Отец Павел прожил в скиту, в совершенном послушании и в отсечении своей воли, 18 лет. Наступило смутное военное время, и святогорская братия оказалась в рассеянии. Разошлась тогда и скитская братия. Игумен Парфений с иеромонахом Павлом и немногими оставшимися в скиту монахами все церковные и скитские вещи спрятали в потаенном погребе, засыпав его землей. И, взяв с собой только легкие вещи и деньги, отправились в Россию, в Одессу, а оттуда в Молдавию. Странствовали они восемь лет. Много претерпели скорбей, видели и саму смерть, так что никогда не мог отец Павел без слез говорить о том впоследствии.
Когда закончилась война, братия стала возвращаться на Святую Гору. Возвратились на Афон тогда и Павел с игуменом Парфением. Едва смогли они в две недели добраться до ворот своей обители. Так за восемь лет их скитаний все заросло лесом. Почти год очищали они скит от диких зарослей и еще три года облагораживали сады. После того как скит был приведен в совершенный порядок, Павел постригся в великую схиму.
В 1837 году скит постигло великое искушение. Ввиду случайного заражения почти вся братия и сам игумен Парфений стали жертвой болезни – чумы. В то время Павел «был единственным, кто не принимал никаких противочумных средств, не мазался дегтем, для того чтобы иметь возможность продолжать совершать Литургию пред престолом Божиим. Он один пек просфоры, так как все прочие были в дегте. Он же и пономарил, пел и вычитывал все положенное правило. Часто служил Литургию и ходил по кельям причащать Святых Христовых Таин умирающих. Без боязни касался их, когда исповедовал или постригал в схиму. Наконец, отпевал скончавшихся. Бог сохранил его невредимым, тогда как все прочие, прикасавшиеся к умершим или присутствовавшие при пострижении больных, умирали». [18]
Когда эпидемия прекратилась, отец Павел провел 40 дней в карантине, после чего собралась братия из других монастырей, греки и все русские, подняли из монастыря Ксиропотама пречестное Древо Креста Господня, великую его часть с отверстием, где был забит гвоздь, и совершили крестный ход с множеством духовенства, с крестами и хоругвями и с великим пением в скит святого пророка Илии. И направилась вся братия прямо в скит, и никто не побоялся заразы, но положились на волю Божию. Войдя в соборную церковь, отслужили молебен, освятили воду, погружая в нее само Честное Древо Креста. Потом кропили братию, оставшихся в живых от чумы и весь скит. Отслужили всенощное бдение и Литургию. И было всем в трапезе великое утешение.
По согласию афонской братии и всех оставшихся в живых избрали игуменом иеросхимонаха Павла и утвердили это грамотами. И он опять собрал братию до 40 человек и устроил в скиту общежительный устав и порядок. Но ненавидящий добро враг, дьявол, возмутил малороссов, и восстали они на великороссов, особенно на игумена Павла, требуя ухода из скита всех их, в том числе и отца Павла с его игуменского поста. Отец Павел, посоветовавшись с духовником всех русских афонцев иеросхимонахом Арсением, принял мудрое решение: для сохранения братских отношений между малороссами и великороссами он смиренно уступил требованию малороссов, и великороссы во главе с игуменом оставили Ильинский скит. Хотя отец Павел скорбел о том, что, 35 лет прожив в скиту, он с бесчестием был из него изгнан, но не роптал на малороссов и ученикам своим возбранял говорить о них что либо плохое. Сам же он всегда говорил: «Малороссы великие нам благодетели, они ходатайствуют о том, чтобы мы вошли в жизнь вечную».
Вскоре Господь утешил отца Павла. За его смирение и безропотность дал ему вместо скита великий царский монастырь, вместо одноэтажной малой келлии – пятиэтажный корпус. Осенью 1839 года отцы-греки Русского Пантелеимонова монастыря стали звать отца Павла со всей братией в свою русскую обитель на вечное жительство.
Греки из русского монастыря пришли к отцу Павлу просить его, от лица игумена Герасима и от лица старца Венедикта, перейти на постоянное жительство в Руссик. Вместе они направились в пустыню к духовнику отцу Арсению. Когда дошли до его келлии, то греки, поклонившись старцу в ноги, стали просить благословения на возвращение русских в Руссик. Старец Арсений, исполненный радости, сказал: «Бог их благословит, и я благословляю». Отец же Павел заплакал и, пав тогда перед ним на землю, взмолился: «Отче святой, чтобы не случилось со мной, как с князем». Духовник же его успокоил: «Не бойся, отец Павел, но иди с Богом. Ты там и помрешь. Твои кости вечно будут фундаментом для русских в русском монастыре».
21 ноября 1839 года отец Павел по благословению духовника Арсения вошел в древнее русское наследие – Русский монастырь святого великомученика и целителя Пантелеимона и освятил храм во имя святителя Митрофана Воронежского чудотворца, обещанный еще иеромонаху Аниките.