Но некоторые ученики не слушали наставлений старца и говорили: «Кто может вместить твое нестяжание? Что Господь нам и пошлет, то ты все раздаешь прочим». Он же сказал им: «Кто хочет со мной жить, да подражает мне. Кто не хочет последовать моей жизни, да живет, где хочет. Я благословляю. Только живите внутри Святой Горы Афонской, а вон из Святой Горы выходить не благословляю, кроме особенной воли Божией».
После этого многие разошлись от него по прочим монастырям и скитам, кого куда Бог назначил. Впрочем, отлучились они телом, а духом и любовью все к нему остались привязаны.
Прожив в скиту три года, по некоторым благословенным обстоятельствам отец Арсений вышел оттуда с оставшимися учениками. Они купили себе келлию Святой Троицы близ монастыря Ставроникита и обосновались там. Вся русская братия весьма обрадовалась, что вновь к ним возвратился их отец и пастырь. Здесь старец оставался до самой смерти.
Отец Арсений делал на Святой Горе великие распоряжения, и никто ему не мог противоречить. По его благословению игумен Ильинского скита иеромонах Павел уступил в споре за игуменский пост братии из малороссов и оставил им свою должность, благодаря чему сохранились добрые отношения между малороссами и великороссами. Впоследствии отец Арсений и далее старался умиротворять малороссов и примирить их с великороссами, но, встретив упорство с их стороны, дал благословение молодым подвижникам, отцу Виссариону (Толмачеву) и отцу Варсонофию (Вавилову), организовать новый скит специально для великороссов, что с Божией помощью вскоре и свершилось.
По его благословению иеросхимонах Аникита (Ширинский-Шихматов) принял приглашение греков Пантелеимонова монастыря и со своими учениками поселился в древней русской обители. По его же благословению и во второй раз вошли русские во главе с иеросхимонахом Павлом в Пантелеимонов монастырь. По его же благословению после смерти отца Павла русскую братию Пантелеимонова монастыря возглавил молодой отец Иоанникий. Многих он благословил проводить жизнь свою на Афоне, хотя те и не желали этого. А многих выслал со Святой Горы в разные места, в числе таких был и составитель его жития отец Парфений (Агеев), отправленный отцом Арсением в Россию, в Сибирскую страну, для основания там монастыря. Отец Арсений был духовным отцом всех русских монахов, проживавших тогда на Афоне, и, бесспорно, не только сыграл выдающуюся роль в жизни отдельных лиц, но и повлиял на будущее развитие всех русских обителей на Святой Горе.
Старец Арсений славился по всей Горе Афон также своими чудотворениями. Расскажем о нескольких таких дивных событиях. В 1839 году в келлии братьев Кореневых лежал больной монах Иоасаф. Однажды ночью сделалось ему весьма тяжко. Ожидая смерти, пожелал он духовника. У Кореневых ночевали тогда посторонние. Двое из них пошли с фонарями за отцом Арсением. До его келлии идти было более 5 верст. Придя к нему, монахи сказали, что отец Иоасаф умирает и желает видеть духовника. Они просили, чтобы тот поскорее шел с ними, но обязательно с фонарем, так как ночь очень темная, да к тому же льет дождь. Он согласился: «Да, нужно поспешать. Брат действительно умирает. Вы идите вперед, – сказал он им, – а я сейчас соберусь и догоню вас со своим фонарем!» Отцы просили его идти вместе с ними и поспешить, но он их отослал и обещал догнать. Они шли скоро, но беспокоились о том, как он пойдет под дождем лесом один. А еще боялись, что больной умрет до прихода духовника.
Когда они добрались до келлии, встретил их монах Филипп и сказал, что отец Иоасаф уже умер, и спросил, почему они так долго не приходили. Те отвечали: «Мы шли быстро и очень торопились, чтобы застать отца Иоасафа живым!» Монах же Филипп укорил их: «Что вы оправдываетесь! Уже духовник пришел более получаса назад, исповедал, причастил умирающего и отходную прочитал. Сию минуту отец Иоасаф скончался!» Они, услышав это, очень удивились, так как не прошло еще и часа, как они ушли от отца Арсения. Подошли к нему, поклонились и спросили: «Отче святой, как же вы пришли так быстро? Мы даже не заметили, как вы нас обогнали!» Он же отвечал: «Нельзя было медлить, и то я едва успел, чтобы застать умирающего живым. А прошел я более прямым путем, которого вы не знаете!» Те замолчали, хотя хорошо знали, что никакой другой дороги нет, и в тайне помышляли: «Не тем ли путем он шел, которым пророк Аввакум обед носил из Палестины в Вавилон к пророку Даниилу, сидящему в яме?» Еще к двоим больным приходил он на Капсале таким же образом.