Истомившаяся духовной жаждой душа монаха Иоанникия погрузилась в безмолвное житие. Опыт сердечного обращения к Спасителю, обретенный им еще во время брани духовной посреди мiра, стал для него здесь, в афонской пустыне, хлебом насущным, который он с алчбой и жаждой вкушал день и ночь, и по неложному обетованию Господню был насыщаем благодатью неведомыми утешениями и посещениями.
За совершенное послушание, безграничное доверие духовнику и исключительное самоотвержение монах Иоанникий пользовался особым, взаимным доверием и любовью старца Арсения. Видя в нем сосуд избранный, испытанный и закаленный, чистый и вполне способный вместить высокое духовное учение, отец Арсений сделал его своим сотаинником и руководил им в прохождении делания молитвы Иисусовой. Получая великую пользу от своего старца, монах Иоанникий, преданный и верный, не считал нужным искать себе других советников, наставников и руководителей. От собеседований с другими монахами всячески уклонялся, был всегда самоуглублен, внимателен и благоговеен, так что вскоре всем стало заметно его преуспеяние, и все заговорили о нем как о сугубом ученике духовника Арсения.
Вскоре отец Арсений благословил его и самому принять учеников. Отец Иоанникий был им за старца, а отец Арсений – общим руководителем и духовником. Сделал это отец Арсений с великим разумением и мудрым расчетом, устраивая, таким образом, для отца Иоанникия как бы переход от пустынножительства к общежитию.
Даже после того, как отец Иоанникий за послушание старцу Арсению принял на себя старческие обязанности, в душе своей он все же остался учеником. А потому имел попечение прежде всего о пользе своей собственной души, чтобы не потерять тех драгоценных духовных плодов, которые стяжал тяжелым трудом. Далее мы будем иметь возможность наблюдать за этим качеством его духовного устроения, чтобы получить наглядное назидание: как с его изменением отец Иоанникий с течением времени станет великим старцем; как всецело, без остатка пожертвует он своей собственной пользой ради пользы ищущих ее от духовного общения с ним.
Со своими учениками старец Иоанникий был кроток и снисходителен. Все немощи их сносил и терпел великодушно, соблюдая драгоценный свой душевный покой. Делал он это именно ради того, чтобы не разрушать своего духовного устроения. Это качество свойственно еще не устоявшимся в добродетелях духовным воинам, страшащимся неосторожным словом или делом повредить самим себе. Скорее это свойство можно отнести к наемникам, а не сынам, которые еще не уверены, что являются наследниками отеческих сокровищ, и работают за вознаграждение.
Отец Иоанникий сам за богослужением много читал и пел, но однажды ночью, встав для совершения утрени, без всякой на то причины внезапно лишился зрения настолько, что не мог уже ничего читать по книгам, разве только то, что знал наизусть. Ученики очень опечалились, да и сам он тоже скорбел. Продолжалось это несколько дней. И вот как то после повечерия он вышел в окружающий келлию лес и провел там всю ночь, а возвратившись к утрене, по-прежнему читал в церкви с большой быстротой и радостью. Ученики удивились, стали вопрошать своего старца о внезапной перемене зрения. «Когда я ночью в лесу усердно молился, – отвечал на их вопросы отец Иоанникий, – то вдруг увидел явившуюся мне в небесном сиянии Владычицу. В благоговейном страхе и трепете я поклонился Ей до земли и услышал от Нее следующие слова: „Молитвы твои и обещания Господу и Мне приняты, но смотри же, старайся исполнить их во всей точности, а Я исцеляю твое зрение, и до самой кончины твоей будешь читать без помощи!“ – и затем Она стала невидима».
2 августа 1840 года в Русском Свято-Пантелеимоновом монастыре отошел ко Господу иеросхимонах Павел... Игумен Герасим призвал русскую свою братию, чтобы они избрали себе пастыря из тех, кого они знают, кто опытен в духовной жизни и мог бы ими управлять. Братия же, посовещавшись между собой и рассудив, дала ответ своему игумену. Обратим здесь внимание на все, что будет сказано, ибо все это составит немалую похвалу будущему великому старцу, а пока еще смиренному новоначальному монаху-пустынножителю, послушнику великого русского старца-духовника Арсения. Итак, братия сказала следующее: «Отче святой, хотя и много во Святой Горе русских, но нет такого человека, который бы мог вместить общежительные наши уставы и править церковью и братией. Только одного находим способным к этому – духовника Арсения, который все может вместить и управить. Да еще есть ученик его, монах Иоанникий, который также может управить церковью и братией, только не знаем, вместит ли он общежитие наше, ибо имеет свою келлию и учеников».