилась, юная негодница разорвала себе рукавички и косынку, надетую на шею, подняла крик, что я ее обесчестил, и бросилась на шею своей матери, которая ждала ее в передней. Обе они удалились и подали на меня жалобу. Вот и все».
История дошла до Екатерины. Она выслушала Джонса и потребовала его письменного объяснения. 17 мая вице-адмирал написал царице эту записку, и Нассау-Зиген был немедленно выслан в Миттаву. Пол Джонс напомнил императрице о его назначении на пост командующего Балтийским флотом, но она направила его в Свеаборг для инспектирования шведского флота. Но тут же «доброхоты» стали нашёптывать Екатерине, что Джонс стал вести секретные переговоры со шведским королём Густавом III о переходе к нему на службу; это вызвало естественное возмущение императрицы, и она отказала Полу от двора и аудиенций.
В Петербурге Пол Джонс пробыл почти три года, не имея постоянного дела: Екатерина не хотела новой ссоры с англичанами, жившими там. Джонс жаловался ей на русских моряков, ссылаясь на свой журнал, который он передал царице. Прочитав журнал Пола, Екатерина велела его опечатать, «чтоб другие не имели злобы»: там было столько неприятных для русских моряков высказываний, пересыпанных площадными ругательствами, которые Пол только и усвоил у моряков, что царица считала этот дневник неприличным.
Оставаясь в Петербурге не у дел, американский моряк разрабатывал различные военно-политические проекты, но они оставались без внимания. Суворов, который в это время строил Рочен-сальмское укрепление в Финляндии и не знал истины, разразился по поводу бездеятельности Джонса эпиграммой:
Как в Бакховом соку Тразибул утопясь,
Как в креслах висковых сэр Ионсон углубясь,
Как бабочка весной летит из роз в лилеи,
Так форты, Роченсальм, мне ложи и постели.
Через несколько месяцев Екатерина всё же поручила Полу провести инспекцию Балтийского флота. Джонс обнаружил много недостатков, которые подробно изложил царице, но далее кабинета императрицы его выводы не ушли.
Во время этой инспекции Пол простудился и заболел воспалением лёгких, что было в то время весьма опасной болезнью. Личные врачи Екатерины, обследовавшие Джонса, сказали ей, что он не выдержит петербургской зимы. Воспользовавшись их заключением, Екатерина предоставила Джонсу двухгодичный отпуск для поправки здоровья, сохранив ему жалование контр-адмирала. Это был редкий случай на русском флоте: тогда не принято было уходить в отпуск, это не поощрялось. Джонс совершенно справедливо расценил это как отставку и написал Екатерине, что оскорблён предоставлением ему принудительного отпуска во время войны.
С горечью 18 августа 1791 года Джонс покинул Россию. Он побывал в Варшаве, где встретился с королём Станиславом и был представлен генералу Костюшко. Затем отправился в Лондон по каким-то финансовым вопросам. Но и там он оказался нежелательной персоной: англичане не забыли его корсарских подвигов, и толпа чуть не растерзала Джонса.
Спасаясь от гнева англичан, Пол тайком сбежал в Париж, где его ещё помнили, и поселился на улице Турнон, №42. Знаменитый корсар прожил здесь недолго и бедно. Париж и вся Франция бурлили тогда в преддверии кровавой революции. Джонс близко сошёлся с Лафайетом, Мирабо, Бараком, Карно, Робеспьером и Дантоном — активными деятелями революции. Они обещали ему после победы вручить командование французским революционным флотом.
Из Парижа Джонс написал Екатерине пространное письмо, в котором были такие строки: